examples/testdata/test.msf

   1 !!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0
   2
   3    MSF: 157   Type: P    Check:  4683   ..
   4
   5
   6   Name: FER_CAPAA/1-157    Len: 157  Check: 3320  Weight: 1.00
   7   Name: FER_CAPAN/1-145    Len: 157  Check: 2597  Weight: 1.00
   8   Name: FER1_SOLLC/1-145   Len: 157  Check: 3815  Weight: 1.00
   9   Name: Q93XJ9_SOLTU/1-145 Len: 157  Check: 4240  Weight: 1.00
  10   Name: FER1_PEA/1-150     Len: 157  Check: 9547  Weight: 1.00
  11   Name: Q7XA98_TRIPR/1-153 Len: 157  Check: 4969  Weight: 1.00
  12   Name: FER1_MESCR/1-149   Len: 157  Check: 7664  Weight: 1.00
  13   Name: FER1_SPIOL/1-148   Len: 157  Check: 5892  Weight: 1.00
  14   Name: FER3_RAPSA/1-157   Len: 157  Check: 8715  Weight: 1.00
  15   Name: FER1_ARATH/1-150   Len: 157  Check: 3201  Weight: 1.00
  16   Name: FER_BRANA/1-157    Len: 157  Check: 7649  Weight: 1.00
  17   Name: FER2_ARATH/1-150   Len: 157  Check: 4904  Weight: 1.00
  18   Name: Q93Z60_ARATH/1-150 Len: 157  Check: 4436  Weight: 1.00
  19   Name: FER1_MAIZE/1-150   Len: 157  Check: 4392  Weight: 1.00
  20   Name: O80429_MAIZE/1-142 Len: 157  Check: 8858  Weight: 1.00
  21   Name: 1A70|/1-156        Len: 156  Check:  484  Weight: 1.00
  22
  23
  24 //
  25
  26 FER_CAPAA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
  27 FER_CAPAN/1-145 MA......SV SATMISTSFM PRKPAVTSL. KPIPNVGE.. ALFGLKS.A.
  28 FER1_SOLLC/1-145 MA......SI SGTMISTSFL PRKPAVTSL. KAISNVGE.. ALFGLKS.G.
  29 Q93XJ9_SOLTU/1-145 MA......SI SGTMISTSFL PRKPVVTSL. KAISNVGE.. ALFGLKS.G.
  30 FER1_PEA/1-150 MATT...PAL YGTAVSTSFL RTQPMPMSV. TTTKAFSN.. GFLGLKT.SL
  31 Q7XA98_TRIPR/1-153 MATT...PAL YGTAVSTSFM RRQPVPMSV. ATTTTTKAFP SGFGLKSVST
  32 FER1_MESCR/1-149 MAAT..TAAL SGATMSTAFA PK..TPPMTA ALPTNVGR.. ALFGLKS.SA
  33 FER1_SPIOL/1-148 MAAT..TTTM MG..MATTFV PKPQAPPMMA ALPSNTGR.. SLFGLKT.GS
  34 FER3_RAPSA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
  35 FER1_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVGTSFI RRSPAPISLR SLPSANTQ.. SLFGLKS.GT
  36 FER_BRANA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
  37 FER2_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVSTSFL RRQQTPISLR SLPFANTQ.. SLFGLKS.ST
  38 Q93Z60_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVSTSFL RRQQTPISLR SLPFANTQ.. SLFGLKS.ST
  39 FER1_MAIZE/1-150 MATVLGSPRA PAFFFSSSSL RAAPAPTAV. .ALPAAKV.. GIMGRSA.SS
  40 O80429_MAIZE/1-142 MAAT...... ...ALSMSIL R...APPPCF SSPLRLRV.. AVAKPLA.AP
  41 1A70|/1-156  ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
  42
  43 FER_CAPAA/1-157 ~~~~~~~~~A SYKVKLITPD GPIEFDCPDD VYILDQAEEA GHDLPYSCRA
  44 FER_CAPAN/1-145 .NGGKVTCMA SYKVKLITPD GPIEFDCPDN VYILDQAEEA GHDLPYSCRA
  45 FER1_SOLLC/1-145 .RNGRITCMA SYKVKLITPE GPIEFECPDD VYILDQAEEE GHDLPYSCRA
  46 Q93XJ9_SOLTU/1-145 .RNGRITCMA SYKVKLITPD GPIEFECPDD VYILDQAEEE GHDLPYSCRA
  47 FER1_PEA/1-150 KRGDLAVAMA SYKVKLVTPD GTQEFECPSD VYILDHAEEV GIDLPYSCRA
  48 Q7XA98_TRIPR/1-153 KRGDLAVAMA TYKVKLITPE GPQEFDCPDD VYILDHAEEV GIELPYSCRA
  49 FER1_MESCR/1-149 SR.GRVTAMA AYKVTLVTPE GKQELECPDD VYILDAAEEA GIDLPYSCRA
  50 FER1_SPIOL/1-148 R..GGRMTMA AYKVTLVTPT GNVEFQCPDD VYILDAAEEE GIDLPYSCRA
  51 FER3_RAPSA/1-157 ~~~~~~~~~A TYKVKFITPE GEQEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
  52 FER1_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GELEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
  53 FER_BRANA/1-157 ~~~~~~~~~A TYKVKFITPE GEQEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
  54 FER2_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GEQEVECEED VYVLDAAEEA GLDLPYSCRA
  55 Q93Z60_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GEQEVECEED VYVLDAAEEA GLDLPYSCRA
  56 FER1_MAIZE/1-150 RR..RLRAQA TYNVKLITPE GEVELQVPDD VYILDQAEED GIDLPYSCRA
  57 O80429_MAIZE/1-142 MRRQLLRAQA TYNVKLITPE GEVELQVPDD VYILDFAEEE GIDLPFSCRA
  58 1A70|/1-156  ~~~~~~~~~A AYKVTLVTPT GNVEFQCPDD VYILDAAEEE GIDLPYSCRA
  59
  60 FER_CAPAA/1-157 GSCSSCAGKI AGGAVDQTDG NFLDDDQLEE GWVLTCVAYP QSDVTIETHK
  61 FER_CAPAN/1-145 GSCSSCAGKI AGGAVDQTDG NFLDDDQLEE GWVLTCVAYP QSDVTIETHK
  62 FER1_SOLLC/1-145 GSCSSCAGKV TAGSVDQSDG NFLDEDQEAA GFVLTCVAYP KGDVTIETHK
  63 Q93XJ9_SOLTU/1-145 GSCSSCAGKV TAGTVDQSDG KFLDDDQEAA GFVLTCVAYP KCDVTIETHK
  64 FER1_PEA/1-150 GSCSSCAGKV VGGEVDQSDG SFLDDEQIEA GFVLTCVAYP TSDVVIETHK
  65 Q7XA98_TRIPR/1-153 GSCSSCAGKV VNGNVNQEDG SFLDDEQIEG GWVLTCVAFP TSDVTIETHK
  66 FER1_MESCR/1-149 GSCSSCAGKV TSGSVNQDDG SFLDDDQIKE GWVLTCVAYP TGDVTIETHK
  67 FER1_SPIOL/1-148 GSCSSCAGKL KTGSLNQDDQ SFLDDDQIDE GWVLTCAAYP VSDVTIETHK
  68 FER3_RAPSA/1-157 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLDDDQIAE GFVLTCAAYP TSDVTIETHR
  69 FER1_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLDDEQIGE GFVLTCAAYP TSDVTIETHK
  70 FER_BRANA/1-157 GSCSSCAGKV VSGFVDQSDE SFLDDDQIAE GFVLTCAAYP TSDVTIETHK
  71 FER2_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSIDQSDQ SFLDDEQMSE GYVLTCVAYP TSDVVIETHK
  72 Q93Z60_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSIDQSDQ SFLDD~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
  73 FER1_MAIZE/1-150 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SYLDDGQIAD GWVLTCHAYP TSDVVIETHK
  74 O80429_MAIZE/1-142 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLNDNQVAD GWVLTCAAYP TSDVVIETHK
  75 1A70|/1-156  GSCSSCAGKL KTGSLNQDDQ SFLDDDQIDE GWVLTCAAYP VSDVTIETHK
  76
  77 FER_CAPAA/1-157 EAELVG~
  78 FER_CAPAN/1-145 EAELVG~
  79 FER1_SOLLC/1-145 EEELTA~
  80 Q93XJ9_SOLTU/1-145 EEELTA~
  81 FER1_PEA/1-150 EEDLTA~
  82 Q7XA98_TRIPR/1-153 EEELTA~
  83 FER1_MESCR/1-149 EEELTA~
  84 FER1_SPIOL/1-148 EEELTA~
  85 FER3_RAPSA/1-157 EEDMV~~
  86 FER1_ARATH/1-150 EEDIV~~
  87 FER_BRANA/1-157 EEELV~~
  88 FER2_ARATH/1-150 EEAIM~~
  89 Q93Z60_ARATH/1-150 ~~~~~~~
  90 FER1_MAIZE/1-150 EEELTGA
  91 O80429_MAIZE/1-142 EDDLL~~
  92 1A70|/1-156  KEELTA
  93