forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape: 'show_default_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  61 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  62 #     Example: 'default_node_size: 6'
  63 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  64 #     Example: 'default_node_shape: '
  65 #     Possible values: circle
  66 #                      rectangle
  67 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  68 #     Example: 'default_node_fill: '
  69 #     Possible values: solid
  70 #                      gradient
  71 #                      none
  72 #
  73 #  To determine what data field to return by clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return'
  74 #     Possible values: node_name
  75 #                      sequence_name
  76 #                      sequence_acc
  77 #                      sequence_mol_seq
  78 #                      sequence_symbol
  79 #                      taxonomy_scientific_name
  80 #                      taxonomy_code
  81 #                      user_selected
  82 #
  83 #  To determine where to return data selected by user clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return_on'
  84 #     Contents of buffer can be obtained with method 'getCurrentExternalNodesDataBuffer()' of
  85 #     classes org.forester.archaeopteryx.MainFrame and org.forester.archaeopteryx.ArchaeopteryxE
  86 #     Possible values: window (for output to window and buffer)
  87 #                      console (for output to console and buffer)
  88 #                      buffer_only (for output to buffer only)
  89 #
  90 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default ""Return ..."): 'label_for_get_ext_descendents_data'
  91 #     Example: 'label_for_get_ext_descendents_data: Get_Node_Data'
  92 #
  93 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  94 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  95 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  96 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  97 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  98 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
  99 #     Example: 'background_gradient: yes'
 100 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 101 #     Example: 'allow_editing: yes'
 102 #
 103 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 104 #  -------------------------
 105 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 106 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 107 #
 108 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) from node names during NH/NHX/Nexus file parsing:
 109 #     'taxonomy_extraction_in_nh_parsing',
 110 #     possible values are 'yes' (for e.g. BCL2_MOUSE), 'pfam' (for e.g. BCL2_MOUSE/23-453), 'no'
 111 #
 112 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 113 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 114
 115
 116
 117 #  phyloXML parsing
 118 #  ----------------
 119 #  To ensure compatibility with all current and future
 120 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 121 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 122 #  to enable validation of all phyloXML files
 123 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 124 #  with:
 125 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 126
 127 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 128
 129
 130
 131 min_confidence_value:                      0.0
 132 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
 133 font_size:                                 10
 134 antialias_screen:                          yes
 135 show_scale:                                yes
 136 show_branch_length_values:                 no
 137 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 138 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 139 node_label_direction:                      horizontal
 140 show_default_node_shapes:                  no
 141 default_node_size:                         6
 142 default_node_shape:                        circle
 143 default_node_fill:                         gradient
 144 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 145 #graphics_export_x:                         595
 146 #graphics_export_y:                         792
 147 pdf_export_line_width:                     0.5
 148 show_overview:                             yes
 149 overview_width:                            120
 150 overview_height:                           120
 151 overview_placement_type:                   upper_left
 152 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 153 display_sequence_relations:                no
 154 show_domain_labels:                        yes
 155 branch_length_value_digits:                3
 156 confidence_value_digits:                   3
 157 background_gradient:                       no
 158 allow_editing:                             yes
 159 ext_descendents_data_to_return_on:         window
 160 ext_descendents_data_to_return:            user_selected
 161 #label_for_get_ext_descendents_data:        Get_Node_Data
 162 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 163 internal_labels_are_confidence_values:     no
 164 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 165 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         pfam
 166
 167
 168
 169 #  Initial Window Size for Application and ArchaeopteryA applet
 170 #  ------------------------------------------------------------
 171 window_initial_size_x: 800
 172 window_initial_size_y: 800
 173
 174
 175
 176 #  Checkbox Display Selection
 177 #  --------------------------
 178 #  This is used to select which checkboxes to display
 179 #  and what their initial values should be.
 180 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 181 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 182 #
 183 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 184 #  - 'phylogram'
 185 #  - 'write_confidence_values'
 186 #  - 'write_events'
 187
 188 phylogram:                      display   ?
 189 rollover:                       display   yes
 190 color_according_to_species:     display   yes
 191 color_according_to_annotation:  display   no
 192 show_node_names:                display   yes
 193 show_gene_names:                display   yes
 194 show_gene_symbols:              display   yes
 195 show_sequence_acc:              display   no
 196 show_taxonomy_code:             display   yes
 197 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 198 show_taxonomy_common_names:     display   no
 199 show_taxonomy_images:           display   yes
 200 show_annotations:               display   no
 201 write_confidence_values:        display   ?
 202 write_events:                   display   ?
 203 color_branches:                 display   no
 204 width_branches:                 display   no
 205 show_domain_architectures:      display   no
 206 show_binary_characters:         display   no
 207 show_binary_character_counts:   display   no
 208 display_internal_data:          display   yes
 209 dynamically_hide_data:          display   yes
 210 show_relation_confidence:       display   no
 211 show_properties:                display   no
 212 show_vector_data:               display   no
 213
 214
 215
 216 #  Combo-box Display Selection
 217 #  ---------------------------
 218 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 219 click_to: display_node_data        display
 220 click_to: collapse_uncollapse      display
 221 click_to: reroot                   display
 222 click_to: subtree                  display
 223 click_to: swap                     display
 224 click_to: sort_descendants         display
 225 click_to: color_subtree            display
 226 click_to: open_seq_web             display
 227 click_to: open_tax_web             display
 228 click_to: blast                    display
 229 click_to: cut_subtree              display
 230 click_to: copy_subtree             display
 231 click_to: paste_subtree            display
 232 click_to: delete                   display
 233 click_to: add_new_node             display
 234 click_to: edit_node_data           display
 235 click_to: select_nodes             display
 236 click_to: get_ext_descendents_data display
 237
 238 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 239 default_click_to: display_node_data
 240
 241
 242
 243 #  Default Tree Display Colors
 244 #  ---------------------------
 245
 246 display_color: background                 0x000000
 247 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 248 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 249 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 250 display_color: confidence                 0x38B0DE
 251 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 252 display_color: branch                     0xFFFFFF
 253 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 254 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 255 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 256 display_color: duplication                0xFF0000
 257 display_color: speciation                 0x00FF00
 258 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 259 display_color: domains                    0x7B68EE
 260 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 261 display_color: annotation                 0xADFF2F
 262 display_color: overview                   0x828282
 263
 264
 265
 266 #  GUI (graphical user interface) Colors
 267 #  -------------------------------------
 268 #
 269 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 270 #  is being used ('native_ui: yes').
 271
 272 gui_background_color:                 0x202020
 273 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 274 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 275 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 276 gui_button_background_color:          0x404040
 277 gui_menu_background_color:            0x000000
 278 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 279 gui_button_border_color:              0x000000
 280
 281
 282
 283 #  Domain Structure Display Colors
 284 #  -------------------------------
 285 domain_structure_base_color:          0x202020
 286 domain_structure_font_color:          0x909090
 287
 288
 289
 290 #  Web Links
 291 #  ---------
 292 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 293 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 294 #  <description> is not used at the moment.
 295 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 296 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 297
 298 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 299 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 300 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 301 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 302 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 303 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 304 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 305 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 306 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 307 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 308 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 309 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 310 # not working at the moment:
 311 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 312
 313
 314
 315 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 316 #  ------------------------------------
 317 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 318 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 319
 320 hide_controls_and_menus: no
 321 use_tabbed_display:      yes
 322
 323
 324
 325 #  Settings For Phylogenetic Inference
 326 #  -----------------------------------
 327 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 328
 329 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 330 mafft_local:                            /bin/mafft
 331 clustalo_local:                         C:\Users\zma\SOFTWARE\clustal-omega-1.1.0-win32\clustalo.exe
 332 fastme_local:                           /bin/fastme
 333 raxml_local:                            /bin/raxml
 334
 335
 336 #  Application Specific Settings
 337 #  -----------------------------
 338
 339 #  Species colors
 340 #  --------------
 341 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 342 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 343 species_color: SPHGR      0x9620F0
 344 species_color: STRPU      0x9620F0
 345 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 346 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 347 species_color: BOVIN      0x5C3317
 348 species_color: CANFA      0x8B2323
 349 species_color: HUMAN      0xFF2400
 350 species_color: PANTR      0xCC2400
 351 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 352 species_color: RAT        0xFFEF00
 353 species_color: MONDO      0xEE9A49
 354 species_color: ORNAN      0xCD853F
 355 species_color: XENLA      0x6BAA23
 356 species_color: XENTR      0x6BAA23
 357 species_color: CHICK      0xFFC125
 358 species_color: FUGRU      0x0000FF
 359 species_color: BRARE      0x0000DD
 360 species_color: DANRE      0x0000BB
 361 species_color: TETNG      0x0000AA
 362 species_color: ORYLA      0x000088
 363 species_color: GASAC      0x000066
 364 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 365 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 366 species_color: DROME      0x706F00
 367 species_color: DROPS      0x504F00
 368 species_color: APIME      0x7A7700
 369 species_color: AEDAE      0x8C5900
 370 species_color: TRICA      0x918E00
 371 species_color: NEMVE      0xAABADD
 372 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 373 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 374 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 375 species_color: SUBDO      0xC790B9
 376 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 377 species_color: DICPU      0x23238E
 378 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 379 species_color: ENTHI      0x5959AB
 380 species_color: ARATH      0x00FF00
 381 species_color: POPTR      0x006400
 382 species_color: VITVI      0x00CD00
 383 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 384 species_color: ORYSA      0x008B00
 385 species_color: ORYSJ      0x008C00
 386 species_color: SORBI      0x00EE76
 387 species_color: SELMO      0x238E23
 388 species_color: PHYPA      0x09F911
 389 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 390 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 391 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 392 species_color: MICPU      0x66CD00
 393 species_color: MIC99      0x66CD00
 394 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 395 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 396 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 397 species_color: CYAME      0xD02090
 398 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 399 species_color: BACFR      0xFF0000
 400 species_color: BACTN      0xFFFF00
 401 species_color: MYXXD      0x0000FF
 402 species_color: STIAU      0x00FFFF
 403 species_color: BACOV      0x8C5900
 404 species_color: BACUN      0x66CD00
 405 species_color: PORGI      0x918E00
 406 # rank: Class
 407 species_color: Mammalia       0xFF0000
 408 species_color: mammals        0xFF0000
 409 # rank: Phylum
 410 species_color: Chordata       0x8470FF
 411 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 412 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 413 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 414 species_color: Nematoda       0x7171C6
 415 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 416 species_color: Annelida       0xC67171
 417 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 418 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 419 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 420 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 421 species_color: Porifera       0xFF3E96
 422 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 423 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 424 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 425 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 426 species_color: Streptophyta   0x00C957
 427 # rank: Kingdom
 428 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 429 species_color: plants         0x00FF00
 430 species_color: Metazoa        0x0000FF
 431 species_color: animals        0x0000FF
 432 species_color: Fungi          0xFF9912
 433 # rank: Superkingdom
 434 species_color: Viruses        0xFFD700
 435 species_color: Bacteria       0x00FF00
 436 species_color: Archaea        0x0000FF
 437 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 438 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 439
 440 #  Domain colors
 441 #  -------------
 442
 443 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 444 domain_color: TIR           0x900000
 445 domain_color: NACHT         0x202020
 446 domain_color: CARD          0xFF0000
 447 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 448 domain_color: Death         0x0000FF
 449 domain_color: DED           0x00FFFF
 450 domain_color: BIR           0xCCFF33
 451 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 452 domain_color: NB-ARC        0x500050
 453 domain_color: WD40          0x888888
 454 domain_color: RVT_1         0x999900
 455
 456
 457
 458 #  Annotation colors
 459 #  -----------------
 460
 461 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 462 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 463 annotation_color: protease      0x009900
 464 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 465
 466
 467 # END