JAL-1541 added Jsoup to the InstallAnywhere config
[jalview.git] / examples-jbake / content / jalviewLiteJs.html
1 title=Javascript API
2 type=page
3 status=published
4 level=0
5 ~~~~~~
6
7
8                 <p>The jalviewLite applet's application programming interface (API) includes two components. A <a href="javascript/jalview.js">JalviewLite Javascript Library</a> and the <a href="#api">public methods on the JalviewLite applet</a>.
9 </p>
10                 <h3>Notes</h3>
11                 <ul>
12                 <li>Unfortunately Javascript - Java communication is not possible
13                 using Internet Explorer or Opera on Macs. Please use Safari or
14                 Firefox.</li>
15                 <li>If more than one Jalview window is open, Jalview returns the
16                 alignment in the active window, unless you provide an AlignFrame
17                 object reference.</li>
18                 <li>The alignment output format can be either Fasta, PFAM, Clustal,
19                 MSF, PIR, or BLC.</li>
20                 <li>When referring to the Jalview applet in javascript, you must
21                 either give Jalview a name in the applet tag or use the document.applets index.</li>
22                 <li>When creating javascript functions that are called by jalviewLite (e.g. the <em>oninit</em> parameter, or any mouseOver, selection or structureListener handlers), ensure they complete very quickly, and do not access any jalview API methods that might result in more javascript calls (this which will cause your browser to hang). If you need to do this, we suggest that jalviewLite callbacks are used to add new javascript events to a queue (e.g. using a Jquery timer callback) to avoid any concurrency issues.
23                 </li>
24                 </ul>
25                 <a name="api">
26                 <h1>JalviewLite's Javascript API</h1></a>
27                 <p>The following public methods on the jalviewLite applet are available to be called from javascript:</p>
28                 <pre>//get list of IDs of selected sequences
29 public String getSelectedSequences()
30
31 // list of IDs of selected sequences terminated by sep or, if sep is null, '&#172;' (&amp;#172;)
32 public String getSelectedSequences(sep)
33
34 // get list of selected sequences from specific alignFrame. (2.7)
35 public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf)
36 public String getSelectedSequencesFrom(AlignFrame alf, String sep)
37
38 // highlight a position in a specific sequence or a column in an alignment containing it
39 // provide ID sequence to highlight, integer (range highlighting will be supported in future versions)
40 // and flag indicating if position is an alignment column or given according to sequence numbering (2.7)
41 public void highlight(String sequenceId, String position, String alignedPosition)
42 public void highlightIn(AlignFrame alf, String sequenceId, String position, String alignedPosition)
43
44
45 // select regions of the currrent alignment frame using a list of sequence ids and a list of 
46 // column numbers and ranges (with minus sign indicating start-end) (separated by default separator) (2.7) 
47 public void select(String sequenceIds, String columns)
48 public void select(String sequenceIds, String columns, String sep)
49 public void selectIn(AlignFrame alf, String sequenceIds, String columns)
50 public void selectIn(AlignFrame alf, String sequenceIds, String columns, String sep)
51
52
53 // get selected sequences as alignment as format with or without start-end suffix
54 public String getSelectedSequencesAsAlignment(String format, boolean suffix)
55
56 // get selected sequences as alignment from given view as format with or without start-end suffix
57 public String getSelectedSequencesAsAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format, boolean suffix)
58
59 // get a separator separated list of sequence IDs reflecting the order of the current alignment (2.7)
60 public String getAlignmentOrder();
61 public String getAlignmentOrderFrom(AlignFrame alf);
62 public String getAlignmentOrderFrom(AlignFrame alf, String sep);
63
64 // re-order the current alignment using the given list of sequence IDs separated by sep
65 // undoName - is string to use when referring to ordering action in undo buffer
66 // returns 'true' if alignment was actually reordered. empty string if alignment did not contain sequences.
67 // (v2.7)
68 public String orderBy(String order, String undoName)
69 public String orderBy(String order, String undoName, String sep)
70 String orderAlignmentBy(AlignFrame alf, String order, String undoName, String sep)
71
72
73 // get alignment as format
74 public String getAlignment(String format)
75
76 // get alignment as format with jalview 
77 // start-end sequence suffix appended
78 public String getAlignment(String format, String suffix)
79
80 // get alignment displayed in alf as format
81 public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format)
82
83 // get alignment displayed in alf as format 
84 // with jalview start-end sequence suffix appended
85 public String getAlignmentFrom(AlignFrame alf, String format, String suffix)
86
87 // add the given features or annotation to the current alignment
88 // if features are loaded, feature display is automatically enabled
89 public void loadAnnotation(String annotation)
90
91 // add the given features or annotation to the given alignment view
92 // if features are loaded, feature display is automatically enabled
93 public void loadAnnotationFrom(AlignFrame alf, String annotation)
94
95 // parse the given string as a jalview or GFF features file and optionally enable feature display on the current alignment
96 // (v2.8)
97 public abstract void loadFeatures(String features, boolean autoenabledisplay)
98
99 // parse the given string as a jalview or GFF features file and optionally enable feature display on the given alignment
100 // (v2.8)
101 public abstract void loadFeaturesFrom(AlignFrame alf, String features, boolean autoenabledisplay)
102
103 // get the sequence features in the given format (Jalview or GFF)
104 public String getFeatures(String format)
105
106 // get the sequence features in alf in the given format (Jalview or GFF)
107 public String getFeaturesFrom(AlignFrame alf, String format)
108
109 // get current alignment's annotation as an annotation file
110 public String getAnnotation()
111
112 // get alignment view alf's annotation as an annotation file
113 public String getAnnotationFrom(AlignFrame alf)
114
115 // create a new view and return the alignFrame instance
116 public AlignFrame newView()
117
118 // create a new view named name and return the alignFrame instance
119 public AlignFrame newView(String name)
120
121 // create a new view on alf and return the alignFrame instance
122 public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf)
123
124 // create a new view named name on alf 
125 // and return the alignFrame instance
126 public AlignFrame newViewFrom(AlignFrame alf, String name)
127
128 // load a new alignment 
129 // remember to store the AlignFrame object reference 
130 // if you want to manipulate the new alignment view.
131 public AlignFrame loadAlignment(String text, String title)
132
133
134 // register a javascript function to handle any alignment mouseover events
135 // listener is name of javascript function  which will be called
136 // with arguments [jalview.appletgui.AlignFrame,String(sequence id),
137 // String(column in alignment), String(position in sequence)]
138 // (v2.7)
139 public void setMouseoverListener(String listener)
140
141 // register a javascript function to handle mouseover events for specific alignframe
142 // (v2.7)
143 public void setMouseoverListener(AlignFrame af, String listener)
144
145 // register a javascript function to handle alignment selection events. 
146 // Events are generated when the user completes a selection event, or when
147 // the user deselects all selected regions.
148 // listener is name of javascript function  that will be called with arguments
149 //  [jalview.appletgui.AlignFrame, String(sequence set id), 
150 //   String(separator separated list of sequences which were selected), 
151 //   String(separator separated list of column ranges)]
152 // (v2.7)
153 public void setSelectionListener(String listener)
154
155 // register a selection listener for a specific alignment frame
156 // (v2.7)
157 public void setSelectionListener(AlignFrame af, String listener)
158
159 // register a javascript function to handle events normally routed 
160 // to a Jmol structure viewer.
161 // listener is a javascript function called with several different types 
162 // of arguments, dependent on the type of structure callback event. 
163 // See jalview.javascript.MouseOverStructureListener for full details or
164 // the embedded Jmol example.
165 // modelSet - is a separator separated list of PDB file URIs that this viewer is handling (where position in list equals model number in Jmol).
166 // (v2.7)
167 public void setStructureListener(String listener, String modelSet)
168
169 // remove any callback using the given listener function and associated with
170 // the given alignFrame (or null for all callbacks) (v2.7)
171 public void removeJavascriptListener(AlignFrame af, String listener)
172
173 // send a mouseover message to all the alignment windows associated with the
174 // given residue in the pdbfile (v2.7)
175 public void mouseOverStructure(String pdbResNum, String chain, String pdbfile)
176
177 // bind a pdb file to a sequence in the given alignFrame - this will be searched
178 // for sequences matching sequenceId. The PDB file in pdbFile is either the contents
179 // of a PDB file or a URI that can be used to retrieve the file, and the pdbEntryString
180 // is the user friendly name (or PDBID) shown in jalview's user interface.
181 // returns true if binding was as success (v2.7)
182 public boolean addPdbFile(AlignFrame alFrame, 
183     String sequenceId, String pdbEntryString, String pdbFile)
184
185 // adjust horizontal/vertical scroll in alf to the make 
186 // the given location the top left hand corner for given current view (v2.7)
187 public void scrollViewToIn(AlignFrame alf, String topRow, String leftHandColumn)
188
189 // adjust horizontal scroll in alf to the make 
190 // the given location the left hand corner for given current view (v2.7)
191 public void scrollViewToColumnIn(AlignFrame alf, String leftHandColumn)
192
193 // adjust horizontal/vertical scroll in alf to the make 
194 // the given location the top row for given current view (v2.7)
195 public void scrollViewToRowIn(AlignFrame alf, String topRow)
196
197
198 // return separator separated list of feature groups 
199 // on the current alignment
200 public String getFeatureGroups()
201
202 // return separator separated list of feature groups on alf
203 public String getFeatureGroupsOn(AlignFrame alf)
204
205 // return separator separated list of feature groups 
206 // either visible or hidden
207 public String getFeatureGroupsOfState(boolean state)
208
209 // return separator separated list of feature groups 
210 // either visible or hidden on alf
211 public String getFeatureGroupsOfStateOn(AlignFrame alf, boolean state)
212
213 // set the separator separated list of feature groups as 
214 // visible or hidden on the current alignment
215 public void setFeatureGroupState(String groupList, boolean state)
216
217 // set the separator separated list of feature groups 
218 // as visible or hidden on alf
219 public void setFeatureGroupStateOn(AlignFrame alf, String groupList, boolean state)
220
221 // helper functions
222
223 // Asynchronously retrieve next chunk of a large packet of data made available 
224 // for a JalviewLite event handler, or the empty string if no more data is available.
225 // messageclass and viewId are keys used to retrieve a specific message related
226 // to an event.  
227 // Use this in a javascript timer or GUI update thread to retrieve data without 
228 // blocking the JalviewLite applet. DO NOT USE IN THE CALLBACK THAT HANDLED THE EVENT
229 // (v2.7)
230 public String getJsMessage(String messageclass, String viewId)
231
232
233 // convert list to a separator separated array
234 public String arrayToSeparatorList(String[] list) 
235
236 // get a string array from a list
237 public String[] separatorListToArray(String list)
238
239 // get the current separator
240 public String getSeparator()
241
242 // set the current separator
243 public void setSeparator(String)
244
245 //// JalviewLite global state methods and fields
246
247 // return the build date as a string
248 public static String getBuildDate() 
249
250 // return the JalviewLite version as a string
251 public static String getVersion()
252
253 // debug flag - controls output to standard out
254 public static boolean debug
255
256 </pre>
257