JAL-2759 Keep numColumns up to date
[jalview.git] / examples / testdata / test.msf
1 !!AA_MULTIPLE_ALIGNMENT 1.0
2
3    MSF: 157   Type: P    Check:  4683   ..
4
5
6   Name: FER_CAPAA/1-157    Len: 157  Check: 3320  Weight: 1.00
7   Name: FER_CAPAN/1-145    Len: 157  Check: 2597  Weight: 1.00
8   Name: FER1_SOLLC/1-145   Len: 157  Check: 3815  Weight: 1.00
9   Name: Q93XJ9_SOLTU/1-145 Len: 157  Check: 4240  Weight: 1.00
10   Name: FER1_PEA/1-150     Len: 157  Check: 9547  Weight: 1.00
11   Name: Q7XA98_TRIPR/1-153 Len: 157  Check: 4969  Weight: 1.00
12   Name: FER1_MESCR/1-149   Len: 157  Check: 7664  Weight: 1.00
13   Name: FER1_SPIOL/1-148   Len: 157  Check: 5892  Weight: 1.00
14   Name: FER3_RAPSA/1-157   Len: 157  Check: 8715  Weight: 1.00
15   Name: FER1_ARATH/1-150   Len: 157  Check: 3201  Weight: 1.00
16   Name: FER_BRANA/1-157    Len: 157  Check: 7649  Weight: 1.00
17   Name: FER2_ARATH/1-150   Len: 157  Check: 4904  Weight: 1.00
18   Name: Q93Z60_ARATH/1-150 Len: 157  Check: 4436  Weight: 1.00
19   Name: FER1_MAIZE/1-150   Len: 157  Check: 4392  Weight: 1.00
20   Name: O80429_MAIZE/1-142 Len: 157  Check: 8858  Weight: 1.00
21   Name: 1A70|/1-156        Len: 156  Check:  484  Weight: 1.00
22
23
24 //
25
26 FER_CAPAA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
27 FER_CAPAN/1-145 MA......SV SATMISTSFM PRKPAVTSL. KPIPNVGE.. ALFGLKS.A.
28 FER1_SOLLC/1-145 MA......SI SGTMISTSFL PRKPAVTSL. KAISNVGE.. ALFGLKS.G.
29 Q93XJ9_SOLTU/1-145 MA......SI SGTMISTSFL PRKPVVTSL. KAISNVGE.. ALFGLKS.G.
30 FER1_PEA/1-150 MATT...PAL YGTAVSTSFL RTQPMPMSV. TTTKAFSN.. GFLGLKT.SL
31 Q7XA98_TRIPR/1-153 MATT...PAL YGTAVSTSFM RRQPVPMSV. ATTTTTKAFP SGFGLKSVST
32 FER1_MESCR/1-149 MAAT..TAAL SGATMSTAFA PK..TPPMTA ALPTNVGR.. ALFGLKS.SA
33 FER1_SPIOL/1-148 MAAT..TTTM MG..MATTFV PKPQAPPMMA ALPSNTGR.. SLFGLKT.GS
34 FER3_RAPSA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
35 FER1_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVGTSFI RRSPAPISLR SLPSANTQ.. SLFGLKS.GT
36 FER_BRANA/1-157 ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
37 FER2_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVSTSFL RRQQTPISLR SLPFANTQ.. SLFGLKS.ST
38 Q93Z60_ARATH/1-150 MAST....AL SSAIVSTSFL RRQQTPISLR SLPFANTQ.. SLFGLKS.ST
39 FER1_MAIZE/1-150 MATVLGSPRA PAFFFSSSSL RAAPAPTAV. .ALPAAKV.. GIMGRSA.SS
40 O80429_MAIZE/1-142 MAAT...... ...ALSMSIL R...APPPCF SSPLRLRV.. AVAKPLA.AP
41 1A70|/1-156  ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
42
43 FER_CAPAA/1-157 ~~~~~~~~~A SYKVKLITPD GPIEFDCPDD VYILDQAEEA GHDLPYSCRA
44 FER_CAPAN/1-145 .NGGKVTCMA SYKVKLITPD GPIEFDCPDN VYILDQAEEA GHDLPYSCRA
45 FER1_SOLLC/1-145 .RNGRITCMA SYKVKLITPE GPIEFECPDD VYILDQAEEE GHDLPYSCRA
46 Q93XJ9_SOLTU/1-145 .RNGRITCMA SYKVKLITPD GPIEFECPDD VYILDQAEEE GHDLPYSCRA
47 FER1_PEA/1-150 KRGDLAVAMA SYKVKLVTPD GTQEFECPSD VYILDHAEEV GIDLPYSCRA
48 Q7XA98_TRIPR/1-153 KRGDLAVAMA TYKVKLITPE GPQEFDCPDD VYILDHAEEV GIELPYSCRA
49 FER1_MESCR/1-149 SR.GRVTAMA AYKVTLVTPE GKQELECPDD VYILDAAEEA GIDLPYSCRA
50 FER1_SPIOL/1-148 R..GGRMTMA AYKVTLVTPT GNVEFQCPDD VYILDAAEEE GIDLPYSCRA
51 FER3_RAPSA/1-157 ~~~~~~~~~A TYKVKFITPE GEQEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
52 FER1_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GELEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
53 FER_BRANA/1-157 ~~~~~~~~~A TYKVKFITPE GEQEVECDDD VYVLDAAEEA GIDLPYSCRA
54 FER2_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GEQEVECEED VYVLDAAEEA GLDLPYSCRA
55 Q93Z60_ARATH/1-150 ARGGRVTAMA TYKVKFITPE GEQEVECEED VYVLDAAEEA GLDLPYSCRA
56 FER1_MAIZE/1-150 RR..RLRAQA TYNVKLITPE GEVELQVPDD VYILDQAEED GIDLPYSCRA
57 O80429_MAIZE/1-142 MRRQLLRAQA TYNVKLITPE GEVELQVPDD VYILDFAEEE GIDLPFSCRA
58 1A70|/1-156  ~~~~~~~~~A AYKVTLVTPT GNVEFQCPDD VYILDAAEEE GIDLPYSCRA
59
60 FER_CAPAA/1-157 GSCSSCAGKI AGGAVDQTDG NFLDDDQLEE GWVLTCVAYP QSDVTIETHK
61 FER_CAPAN/1-145 GSCSSCAGKI AGGAVDQTDG NFLDDDQLEE GWVLTCVAYP QSDVTIETHK
62 FER1_SOLLC/1-145 GSCSSCAGKV TAGSVDQSDG NFLDEDQEAA GFVLTCVAYP KGDVTIETHK
63 Q93XJ9_SOLTU/1-145 GSCSSCAGKV TAGTVDQSDG KFLDDDQEAA GFVLTCVAYP KCDVTIETHK
64 FER1_PEA/1-150 GSCSSCAGKV VGGEVDQSDG SFLDDEQIEA GFVLTCVAYP TSDVVIETHK
65 Q7XA98_TRIPR/1-153 GSCSSCAGKV VNGNVNQEDG SFLDDEQIEG GWVLTCVAFP TSDVTIETHK
66 FER1_MESCR/1-149 GSCSSCAGKV TSGSVNQDDG SFLDDDQIKE GWVLTCVAYP TGDVTIETHK
67 FER1_SPIOL/1-148 GSCSSCAGKL KTGSLNQDDQ SFLDDDQIDE GWVLTCAAYP VSDVTIETHK
68 FER3_RAPSA/1-157 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLDDDQIAE GFVLTCAAYP TSDVTIETHR
69 FER1_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLDDEQIGE GFVLTCAAYP TSDVTIETHK
70 FER_BRANA/1-157 GSCSSCAGKV VSGFVDQSDE SFLDDDQIAE GFVLTCAAYP TSDVTIETHK
71 FER2_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSIDQSDQ SFLDDEQMSE GYVLTCVAYP TSDVVIETHK
72 Q93Z60_ARATH/1-150 GSCSSCAGKV VSGSIDQSDQ SFLDD~~~~~ ~~~~~~~~~~ ~~~~~~~~~~
73 FER1_MAIZE/1-150 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SYLDDGQIAD GWVLTCHAYP TSDVVIETHK
74 O80429_MAIZE/1-142 GSCSSCAGKV VSGSVDQSDQ SFLNDNQVAD GWVLTCAAYP TSDVVIETHK
75 1A70|/1-156  GSCSSCAGKL KTGSLNQDDQ SFLDDDQIDE GWVLTCAAYP VSDVTIETHK
76
77 FER_CAPAA/1-157 EAELVG~
78 FER_CAPAN/1-145 EAELVG~
79 FER1_SOLLC/1-145 EEELTA~
80 Q93XJ9_SOLTU/1-145 EEELTA~
81 FER1_PEA/1-150 EEDLTA~
82 Q7XA98_TRIPR/1-153 EEELTA~
83 FER1_MESCR/1-149 EEELTA~
84 FER1_SPIOL/1-148 EEELTA~
85 FER3_RAPSA/1-157 EEDMV~~
86 FER1_ARATH/1-150 EEDIV~~
87 FER_BRANA/1-157 EEELV~~
88 FER2_ARATH/1-150 EEAIM~~
89 Q93Z60_ARATH/1-150 ~~~~~~~
90 FER1_MAIZE/1-150 EEELTGA
91 O80429_MAIZE/1-142 EDDLL~~
92 1A70|/1-156  KEELTA
93