returning src2 -> srcjar
[jalview.git] / examples / testdata / test_fts_data_columns.conf
1 uniprot_data_columns
2 #
3 _group.id
4 _group.name
5 _group.sort_order
6 g1;Quality Measures;3
7 g2;Cross References;2
8 g3;Names & Taxonomy;1
9 g4;Procedures & Softwares;4
10 g5;Date Of;5
11 g6;Miscellenous;6
12 g7;Sequences;7
13 g8;Function;8
14 g9;Interaction;9
15 g10;Expression;10
16 g11;Gene Ontology;11
17 g12;Pathology & Biotech;12
18 g13;Subcellular location;13
19 g14;PTM / Processing;14
20 g15;Structure;15
21 g16;Publications;16
22 g17;Date of;17
23 g18;Family & Domain;18
24 #
25 _data_column.primary_key;entry name
26 _data_column.default_response_page_size;100
27 #
28 _data_column.name
29 _data_column.code
30 _data_column.group_id
31 _data_column.data_type
32 _data_column.min_col_width
33 _data_column.max_col_width
34 _data_column.preferred_col_width
35 _data_column.is_shown_by_default
36 _data_column.is_searchable
37 Entry Name;entry name;String;g3;80;100;85;true;true
38 Protein names;protein names;String;g3;300;1500;500;true;true
39 Gene Names;genes;String;g3;50;1000;95;true;true
40 Organism;organism;String;g3;50;1000;95;true;true
41 Organism ID;organism-id;int;g3;60;100;80;false;true
42 Proteomes;proteome;String;g3;50;1000;95;false;true
43 Taxonomic lineage (ALL);lineage(ALL);String;g3;50;400;95;false;false
44 Virus hosts;virus hosts;String;g3;50;1000;95;false;true
45 Fragment;fragment;String;g7;50;1000;95;false;true
46 Gene encoded by;encodedon;String;g7;50;1000;95;false;true
47 Alternative products (isoforms);comment(ALTERNATIVE PRODUCTS);String;g7;50;1000;95;false;false
48 Erroneous gene model prediction;comment(ERRONEOUS GENE MODEL PREDICTION);String;g7;50;1000;95;false;false
49 Erroneous initiation;comment(ERRONEOUS INITIATION);String;g7;50;1000;95;false;false
50 Erroneous translation;comment(ERRONEOUS TRANSLATION);String;g7;50;1000;95;false;false
51 Frameshift;comment(FRAMESHIFT);String;g7;50;1000;95;false;false
52 Mass spectrometry;comment(MASS SPECTROMETRY);String;g7;50;1000;95;false;false
53 Polymorphism;comment(POLYMORPHISM);String;g7;50;1000;95;false;false
54 RNA editing;comment(RNA EDITING);String;g7;50;1000;95;false;false
55 Sequence caution;comment(SEQUENCE CAUTION);String;g7;50;1000;95;false;false
56 Length;length;int;g7;50;100;95;false;true
57 Mass;mass;String;g7;50;100;80;false;true
58 Sequence;sequence;String;g7;50;1000;95;false;true
59 Alternative sequence;feature(ALTERNATIVE SEQUENCE);String;g7;50;1000;95;false;false
60 Natural variant;feature(NATURAL VARIANT);String;g7;50;1000;95;false;false
61 Non-adjacent residues;feature(NON ADJACENT RESIDUES);String;g7;50;1000;95;false;false
62 Non-standard residue;feature(NON STANDARD RESIDUE);String;g7;50;1000;95;false;false
63 Non-terminal residue;feature(NON TERMINAL RESIDUE);String;g7;50;1000;95;false;false
64 Sequence conflict;feature(SEQUENCE CONFLICT);String;g7;50;1000;95;false;false
65 Sequence uncertainty;feature(SEQUENCE UNCERTAINTY);String;g7;50;1000;95;false;false
66 Version (Sequence);version(sequence);String;g7;50;1000;95;false;false
67 EC number;ec;String;g8;50;1000;95;false;true
68 Absorption;comment(ABSORPTION);String;g8;50;1000;95;false;false
69 Catalytic activity;comment(CATALYTIC ACTIVITY);String;g8;50;1000;95;false;false
70 Cofactor;comment(COFACTOR);String;g8;50;1000;95;false;false
71 Enzyme regulation;comment(ENZYME REGULATION);String;g8;50;1000;95;false;false
72 Function [CC];comment(FUNCTION);String;g8;50;1000;95;false;false
73 Kinetics;comment(KINETICS);String;g8;50;1000;95;false;false
74 Pathway;comment(PATHWAY);String;g8;50;1000;95;false;false
75 Redox potential;comment(REDOX POTENTIAL);String;g8;50;1000;95;false;false
76 Temperature dependence;comment(TEMPERATURE DEPENDENCE);String;g8;50;1000;95;false;false
77 pH dependence;comment(PH DEPENDENCE);String;g8;50;1000;95;false;false
78 Active site;feature(ACTIVE SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
79 Binding site;feature(BINDING SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
80 DNA binding;feature(DNA BINDING);String;g8;50;1000;95;false;false
81 Metal binding;feature(METAL BINDING);String;g8;50;1000;95;false;false
82 Nucleotide binding;feature(NP BIND);String;g8;50;1000;95;false;false
83 Site;feature(SITE);String;g8;50;1000;95;false;false
84 Annotation;annotation score;String;g6;50;1000;95;false;true
85 Features;features;String;g6;50;1000;95;false;true
86 Caution;comment(CAUTION);String;g6;50;1000;95;false;false
87 Miscellaneous [CC];comment(GENERAL);String;g6;50;1000;95;false;false
88 Keywords;keywords;String;g6;50;1000;95;false;true
89 Protein existence;existence;String;g6;50;1000;95;false;true
90 Status;reviewed;String;g6;50;1000;95;false;true
91 ALL;entry name;String;g7;50;1000;95;false;true;
92 Subunit structure [CC];comment(SUBUNIT);String;g9;50;1000;95;false;false
93 Interacts with;interactor;String;g9;50;1000;95;false;true
94 Developmental stage;comment(DEVELOPMENTAL STAGE);String;g10;50;1000;95;false;false
95 Induction;comment(INDUCTION);String;g10;50;1000;95;false;false
96 Tissue specificity;comment(TISSUE SPECIFICITY);String;g10;50;1000;95;false;false
97 Gene ontology (GO);go;String;g11;50;1000;95;false;true
98 Gene ontology (biological process);go(biological process);String;g11;50;1000;95;false;false
99 Gene ontology (molecular function);go(molecular function);String;g11;50;1000;95;false;false
100 Gene ontology (cellular component);go(cellular component);String;g11;50;1000;95;false;false
101 Gene ontology IDs;go-id;String;g11;50;1000;95;false;true
102 Allergenic properties;comment(ALLERGEN);String;g12;50;1000;95;false;false
103 Biotechnological use;comment(BIOTECHNOLOGY);String;g12;50;1000;95;false;false
104 Disruption phenotype;comment(DISRUPTION PHENOTYPE);String;g12;50;1000;95;false;false
105 Involvement in disease;comment(DISEASE);String;g12;50;1000;95;false;false
106 Pharmaceutical use;comment(PHARMACEUTICAL);String;g12;50;1000;95;false;false
107 Toxic dose;comment(TOXIC DOSE);String;g12;50;1000;95;false;false
108 Subcellular location [CC];comment(SUBCELLULAR LOCATION);String;g13;50;1000;95;false;false
109 Intramembrane;feature(INTRAMEMBRANE);String;g13;50;1000;95;false;false
110 Topological domain;feature(TOPOLOGICAL DOMAIN);String;g13;50;1000;95;false;false
111 Transmembrane;feature(TRANSMEMBRANE);String;g13;50;1000;95;false;false
112 Post-translational modification;comment(PTM);String;g14;50;1000;95;false;false
113 Chain;feature(CHAIN);String;g14;50;1000;95;false;false
114 Cross-link;feature(CROSS LINK);String;g14;50;1000;95;false;false
115 Disulfide bond;feature(DISULFIDE BOND);String;g14;50;1000;95;false;false
116 Glycosylation;feature(GLYCOSYLATION);String;g14;50;1000;95;false;false
117 Initiator methionine;feature(INITIATOR METHIONINE);String;g14;50;1000;95;false;false
118 Lipidation;feature(LIPIDATION);String;g14;50;1000;95;false;false
119 Modified residue;feature(MODIFIED RESIDUE);String;g14;50;1000;95;false;false
120 Peptide;feature(PEPTIDE);String;g14;50;1000;95;false;false
121 Propeptide;feature(PROPEPTIDE);String;g14;50;1000;95;false;false
122 Signal peptide;feature(SIGNAL);String;g14;50;1000;95;false;false
123 Transit peptide;feature(TRANSIT);String;g14;50;1000;95;false;false
124 3D;3d;String;g15;50;1000;95;false;false
125 Beta strand;feature(BETA STRAND);String;g15;50;1000;95;false;false
126 Helix;feature(HELIX);String;g15;50;1000;95;false;false
127 Turn;feature(TURN);String;g15;50;1000;95;false;false
128 PubMed ID;citation;String;g16;50;1000;95;false;true
129 Date of creation;created;String;g17;80;150;100;true;true
130 Date of last modification;last-modified;String;g17;80;150;100;true;true
131 Date of last sequence modification;sequence-modified;String;g17;80;150;100;false;true
132 Version (entry);version(entry);int;g17;80;100;80;false;false
133 Domain [CC];comment(DOMAIN);String;g18;80;1000;95;false;false
134 Sequence similarities;comment(SIMILARITY);String;g18;50;1000;95;false;false
135 Protein families;families;String;g18;50;1000;95;false;true
136 Coiled coil;feature(COILED COIL);String;g18;50;1000;95;false;false
137 Compositional bias;feature(COMPOSITIONAL BIAS);String;g18;50;1000;95;false;false
138 Domain [FT];feature(DOMAIN EXTENT);String;g18;50;1000;95;false;false
139 Motif;feature(MOTIF);String;g18;50;1000;95;false;false
140 Region;feature(REGION);String;g18;50;1000;95;false;false
141 Repeat;feature(REPEAT);String;g18;50;1000;95;false;false
142 Zinc finger;feature(ZINC FINGER);String;g18;50;1000;95;false;false
143 Cross-reference (EMBL);database(EMBL);String;g2;50;1000;95;false;false
144 Cross-reference (PDB);database(PDB);String;g2;50;1000;95;false;false
145 Cross-reference (ENSEMBL);database(ENSEMBL);String;g2;50;1000;95;false;false
146 Cross-reference (PFAM);database(PFAM);String;g2;50;1000;95;false;false
147 Cross-reference (RFAM);database(RFAM);String;g2;50;1000;95;false;false
148 Cross-reference (CATH);database(CATH);String;g2;50;1000;95;false;false
149 Cross-reference (SCOPE);database(SCOPE);String;g2;50;1000;95;false;false
150 Cross-reference (GO);database(GO);String;g2;50;1000;95;false;false
151 Cross-reference (INTERPRO);database(INTERPRO);String;g2;50;1000;95;false;false
152 Mapped PubMed ID;citationmapping;String;g16;50;1000;95;false;true
153 #