examples/testdata/simpleGff3.gff

   1 ##gff-version 2
   2 # exonerate output in gff2 format; not gff3 because
   3 #   - 'similarity' is not a Sequence Ontology term
   4 #   - attributes' name/values are separated by space ' ' not equals '='
   5 ##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
   6 ##date 2015-01-16
   7 ##type DNA
   8 #
   9 # tab-delimited
  10 # seqname source feature start end score strand frame attributes
  11 #
  12 seq1    exonerate:protein2genome:local  gene    8       11      3652    -       .       gene_id 0 ; sequence seq2 ; gene_orientation .
  13 seq1    exonerate:protein2genome:local  cds     9       11      .       -       .
  14 seq1    exonerate:protein2genome:local  exon    9       11      .       -       .       insertions 3 ; deletions 6
  15 seq1    exonerate:protein2genome:local  similarity      8       11      3652    -       .       alignment_id 0 ; Query seq2 ; Align 11 1 3
  16 #
  17 # appending FASTA sequences is strictly a GFF3 format feature
  18 # but Jalview is able to handle this mixture of GFF2 / GFF3 :-)
  19 #
  20 ##FASTA
  21 >seq1
  22 ACTACGACACGACGACGACGACG
  23 >seq2
  24 CDEQEATGTQDAQEQAQC
  25
  26