forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape: 'show_default_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  61 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  62 #     Example: 'default_node_size: 6'
  63 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  64 #     Example: 'default_node_shape: '
  65 #     Possible values: circle
  66 #                      rectangle
  67 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  68 #     Example: 'default_node_fill: '
  69 #     Possible values: solid
  70 #                      gradient
  71 #                      none
  72 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  73 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  74 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  75 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  76 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  77 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
  78 #     Example: 'background_gradient: yes'
  79 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
  80 #     Example: 'allow_editing: yes'
  81 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  82 #     'replace_underscores_in_nh_parsing'
  83 #  To extract taxonomy codes from Pfam-style sequence labels (e.g. 'QW231_HUMAN/129-694')
  84 #     during NH/NHX/Nexus file parsing (application only): 'extract_pfam_tax_codes_in_nh_parsing'
  85 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  86 #     'internal_labels_are_confidence_values'
  87
  88
  89 min_confidence_value:                      0.0
  90 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
  91 font_size:                                 10
  92 antialias_screen:                          yes
  93 show_scale:                                yes
  94 show_branch_length_values:                 no
  95 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
  96 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
  97 node_label_direction:                      horizontal
  98 show_default_node_shapes:                  no
  99 default_node_size:                         6
 100 default_node_shape:                        circle
 101 default_node_fill:                         gradient
 102 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 103 #graphics_export_x:                         595
 104 #graphics_export_y:                         792
 105 pdf_export_line_width:                     0.5
 106 show_overview:                             yes
 107 overview_width:                            120
 108 overview_height:                           120
 109 overview_placement_type:                   upper_left
 110 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 111 display_sequence_relations:                no
 112 show_domain_labels:                        yes
 113 branch_length_value_digits:                3
 114 confidence_value_digits:                   3
 115 background_gradient:                       no
 116 allow_editing:                             yes
 117 #  NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
 118 internal_labels_are_confidence_values:     no
 119 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 120 extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing:      yes
 121
 122
 123
 124 #  phyloXML parsing
 125 #  ----------------
 126 #  To ensure compatibility with all current and future
 127 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 128 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 129 #  to enable validation of all phyloXML files
 130 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 131 #  with:
 132 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 133
 134 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 135
 136
 137
 138 #  Checkbox Display Selection
 139 #  --------------------------
 140 #  This is used to select which checkboxes to display
 141 #  and what their initial values should be.
 142 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 143 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 144 #
 145 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 146 #  - 'phylogram'
 147 #  - 'write_confidence_values'
 148 #  - 'write_events'
 149
 150 phylogram:                      display   ?
 151 rollover:                       display   yes
 152 color_according_to_species:     display   yes
 153 color_according_to_annotation:  display   no
 154 show_node_names:                display   yes
 155 show_gene_names:                display   yes
 156 show_gene_symbols:              display   yes
 157 show_sequence_acc:              display   no
 158 show_taxonomy_code:             display   yes
 159 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 160 show_taxonomy_common_names:     display   no
 161 show_taxonomy_images:           display   yes
 162 show_annotations:               display   no
 163 write_confidence_values:        display   ?
 164 write_events:                   display   ?
 165 color_branches:                 display   no
 166 width_branches:                 display   no
 167 show_domain_architectures:      display   no
 168 show_binary_characters:         display   no
 169 show_binary_character_counts:   display   no
 170 display_internal_data:          display   yes
 171 dynamically_hide_data:          display   yes
 172 show_relation_confidence:       display   no
 173 show_properties:                display   no
 174 show_vector_data:               display   no
 175
 176
 177 #  Combo-box Display Selection
 178 #  ---------------------------
 179 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 180 click_to: display_node_data    display
 181 click_to: collapse_uncollapse  display
 182 click_to: reroot               display
 183 click_to: subtree              display
 184 click_to: swap                 display
 185 click_to: sort_descendants     display
 186 click_to: color_subtree        display
 187 click_to: open_seq_web         display
 188 click_to: open_tax_web         display
 189 click_to: blast                display
 190 click_to: cut_subtree          display
 191 click_to: copy_subtree         display
 192 click_to: paste_subtree        display
 193 click_to: delete               display
 194 click_to: add_new_node         display
 195 click_to: edit_node_data       display
 196
 197 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 198 default_click_to: display_node_data
 199
 200
 201
 202 #  Default Tree Display Colors
 203 #  ---------------------------
 204
 205 display_color: background                 0x000000
 206 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 207 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 208 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 209 display_color: confidence                 0x38B0DE
 210 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 211 display_color: branch                     0xFFFFFF
 212 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 213 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 214 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 215 display_color: duplication                0xFF0000
 216 display_color: speciation                 0x00FF00
 217 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 218 display_color: domains                    0x7B68EE
 219 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 220 display_color: annotation                 0xADFF2F
 221 display_color: overview                   0x828282
 222
 223
 224
 225 #  GUI (graphical user interface) Colors
 226 #  -------------------------------------
 227 #
 228 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 229 #  is being used ('native_ui: yes').
 230
 231 gui_background_color:                 0x202020
 232 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 233 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 234 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 235 gui_button_background_color:          0x404040
 236 gui_menu_background_color:            0x000000
 237 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 238 gui_button_border_color:              0x000000
 239
 240
 241 #  Domain Structure Display Colors
 242 #  -------------------------------
 243 domain_structure_base_color:          0x202020
 244 domain_structure_font_color:          0x909090
 245
 246
 247
 248 #  Web Links
 249 #  ---------
 250 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 251 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 252 #  <description> is not used at the moment.
 253 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 254 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 255
 256 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 257 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 258 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 259 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 260 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 261 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 262 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 263 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 264 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 265 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 266 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 267 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 268 # not working at the moment:
 269 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 270
 271
 272
 273 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 274 #  ------------------------------------
 275 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 276 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 277
 278 hide_controls_and_menus: no
 279 use_tabbed_display:      yes
 280
 281
 282
 283 #  Settings For Phylogenetic Inference
 284 #  -----------------------------------
 285 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 286
 287 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 288 mafft_local:                            /bin/mafft
 289 kalign_local:                           /bin/kalign
 290 clustalo_local:                         C:\Users\zma\SOFTWARE\clustal-omega-1.1.0-win32\clustalo.exe
 291 fastme_local:                           /bin/fastme
 292 raxml_local:                            /bin/raxml
 293
 294
 295 #  Application Specific Settings
 296 #  -----------------------------
 297
 298 #  Species colors
 299 #  --------------
 300 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 301 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 302 species_color: SPHGR      0x9620F0
 303 species_color: STRPU      0x9620F0
 304 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 305 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 306 species_color: BOVIN      0x5C3317
 307 species_color: CANFA      0x8B2323
 308 species_color: HUMAN      0xFF2400
 309 species_color: PANTR      0xCC2400
 310 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 311 species_color: RAT        0xFFEF00
 312 species_color: MONDO      0xEE9A49
 313 species_color: ORNAN      0xCD853F
 314 species_color: XENLA      0x6BAA23
 315 species_color: XENTR      0x6BAA23
 316 species_color: CHICK      0xFFC125
 317 species_color: FUGRU      0x0000FF
 318 species_color: BRARE      0x0000DD
 319 species_color: DANRE      0x0000BB
 320 species_color: TETNG      0x0000AA
 321 species_color: ORYLA      0x000088
 322 species_color: GASAC      0x000066
 323 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 324 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 325 species_color: DROME      0x706F00
 326 species_color: DROPS      0x504F00
 327 species_color: APIME      0x7A7700
 328 species_color: AEDAE      0x8C5900
 329 species_color: TRICA      0x918E00
 330 species_color: NEMVE      0xAABADD
 331 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 332 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 333 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 334 species_color: SUBDO      0xC790B9
 335 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 336 species_color: DICPU      0x23238E
 337 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 338 species_color: ENTHI      0x5959AB
 339 species_color: ARATH      0x00FF00
 340 species_color: POPTR      0x006400
 341 species_color: VITVI      0x00CD00
 342 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 343 species_color: ORYSA      0x008B00
 344 species_color: ORYSJ      0x008C00
 345 species_color: SORBI      0x00EE76
 346 species_color: SELMO      0x238E23
 347 species_color: PHYPA      0x09F911
 348 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 349 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 350 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 351 species_color: MICPU      0x66CD00
 352 species_color: MIC99      0x66CD00
 353 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 354 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 355 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 356 species_color: CYAME      0xD02090
 357 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 358 species_color: BACFR      0xFF0000
 359 species_color: BACTN      0xFFFF00
 360 species_color: MYXXD      0x0000FF
 361 species_color: STIAU      0x00FFFF
 362 species_color: BACOV      0x8C5900
 363 species_color: BACUN      0x66CD00
 364 species_color: PORGI      0x918E00
 365 # rank: Class
 366 species_color: Mammalia       0xFF0000
 367 species_color: mammals        0xFF0000
 368 # rank: Phylum
 369 species_color: Chordata       0x8470FF
 370 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 371 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 372 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 373 species_color: Nematoda       0x7171C6
 374 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 375 species_color: Annelida       0xC67171
 376 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 377 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 378 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 379 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 380 species_color: Porifera       0xFF3E96
 381 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 382 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 383 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 384 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 385 species_color: Streptophyta   0x00C957
 386 # rank: Kingdom
 387 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 388 species_color: plants         0x00FF00
 389 species_color: Metazoa        0x0000FF
 390 species_color: animals        0x0000FF
 391 species_color: Fungi          0xFF9912
 392 # rank: Superkingdom
 393 species_color: Viruses        0xFFD700
 394 species_color: Bacteria       0x00FF00
 395 species_color: Archaea        0x0000FF
 396 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 397 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 398
 399 #  Domain colors
 400 #  -------------
 401
 402 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 403 domain_color: TIR           0x900000
 404 domain_color: NACHT         0x202020
 405 domain_color: CARD          0xFF0000
 406 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 407 domain_color: Death         0x0000FF
 408 domain_color: DED           0x00FFFF
 409 domain_color: BIR           0xCCFF33
 410 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 411 domain_color: NB-ARC        0x500050
 412 domain_color: WD40          0x888888
 413 domain_color: RVT_1         0x999900
 414 domain_color: NOPS          0x505000
 415 domain_color: RRM_1         0x004400
 416 domain_color: fn3           0xFFCC00
 417 domain_color: Ank           0xCC33FF
 418 domain_color: Pkinase       0x339900
 419 domain_color: Pkinase_Tyr   0x336600
 420 domain_color: ig            0x660066
 421 domain_color: zf-C3HC4      0x6699FF
 422 domain_color: zf-CCHC       0x6699EE
 423 domain_color: zf-C2H2       0x6699CC
 424 domain_color: zf-B_box      0x6699DD
 425 domain_color: PDZ           0x66FFCC
 426 domain_color: SH3_2         0x996600
 427 domain_color: MIRO          0xCCFF00
 428 domain_color: Myb_DNA-binding 0xDDDDDD
 429 domain_color: NHL           0x336666
 430 domain_color: PKD_channel   0x336666
 431 domain_color: Ion_trans     0x996666
 432 domain_color: CAP_GLY       0xCC9900
 433 domain_color: LRR_1         0xFFFF99
 434 domain_color: LRR_2         0xFFFF66
 435 domain_color: LRR_3         0xFFFF33
 436 domain_color: LRR_adjacent  0xFFFF00
 437 domain_color: LRRCT         0xFFCC99
 438 domain_color: LRRNT         0xFFCC66
 439 domain_color: LRRNT_2       0xFFCC33
 440 domain_color: Ank           0x990099
 441 domain_color: Sushi         0x004400
 442 domain_color: ZU5           0xFF9999
 443 domain_color: V-set         0x3399FF
 444 domain_color: TPR_1         0xFF1493
 445 domain_color: TPR_2         0xFF69B4
 446 domain_color: TPR_3         0xCD6090
 447 domain_color: TPR_4         0xFF6A6A
 448 domain_color: TPR_MLP1_2    0x33FF00
 449 domain_color: Collagen      0xFF7F00
 450 domain_color: MIF           0xADD8E6
 451
 452
 453 #  Annotation colors
 454 #  -----------------
 455
 456 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 457 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 458 annotation_color: protease      0x009900
 459 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 460
 461
 462 # END