forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape: 'show_default_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  61 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  62 #     Example: 'default_node_size: 6'
  63 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  64 #     Example: 'default_node_shape: '
  65 #     Possible values: circle
  66 #                      rectangle
  67 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  68 #     Example: 'default_node_fill: '
  69 #     Possible values: solid
  70 #                      gradient
  71 #                      none
  72 #  To determine what data field to return by clicking on "return external descendents data":
  73 #     'ext_descendents_data_to_return'
  74 #     Possible values: node_name
  75 #                      sequence_name
  76 #                      sequence_acc
  77 #                      sequence_mol_seq
  78 #                      sequence_symbol
  79 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  80 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  81 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  82 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  83 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  84 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
  85 #     Example: 'background_gradient: yes'
  86 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
  87 #     Example: 'allow_editing: yes'
  88 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  89 #     'replace_underscores_in_nh_parsing'
  90 #  To extract taxonomy codes from Pfam-style sequence labels (e.g. 'QW231_HUMAN/129-694')
  91 #     during NH/NHX/Nexus file parsing (application only): 'extract_pfam_tax_codes_in_nh_parsing'
  92 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  93 #     'internal_labels_are_confidence_values'
  94
  95
  96
  97 min_confidence_value:                      0.0
  98 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
  99 font_size:                                 10
 100 antialias_screen:                          yes
 101 show_scale:                                yes
 102 show_branch_length_values:                 no
 103 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 104 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 105 node_label_direction:                      horizontal
 106 show_default_node_shapes:                  no
 107 default_node_size:                         6
 108 default_node_shape:                        circle
 109 default_node_fill:                         gradient
 110 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 111 #graphics_export_x:                         595
 112 #graphics_export_y:                         792
 113 pdf_export_line_width:                     0.5
 114 show_overview:                             yes
 115 overview_width:                            120
 116 overview_height:                           120
 117 overview_placement_type:                   upper_left
 118 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 119 display_sequence_relations:                no
 120 show_domain_labels:                        yes
 121 branch_length_value_digits:                3
 122 confidence_value_digits:                   3
 123 background_gradient:                       no
 124 allow_editing:                             yes
 125 #  NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
 126 internal_labels_are_confidence_values:     no
 127 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 128 extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing:      yes
 129 ext_descendents_data_to_return:            sequence_name
 130
 131
 132 #  phyloXML parsing
 133 #  ----------------
 134 #  To ensure compatibility with all current and future
 135 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 136 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 137 #  to enable validation of all phyloXML files
 138 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 139 #  with:
 140 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 141
 142 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 143
 144
 145 #  Checkbox Display Selection
 146 #  --------------------------
 147 #  This is used to select which checkboxes to display
 148 #  and what their initial values should be.
 149 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 150 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 151 #
 152 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 153 #  - 'phylogram'
 154 #  - 'write_confidence_values'
 155 #  - 'write_events'
 156
 157 phylogram:                      display   ?
 158 rollover:                       display   yes
 159 color_according_to_species:     display   yes
 160 color_according_to_annotation:  display   no
 161 show_node_names:                display   yes
 162 show_gene_names:                display   yes
 163 show_gene_symbols:              display   yes
 164 show_sequence_acc:              display   no
 165 show_taxonomy_code:             display   yes
 166 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 167 show_taxonomy_common_names:     display   no
 168 show_taxonomy_images:           display   yes
 169 show_annotations:               display   no
 170 write_confidence_values:        display   ?
 171 write_events:                   display   ?
 172 color_branches:                 display   no
 173 width_branches:                 display   no
 174 show_domain_architectures:      display   no
 175 show_binary_characters:         display   no
 176 show_binary_character_counts:   display   no
 177 display_internal_data:          display   yes
 178 dynamically_hide_data:          display   yes
 179 show_relation_confidence:       display   no
 180 show_properties:                display   no
 181 show_vector_data:               display   no
 182
 183
 184 #  Combo-box Display Selection
 185 #  ---------------------------
 186 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 187 click_to: display_node_data        display
 188 click_to: collapse_uncollapse      display
 189 click_to: reroot                   display
 190 click_to: subtree                  display
 191 click_to: swap                     display
 192 click_to: sort_descendants         display
 193 click_to: color_subtree            display
 194 click_to: open_seq_web             display
 195 click_to: open_tax_web             display
 196 click_to: blast                    display
 197 click_to: cut_subtree              display
 198 click_to: copy_subtree             display
 199 click_to: paste_subtree            display
 200 click_to: delete                   display
 201 click_to: add_new_node             display
 202 click_to: edit_node_data           display
 203 click_to: get_ext_descendents_data display
 204
 205 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 206 default_click_to: display_node_data
 207
 208 #
 209 label_for_get_ext_descendents_data get_sequences
 210
 211 #  Default Tree Display Colors
 212 #  ---------------------------
 213
 214 display_color: background                 0x000000
 215 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 216 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 217 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 218 display_color: confidence                 0x38B0DE
 219 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 220 display_color: branch                     0xFFFFFF
 221 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 222 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 223 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 224 display_color: duplication                0xFF0000
 225 display_color: speciation                 0x00FF00
 226 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 227 display_color: domains                    0x7B68EE
 228 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 229 display_color: annotation                 0xADFF2F
 230 display_color: overview                   0x828282
 231
 232
 233
 234 #  GUI (graphical user interface) Colors
 235 #  -------------------------------------
 236 #
 237 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 238 #  is being used ('native_ui: yes').
 239
 240 gui_background_color:                 0x202020
 241 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 242 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 243 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 244 gui_button_background_color:          0x404040
 245 gui_menu_background_color:            0x000000
 246 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 247 gui_button_border_color:              0x000000
 248
 249
 250 #  Domain Structure Display Colors
 251 #  -------------------------------
 252 domain_structure_base_color:          0x202020
 253 domain_structure_font_color:          0x909090
 254
 255
 256
 257 #  Web Links
 258 #  ---------
 259 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 260 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 261 #  <description> is not used at the moment.
 262 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 263 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 264
 265 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 266 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 267 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 268 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 269 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 270 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 271 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 272 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 273 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 274 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 275 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 276 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 277 # not working at the moment:
 278 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 279
 280
 281
 282 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 283 #  ------------------------------------
 284 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 285 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 286
 287 hide_controls_and_menus: no
 288 use_tabbed_display:      yes
 289
 290
 291
 292 #  Settings For Phylogenetic Inference
 293 #  -----------------------------------
 294 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 295
 296 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 297 mafft_local:                            /bin/mafft
 298 clustalo_local:                         C:\Users\zma\SOFTWARE\clustal-omega-1.1.0-win32\clustalo.exe
 299 fastme_local:                           /bin/fastme
 300 raxml_local:                            /bin/raxml
 301
 302
 303 #  Application Specific Settings
 304 #  -----------------------------
 305
 306 #  Species colors
 307 #  --------------
 308 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 309 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 310 species_color: SPHGR      0x9620F0
 311 species_color: STRPU      0x9620F0
 312 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 313 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 314 species_color: BOVIN      0x5C3317
 315 species_color: CANFA      0x8B2323
 316 species_color: HUMAN      0xFF2400
 317 species_color: PANTR      0xCC2400
 318 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 319 species_color: RAT        0xFFEF00
 320 species_color: MONDO      0xEE9A49
 321 species_color: ORNAN      0xCD853F
 322 species_color: XENLA      0x6BAA23
 323 species_color: XENTR      0x6BAA23
 324 species_color: CHICK      0xFFC125
 325 species_color: FUGRU      0x0000FF
 326 species_color: BRARE      0x0000DD
 327 species_color: DANRE      0x0000BB
 328 species_color: TETNG      0x0000AA
 329 species_color: ORYLA      0x000088
 330 species_color: GASAC      0x000066
 331 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 332 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 333 species_color: DROME      0x706F00
 334 species_color: DROPS      0x504F00
 335 species_color: APIME      0x7A7700
 336 species_color: AEDAE      0x8C5900
 337 species_color: TRICA      0x918E00
 338 species_color: NEMVE      0xAABADD
 339 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 340 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 341 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 342 species_color: SUBDO      0xC790B9
 343 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 344 species_color: DICPU      0x23238E
 345 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 346 species_color: ENTHI      0x5959AB
 347 species_color: ARATH      0x00FF00
 348 species_color: POPTR      0x006400
 349 species_color: VITVI      0x00CD00
 350 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 351 species_color: ORYSA      0x008B00
 352 species_color: ORYSJ      0x008C00
 353 species_color: SORBI      0x00EE76
 354 species_color: SELMO      0x238E23
 355 species_color: PHYPA      0x09F911
 356 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 357 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 358 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 359 species_color: MICPU      0x66CD00
 360 species_color: MIC99      0x66CD00
 361 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 362 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 363 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 364 species_color: CYAME      0xD02090
 365 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 366 species_color: BACFR      0xFF0000
 367 species_color: BACTN      0xFFFF00
 368 species_color: MYXXD      0x0000FF
 369 species_color: STIAU      0x00FFFF
 370 species_color: BACOV      0x8C5900
 371 species_color: BACUN      0x66CD00
 372 species_color: PORGI      0x918E00
 373 # rank: Class
 374 species_color: Mammalia       0xFF0000
 375 species_color: mammals        0xFF0000
 376 # rank: Phylum
 377 species_color: Chordata       0x8470FF
 378 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 379 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 380 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 381 species_color: Nematoda       0x7171C6
 382 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 383 species_color: Annelida       0xC67171
 384 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 385 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 386 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 387 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 388 species_color: Porifera       0xFF3E96
 389 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 390 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 391 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 392 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 393 species_color: Streptophyta   0x00C957
 394 # rank: Kingdom
 395 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 396 species_color: plants         0x00FF00
 397 species_color: Metazoa        0x0000FF
 398 species_color: animals        0x0000FF
 399 species_color: Fungi          0xFF9912
 400 # rank: Superkingdom
 401 species_color: Viruses        0xFFD700
 402 species_color: Bacteria       0x00FF00
 403 species_color: Archaea        0x0000FF
 404 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 405 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 406
 407 #  Domain colors
 408 #  -------------
 409
 410 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 411 domain_color: TIR           0x900000
 412 domain_color: NACHT         0x202020
 413 domain_color: CARD          0xFF0000
 414 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 415 domain_color: Death         0x0000FF
 416 domain_color: DED           0x00FFFF
 417 domain_color: BIR           0xCCFF33
 418 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 419 domain_color: NB-ARC        0x500050
 420 domain_color: WD40          0x888888
 421 domain_color: RVT_1         0x999900
 422
 423
 424
 425 #  Annotation colors
 426 #  -----------------
 427
 428 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 429 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 430 annotation_color: protease      0x009900
 431 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 432
 433
 434 # END