forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape for internal nodes: 'show_default_node_shapes_internal': values: 'yes'/'no'
  61 #  Show default node shape for external nodes: 'show_default_node_shapes_external': values: 'yes'/'no'
  62 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  63 #     Example: 'default_node_size: 6'
  64 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  65 #     Example: 'default_node_shape: '
  66 #     Possible values: circle
  67 #                      rectangle
  68 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  69 #     Example: 'default_node_fill: '
  70 #     Possible values: solid
  71 #                      gradient
  72 #                      none
  73 #
  74 #  To determine what data field to return by clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return'
  75 #     Possible values: node_name
  76 #                      sequence_name
  77 #                      sequence_acc
  78 #                      sequence_mol_seq
  79 #                      sequence_symbol
  80 #                      taxonomy_scientific_name
  81 #                      taxonomy_code
  82 #                      user_selected
  83 #
  84 #  To determine where to return data selected by user clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return_on'
  85 #     Contents of buffer can be obtained with method 'getCurrentExternalNodesDataBuffer()' of
  86 #     classes org.forester.archaeopteryx.MainFrame and org.forester.archaeopteryx.ArchaeopteryxE
  87 #     Possible values: window (for output to window and buffer)
  88 #                      console (for output to console and buffer)
  89 #                      buffer_only (for output to buffer only)
  90 #
  91 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default ""Return ..."): 'label_for_get_ext_descendents_data'
  92 #     Example: 'label_for_get_ext_descendents_data: Get_Node_Data'
  93 #
  94 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  95 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  96 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  97 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  98 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  99 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
 100 #     Example: 'background_gradient: yes'
 101 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 102 #     Example: 'allow_editing: yes'
 103 #
 104 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 105 #  -------------------------
 106 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 107 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 108 #
 109 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) from node names during NH/NHX/Nexus file parsing:
 110 #     'taxonomy_extraction_in_nh_parsing',
 111 #     possible values are 'yes' (for e.g. BCL2_MOUSE), 'pfam' (for e.g. BCL2_MOUSE/23-453), 'no'
 112 #
 113 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 114 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 115
 116
 117
 118 #  phyloXML parsing
 119 #  ----------------
 120 #  To ensure compatibility with all current and future
 121 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 122 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 123 #  to enable validation of all phyloXML files
 124 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 125 #  with:
 126 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 127
 128 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 129
 130
 131
 132 min_confidence_value:                      0.0
 133 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
 134 font_size:                                 10
 135 antialias_screen:                          yes
 136 show_scale:                                yes
 137 show_branch_length_values:                 no
 138 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 139 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 140 node_label_direction:                      horizontal
 141 show_default_node_shapes_internal:         no
 142 show_default_node_shapes_external:         no
 143 default_node_size:                         6
 144 default_node_shape:                        circle
 145 default_node_fill:                         gradient
 146 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 147 #graphics_export_x:                         595
 148 #graphics_export_y:                         792
 149 pdf_export_line_width:                     0.5
 150 show_overview:                             yes
 151 overview_width:                            120
 152 overview_height:                           120
 153 overview_placement_type:                   upper_left
 154 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 155 display_sequence_relations:                no
 156 show_domain_labels:                        yes
 157 branch_length_value_digits:                3
 158 confidence_value_digits:                   3
 159 background_gradient:                       no
 160 allow_editing:                             yes
 161 ext_descendents_data_to_return_on:         window
 162 ext_descendents_data_to_return:            user_selected
 163 #label_for_get_ext_descendents_data:        Get_Node_Data
 164 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 165 internal_labels_are_confidence_values:     no
 166 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 167 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         pfam
 168
 169
 170 #  Checkbox Display Selection
 171 #  --------------------------
 172 #  This is used to select which checkboxes to display
 173 #  and what their initial values should be.
 174 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 175 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 176 #
 177 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 178 #  - 'phylogram'
 179 #  - 'write_confidence_values'
 180 #  - 'write_events'
 181
 182 phylogram:                      display   ?
 183 rollover:                       display   yes
 184 color_according_to_species:     display   yes
 185 color_according_to_annotation:  display   no
 186 show_node_names:                display   yes
 187 show_gene_names:                display   yes
 188 show_gene_symbols:              display   yes
 189 show_sequence_acc:              display   no
 190 show_taxonomy_code:             display   yes
 191 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 192 show_taxonomy_common_names:     display   no
 193 show_taxonomy_images:           display   yes
 194 show_annotations:               display   no
 195 write_confidence_values:        display   ?
 196 write_events:                   display   ?
 197 color_branches:                 display   no
 198 width_branches:                 display   no
 199 show_domain_architectures:      display   no
 200 show_binary_characters:         display   no
 201 show_binary_character_counts:   display   no
 202 display_internal_data:          display   yes
 203 dynamically_hide_data:          display   yes
 204 show_relation_confidence:       display   no
 205 show_properties:                display   no
 206 show_vector_data:               display   no
 207
 208
 209
 210 #  Combo-box Display Selection
 211 #  ---------------------------
 212 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 213 click_to: display_node_data        display
 214 click_to: collapse_uncollapse      display
 215 click_to: reroot                   display
 216 click_to: subtree                  display
 217 click_to: swap                     display
 218 click_to: sort_descendants         display
 219 click_to: color_subtree            display
 220 click_to: open_seq_web             display
 221 click_to: open_tax_web             display
 222 click_to: blast                    display
 223 click_to: cut_subtree              display
 224 click_to: copy_subtree             display
 225 click_to: paste_subtree            display
 226 click_to: delete                   display
 227 click_to: add_new_node             display
 228 click_to: edit_node_data           display
 229 click_to: select_nodes             display
 230 click_to: get_ext_descendents_data display
 231
 232 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 233 default_click_to: display_node_data
 234
 235
 236
 237 #  Default Tree Display Colors
 238 #  ---------------------------
 239
 240 display_color: background                 0x000000
 241 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 242 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 243 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 244 display_color: confidence                 0x38B0DE
 245 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 246 display_color: branch                     0xFFFFFF
 247 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 248 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 249 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 250 display_color: duplication                0xFF0000
 251 display_color: speciation                 0x00FF00
 252 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 253 display_color: domains                    0x7B68EE
 254 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 255 display_color: annotation                 0xADFF2F
 256 display_color: overview                   0x828282
 257
 258
 259
 260 #  GUI (graphical user interface) Colors
 261 #  -------------------------------------
 262 #
 263 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 264 #  is being used ('native_ui: yes').
 265
 266 gui_background_color:                 0x202020
 267 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 268 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 269 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 270 gui_button_background_color:          0x404040
 271 gui_menu_background_color:            0x000000
 272 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 273 gui_button_border_color:              0x000000
 274
 275
 276
 277 #  Domain Structure Display Colors
 278 #  -------------------------------
 279 domain_structure_base_color:          0x202020
 280 domain_structure_font_color:          0x909090
 281
 282
 283
 284 #  Web Links
 285 #  ---------
 286 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 287 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 288 #  <description> is not used at the moment.
 289 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 290 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 291
 292 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 293 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 294 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 295 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 296 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 297 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 298 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 299 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 300 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 301 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 302 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 303 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 304 # not working at the moment:
 305 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 306
 307
 308
 309 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 310 #  ------------------------------------
 311 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 312 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 313
 314 hide_controls_and_menus: no
 315 use_tabbed_display:      yes
 316
 317
 318
 319 #  Settings For Phylogenetic Inference
 320 #  -----------------------------------
 321 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 322
 323 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 324 mafft_local:                            /bin/mafft
 325 clustalo_local:                         C:\Users\zma\SOFTWARE\clustal-omega-1.1.0-win32\clustalo.exe
 326 fastme_local:                           /bin/fastme
 327 raxml_local:                            /bin/raxml
 328
 329
 330 #  Application Specific Settings
 331 #  -----------------------------
 332
 333 #  Species colors
 334 #  --------------
 335 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 336 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 337 species_color: SPHGR      0x9620F0
 338 species_color: STRPU      0x9620F0
 339 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 340 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 341 species_color: BOVIN      0x5C3317
 342 species_color: CANFA      0x8B2323
 343 species_color: HUMAN      0xFF2400
 344 species_color: PANTR      0xCC2400
 345 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 346 species_color: RAT        0xFFEF00
 347 species_color: MONDO      0xEE9A49
 348 species_color: ORNAN      0xCD853F
 349 species_color: XENLA      0x6BAA23
 350 species_color: XENTR      0x6BAA23
 351 species_color: CHICK      0xFFC125
 352 species_color: FUGRU      0x0000FF
 353 species_color: BRARE      0x0000DD
 354 species_color: DANRE      0x0000BB
 355 species_color: TETNG      0x0000AA
 356 species_color: ORYLA      0x000088
 357 species_color: GASAC      0x000066
 358 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 359 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 360 species_color: DROME      0x706F00
 361 species_color: DROPS      0x504F00
 362 species_color: APIME      0x7A7700
 363 species_color: AEDAE      0x8C5900
 364 species_color: TRICA      0x918E00
 365 species_color: NEMVE      0xAABADD
 366 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 367 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 368 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 369 species_color: SUBDO      0xC790B9
 370 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 371 species_color: DICPU      0x23238E
 372 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 373 species_color: ENTHI      0x5959AB
 374 species_color: ARATH      0x00FF00
 375 species_color: POPTR      0x006400
 376 species_color: VITVI      0x00CD00
 377 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 378 species_color: ORYSA      0x008B00
 379 species_color: ORYSJ      0x008C00
 380 species_color: SORBI      0x00EE76
 381 species_color: SELMO      0x238E23
 382 species_color: PHYPA      0x09F911
 383 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 384 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 385 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 386 species_color: MICPU      0x66CD00
 387 species_color: MIC99      0x66CD00
 388 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 389 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 390 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 391 species_color: CYAME      0xD02090
 392 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 393 species_color: BACFR      0xFF0000
 394 species_color: BACTN      0xFFFF00
 395 species_color: MYXXD      0x0000FF
 396 species_color: STIAU      0x00FFFF
 397 species_color: BACOV      0x8C5900
 398 species_color: BACUN      0x66CD00
 399 species_color: PORGI      0x918E00
 400 # rank: Class
 401 species_color: Mammalia       0xFF0000
 402 species_color: mammals        0xFF0000
 403 # rank: Phylum
 404 species_color: Chordata       0x8470FF
 405 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 406 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 407 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 408 species_color: Nematoda       0x7171C6
 409 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 410 species_color: Annelida       0xC67171
 411 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 412 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 413 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 414 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 415 species_color: Porifera       0xFF3E96
 416 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 417 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 418 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 419 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 420 species_color: Streptophyta   0x00C957
 421 # rank: Kingdom
 422 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 423 species_color: plants         0x00FF00
 424 species_color: Metazoa        0x0000FF
 425 species_color: animals        0x0000FF
 426 species_color: Fungi          0xFF9912
 427 # rank: Superkingdom
 428 species_color: Viruses        0xFFD700
 429 species_color: Bacteria       0x00FF00
 430 species_color: Archaea        0x0000FF
 431 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 432 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 433
 434 #  Domain colors
 435 #  -------------
 436
 437 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 438 domain_color: TIR           0x900000
 439 domain_color: NACHT         0x202020
 440 domain_color: CARD          0xFF0000
 441 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 442 domain_color: Death         0x0000FF
 443 domain_color: DED           0x00FFFF
 444 domain_color: BIR           0xCCFF33
 445 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 446 domain_color: NB-ARC        0x500050
 447 domain_color: WD40          0x888888
 448 domain_color: RVT_1         0x999900
 449
 450
 451
 452 #  Annotation colors
 453 #  -----------------
 454
 455 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 456 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 457 annotation_color: protease      0x009900
 458 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 459
 460
 461 # END