examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/phyre2_20170104_120220.log

   1 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : Run start: Wed Jan  4 12:02:20 GMT 2017
   2 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : Initialised job
   3 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : Initialised job:
   4 Sequence
   5 >FER_CAPAN_1-144
   6 MASVSATMISTSFMPRKPAVTSLKPIPNVGEALFGLKSANGGKVTCMASYKVKLITPDGP
   7 IEFDCPDNVYILDQAEEAGHDLPYSCRAGSCSSCAGKIAGGAVDQTDGNFLDDDQLEEGW
   8 VLTCVAYPQSDVTIETHKEAELVG
   9
  10 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : Checked sequence
  11 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : Finding homologues with PSI-BLAST
  12 04/01/2017 12:02:20 : INFO  : PSI-BLAST 3 iterations
  13 04/01/2017 12:03:16 : INFO  : PSI-BLAST 5 iterations
  14 04/01/2017 12:04:19 : INFO  : Finished PSI-BLAST
  15 04/01/2017 12:04:19 : INFO  : Running Buildali to generate a3m file
  16 04/01/2017 12:07:17 : INFO  : Converting to HMM
  17 04/01/2017 12:07:17 : INFO  : Calibrating HMM
  18 04/01/2017 12:07:22 : INFO  : Searching HMM database
  19 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Finished buildali
  20 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Predicting secondary structure
  21 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Predicted secondary structure (PSI-Pred)
  22 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Predicting Disordered regions
  23 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Predicted Disorder (Disopred)
  24 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Running memsat_svm check
  25 04/01/2017 12:11:50 : INFO  : Exitval for mkdir:
  26 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Globular protein
  27 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Predicted Transmembrane (memsat_svm) ID '56da5616b4559c93'
  28 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Initialising fold library search
  29 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Initialised search input
  30 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Building Ensemble models
  31 04/01/2017 12:12:30 : INFO  : Building c4n58A_.1.pdb
  32 04/01/2017 12:12:31 : INFO  : Building d1a70a_.2.pdb
  33 04/01/2017 12:12:31 : INFO  : Building d1offa_.3.pdb
  34 04/01/2017 12:12:31 : INFO  : Building d1frra_.4.pdb
  35 04/01/2017 12:12:32 : INFO  : Building d1pfda_.5.pdb
  36 04/01/2017 12:12:32 : INFO  : Building d1frda_.6.pdb
  37 04/01/2017 12:12:32 : INFO  : Building d1fxia_.7.pdb
  38 04/01/2017 12:12:33 : INFO  : Building d1gaqb_.8.pdb
  39 04/01/2017 12:12:33 : INFO  : Building d1iuea_.9.pdb
  40 04/01/2017 12:12:34 : INFO  : Building d1awda_.10.pdb
  41 04/01/2017 12:12:34 : INFO  : Building d1wria_.11.pdb
  42 04/01/2017 12:12:34 : INFO  : Building d1czpa_.12.pdb
  43 04/01/2017 12:12:35 : INFO  : Building d2cjoa_.13.pdb
  44 04/01/2017 12:12:35 : INFO  : Building d4fxca_.14.pdb
  45 04/01/2017 12:12:35 : INFO  : Building c4itkA_.15.pdb
  46 04/01/2017 12:12:36 : INFO  : Building c1krhA_.16.pdb
  47 04/01/2017 12:12:36 : INFO  : Building d1krha3.17.pdb
  48 04/01/2017 12:12:36 : INFO  : Building d1jq4a_.18.pdb
  49 04/01/2017 12:12:37 : INFO  : Building c4wqmA_.19.pdb
  50 04/01/2017 12:12:37 : INFO  : Building c2piaA_.20.pdb
  51 04/01/2017 12:12:37 : INFO  :
  52 04/01/2017 12:12:37 : WARN  : Set python to /bmm/www/servers/phyre2/bin//python2.7/2.7.2/bin/python2.7
  53 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  54 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  55 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  56 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  57 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  58 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  59 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  60 04/01/2017 12:13:04 : WARN  : Failed to run assembler on model
  61 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  62 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  63 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  64 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  65 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  66 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  67 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  68 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  69 04/01/2017 12:13:05 : WARN  : Failed to run assembler on model
  70 04/01/2017 12:13:06 : WARN  : Failed to run assembler on model
  71 04/01/2017 12:13:06 : WARN  : Failed to run assembler on model
  72 04/01/2017 12:13:06 : WARN  : Failed to run assembler on model
  73 04/01/2017 12:13:06 : WARN  : Failed to run assembler on model
  74 04/01/2017 12:13:06 : INFO  : Run end  : Wed Jan  4 12:13:06 GMT 2017