examples/u_embeddedWJmol.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21   <TITLE>Jalview and Jmol</TITLE>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24   <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25   <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26
  27   <!--[if IE 6]>
  28       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  29       <![endif]-->
  30
  31   <!--[if IE 7]>
  32       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  33       <![endif]-->
  34
  35   <!-- dd menu -->
  36   <script type="text/javascript">
  37     <!--
  38         var timeout         = 500;
  39         var closetimer  = 0;
  40         var ddmenuitem      = 0;
  41
  42         // open hidden layer
  43         function mopen(id)
  44         {
  45         // cancel close timer
  46         mcancelclosetime();
  47
  48         // close old layer
  49         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  50
  51         // get new layer and show it
  52         ddmenuitem = document.getElementById(id);
  53         ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  54
  55         }
  56         // close showed layer
  57         function mclose()
  58         {
  59         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  60         }
  61
  62         // go close timer
  63         function mclosetime()
  64         {
  65         closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  66         }
  67
  68         // cancel close timer
  69         function mcancelclosetime()
  70         {
  71         if(closetimer)
  72         {
  73         window.clearTimeout(closetimer);
  74         closetimer = null;
  75         }
  76         }
  77
  78         // close layer when click-out
  79         document.onclick = mclose;
  80         // -->
  81   </script>
  82   <script>
  83     <!--//--><![CDATA[//><!--
  84 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  85 //--><!]]>
  86   </script>
  87 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  88 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
  89 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  90 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  91 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  92 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  93 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
  94 -->
  95 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  96 <script language="JavaScript">
  97 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  98 // jmolInitialize('jmol');
  99 jmolInitialize("","u_JmolApplet-12.2.4.jar");
 100 function genHref()
 101 {
 102  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
 103  for(i=0; i<11; i++)
 104  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
 105  }
 106  window.location=href;
 107 }
 108 </script>
 109 <script>
 110  var loglevel=1;
 111  function dbg(lvl,string) {
 112   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
 113  }
 114  var _lastTime=new Date();
 115  var _path;
 116  var _datazip;
 117  var _zip;
 118  var alignA;
 119  var alignB;
 120  var featuresA;
 121  var featuresB;
 122  var pairs;
 123  var atompairs;
 124  var structdata;
 125  var jmolview;
 126  var jvstructassoc;
 127  var modeltofiles = new Array();
 128
 129  function lJvA() {
 130   jvfollower = document.getElementById("jvA");
 131   setConsole(document.getElementById("stdout"));
 132
 133   sep = jvfollower.getSeparator();
 134   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 135   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
 136  };
 137
 138  var _jvA=new Object();
 139  _jvA.attributes = {
 140   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 141   archive : 'u_jalviewApplet.jar',
 142   width : '500',
 143   height : '350',
 144   mayscript : 'True',
 145   scriptable: 'True',
 146   id : 'jvA'
 147  };
 148  _jvA.parameters = {
 149    java_arguments : "-Xmx256m",
 150   externalstructureviewer : "true",
 151    oninit : "lJvA",
 152   automaticScrolling : "true",
 153 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
 154   file : "uniref50_mz.fa",
 155
 156   relaxedidmatch : "true",
 157   debug : "true",
 158   wrap : "false",
 159   // separator : "^",
 160   showAnnotation : "false",
 161   embedded : "true",
 162   showFullId : "false",
 163   RGB : "F2F2FF",
 164   linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 165   linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 166   ,
 167   linkLabel_2 : "Uniprot"
 168   ,
 169   linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 170   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
 171   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
 172   permissions : "sandbox"
 173  };
 174  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
 175   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
 176   modeltofiles+="1gaq.txt";
 177 </script>
 178
 179 </head>
 180
 181
 182 <body>
 183
 184
 185   <div id="header">
 186     <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
 187     <ul id="buttons">
 188       <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 189       <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 190     </ul>
 191   </div>
 192
 193
 194   <div id ="nav">
 195     <div id="navInner">
 196
 197       <ul id="sddm">
 198         <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 199         <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 200           <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 201             <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 202             <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 203             <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 204           </div>
 205         </li>
 206         <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 207         <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 208           <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 209             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 210             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 211             <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 212             <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 213           </div>
 214         </li>
 215         <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 216           <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 217             <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 218             <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 219             <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 220             <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 221           </div>
 222         </li>
 223         <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 224           <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 225             <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 226             <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 227           </div>
 228         </li>
 229         <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 230       </ul>
 231       <div style="clear:both"></div>
 232     </div>
 233
 234   </div>
 235 <div id="pageWrap">
 236
 237 <div id="sideNav">
 238   <ul>
 239       <li ><a href="u_applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 240       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 241       <li ><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 242       <li ><a href="u_embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 243       <li class="jvlite-nav-small"><a href="u_embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 244       <li ><a href="u_formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 245       <li ><a href="u_javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 246       <li ><a href="u_linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 247   </ul>
 248 </div>
 249
 250 <div id="content" class="content">
 251
 252
 253 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 254
 255 <div style="width: 100%">
 256 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 257 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 258  Scary Java warnings ?<br/>Try <a href="embeddedWJmol.html">the signed applet demos</a>
 259 </div>
 260 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 261 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="u_jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="u_JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 262 </p></div>
 263 </div>
 264 </div>
 265
 266 <!-- content template start -->
 267 <h2>Structure and Alignment</h2>
 268 <p>This demo shows how JalviewLite and Jmol can be integrated with the JalviewLite javascript library.</p>
 269 <center>
 270  <script>
 271   jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 272  </script>
 273  <script>
 274   deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 275  </script>
 276 </center>
 277 <!-- content template end -->
 278
 279
 280
 281 </div> <!-- end content div -->
 282
 283 </div> <!-- content -->
 284 </div> <!-- pagewrap -->
 285 <div id ="footer">
 286 <div id="innerFooter">
 287 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 288 <div id="cite">
 289 <p>
 290 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 291 </p>
 292 <br />
 293 <p>
 294 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 295 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 296 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 297 </p>
 298 </div>
 299 </div>
 300 </div>
 301 </body>
 302 </html>