examples/testdata/simpleGff3.gff

   1 ##gff-version 2
   2 # exonerate output in gff2 format; not gff3 because
   3 #   - 'similarity' is not a Sequence Ontology term
   4 #   - attributes' name/values are separated by space ' ' not equals '='
   5 ##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
   6 ##date 2015-01-16
   7 ##type DNA
   8 #
   9 # exonerate run with --showtargetgff generates 'features on the target' i.e. mappings to the query
  10 # tab-delimited
  11 # seqname source feature start end score strand frame attributes
  12 #
  13 seq1    exonerate:protein2genome:local  gene    8       11      3652    -       .       gene_id 0 ; sequence seq2 ; gene_orientation .
  14 seq1    exonerate:protein2genome:local  cds     9       11      .       -       .
  15 seq1    exonerate:protein2genome:local  exon    9       11      .       -       .       insertions 3 ; deletions 6
  16 #seq1   exonerate:protein2genome:local  similarity      8       11      3652    -       .       alignment_id 0 ; Query seq2 ; Align 11 1 3
  17 seq1    exonerate:protein2genome:local  similarity      9       11      3652    -       .       alignment_id 0 ; Query seq2 ; Align 11 1 3
  18 #
  19 # appending FASTA sequences is strictly a GFF3 format feature
  20 # but Jalview is able to handle this mixture of GFF2 / GFF3 :-)
  21 #
  22 ##FASTA
  23 >seq1
  24 ACTACGACACGACGACGACGACG
  25 >seq2
  26 CDEQEATGTQDAQEQAQC