examples-jbake/templates/jvl_linkedapplets_ng.ftl

   1 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
   2 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
   3 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
   4 <script>  //deployJava.debug="true";
   5
   6   function lJvApp() {
   7     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
   8     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
   9     setConsole(document.getElementById("stdout"));
  10     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  11     linkJvJmol(jvapp);
  12   };
  13
  14   function lJvFollow() {
  15     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
  16     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
  17     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
  18     linkJvJmol(jvfollower);
  19   };
  20 </script>
  21     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
  22     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
  23     </p>
  24         <script>
  25   var attributes = {
  26     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  27     archive : '${content.jvl}',
  28     width : 800,
  29     height : 300,
  30     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  31     id : 'jvapp'
  32   };
  33   var parameters = {
  34     oninit : "lJvApp",
  35     automaticScrolling : "true",
  36     file : "plantfdx.fa",
  37     annotations : "plantfdx.annotations",
  38     debug : "true",
  39     wrap : "false",
  40     // separator : "^",
  41     showAnnotation : "true",
  42     embedded : "true",
  43     showFullId : "false",
  44     RGB : "F2F2FF",
  45     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  46     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  47     ,
  48     linkLabel_2 : "Uniprot"
  49     ,
  50     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  51     permissions : 'sandbox',
  52     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
  53   };
  54
  55   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
  56 </script>
  57 <script>
  58   var attributes = {
  59     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  60     archive : '${content.jvl}',
  61     width : 800,
  62     height : 300,
  63     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
  64     id : "jvfollower"
  65   };
  66   var parameters = {
  67     oninit : "lJvFollow",
  68     file : "plantfdx.fa",
  69     annotations : "plantfdx.annotations",
  70     automaticScrolling : "true",
  71     debug : "true",
  72     wrap : "false",
  73     // separator : "^",
  74     showAnnotation : "true",
  75     embedded : "true",
  76     showFullId : "false",
  77     RGB : "F2F2FF",
  78     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
  79     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
  80     ,
  81     linkLabel_2 : "Uniprot"
  82     ,
  83     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
  84     permissions : 'sandbox',
  85    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
  86   };
  87   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
  88 </script>
  89     <p>
  90 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
  91       <br>
  92        -->
  93 <form name="console" id="console">
  94 <textarea name="output"
  95         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
  96       <br>
  97 </p>