JAL-2754 Sequence.findFeatures(fromCol, toCol)
[jalview.git] / examples / testdata / simpleGff3.gff
1 ##gff-version 2
2 # exonerate output in gff2 format; not gff3 because
3 #   - 'similarity' is not a Sequence Ontology term
4 #   - attributes' name/values are separated by space ' ' not equals '='
5 ##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
6 ##date 2015-01-16
7 ##type DNA
8 #
9 # exonerate run with --showtargetgff generates 'features on the target' i.e. mappings to the query
10 # tab-delimited
11 # seqname source feature start end score strand frame attributes
12 #
13 seq1    exonerate:protein2genome:local  gene    8       11      3652    -       .       gene_id 0 ; sequence seq2 ; gene_orientation .
14 seq1    exonerate:protein2genome:local  cds     9       11      .       -       .       
15 seq1    exonerate:protein2genome:local  exon    9       11      .       -       .       insertions 3 ; deletions 6
16 #seq1   exonerate:protein2genome:local  similarity      8       11      3652    -       .       alignment_id 0 ; Query seq2 ; Align 11 1 3
17 seq1    exonerate:protein2genome:local  similarity      9       11      3652    -       .       alignment_id 0 ; Query seq2 ; Align 11 1 3
18 #
19 # appending FASTA sequences is strictly a GFF3 format feature
20 # but Jalview is able to handle this mixture of GFF2 / GFF3 :-)
21 #
22 ##FASTA
23 >seq1
24 ACTACGACACGACGACGACGACG
25 >seq2
26 CDEQEATGTQDAQEQAQC