forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape for internal nodes: 'show_default_node_shapes_internal': values: 'yes'/'no'
  61 #  Show default node shape for external nodes: 'show_default_node_shapes_external': values: 'yes'/'no'
  62 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  63 #     Example: 'default_node_size: 6'
  64 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  65 #     Example: 'default_node_shape: '
  66 #     Possible values: circle
  67 #                      rectangle
  68 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  69 #     Example: 'default_node_fill: '
  70 #     Possible values: solid
  71 #                      gradient
  72 #                      none
  73 #
  74 #  To determine what data field to return by clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return'
  75 #     Possible values: node_name
  76 #                      sequence_name
  77 #                      sequence_acc
  78 #                      sequence_mol_seq
  79 #                      sequence_mol_seq_fasta
  80 #                      sequence_symbol
  81 #                      taxonomy_scientific_name
  82 #                      taxonomy_code
  83 #                      user_selected
  84 #
  85 #  To determine where to return data selected by user clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return_on'
  86 #     Contents of buffer can be obtained with method 'getCurrentExternalNodesDataBuffer()' of
  87 #     classes org.forester.archaeopteryx.MainFrame and org.forester.archaeopteryx.ArchaeopteryxE
  88 #     Possible values: window (for output to window and buffer)
  89 #                      console (for output to console and buffer)
  90 #                      buffer_only (for output to buffer only)
  91 #
  92 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default ""Return ..."): 'label_for_get_ext_descendents_data'
  93 #     Example: 'label_for_get_ext_descendents_data: Get_Node_Data'
  94 #
  95 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  96 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  97 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  98 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  99 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
 100 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
 101 #     Example: 'background_gradient: yes'
 102 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 103 #     Example: 'allow_editing: yes'
 104 #
 105 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 106 #  -------------------------
 107 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 108 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 109 #
 110 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) or UniProt identifiers (or scientific names)
 111 #  from node names during NH/NHX/Nexus file parsing: 'taxonomy_extraction_in_nh_parsing'
 112 #     possible values are:
 113 #     'no'
 114 #     'pfam_strict'  (for e.g. MOUSE from BCL2_MOUSE/23-453, or [uniprot] 10090 from BCL2_10090/23-453)
 115 #     'pfam_relaxed' (for e.g. MOUSE from bax_MOUSE, or [uniprot] 10090 from bax_10090)
 116 #     'aggressive'   (for e.g. MOUSE from MOUSE, or [uniprot] 10090 from 10090, or Nematostella vectensis from xyz_Nematostella_vectensis)
 117 #
 118 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 119 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 120
 121
 122
 123 #  phyloXML parsing
 124 #  ----------------
 125 #  To ensure compatibility with all current and future
 126 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 127 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 128 #  to enable validation of all phyloXML files
 129 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 130 #  with:
 131 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 132
 133 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 134
 135
 136
 137 min_confidence_value:                      0.0
 138 font_family:                               Arial,Helvetica,Verdana,Tahoma,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
 139 font_size:                                 10
 140 font_size_min:                             2
 141 font_size_max:                             20
 142 antialias_screen:                          yes
 143 show_scale:                                yes
 144 show_branch_length_values:                 no
 145 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 146 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 147 node_label_direction:                      horizontal
 148 show_default_node_shapes_internal:         no
 149 show_default_node_shapes_external:         no
 150 default_node_size:                         4
 151 default_node_shape:                        rectangle
 152 default_node_fill:                         solid
 153 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 154 #graphics_export_x:                         595
 155 #graphics_export_y:                         792
 156 pdf_export_line_width:                     0.5
 157 show_overview:                             yes
 158 overview_width:                            120
 159 overview_height:                           120
 160 overview_placement_type:                   upper_left
 161 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 162 display_sequence_relations:                no
 163 show_domain_labels:                        yes
 164 branch_length_value_digits:                3
 165 confidence_value_digits:                   3
 166 background_gradient:                       no
 167 allow_editing:                             yes
 168 ext_descendents_data_to_return_on:         window
 169 ext_descendents_data_to_return:            sequence_mol_seq_fasta
 170 #label_for_get_ext_descendents_data:        Get_Node_Data
 171 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 172 internal_labels_are_confidence_values:     no
 173 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 174 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         no
 175
 176
 177 #  Checkbox Display Selection
 178 #  --------------------------
 179 #  This is used to select which checkboxes to display
 180 #  and what their initial values should be.
 181 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 182 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 183 #
 184 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 185 #  - 'phylogram'
 186 #  - 'write_confidence_values'
 187 #  - 'write_events'
 188
 189 phylogram:                      display   ?
 190 rollover:                       display   yes
 191 color_according_to_species:     display   yes
 192 color_according_to_annotation:  display   no
 193 show_node_names:                display   yes
 194 show_gene_names:                display   yes
 195 show_gene_symbols:              display   yes
 196 show_sequence_acc:              display   no
 197 show_taxonomy_code:             display   yes
 198 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 199 show_taxonomy_common_names:     display   no
 200 show_taxonomy_images:           display   yes
 201 show_annotations:               display   no
 202 write_confidence_values:        display   ?
 203 write_events:                   display   ?
 204 color_branches:                 display   no
 205 width_branches:                 display   no
 206 show_domain_architectures:      display   no
 207 show_binary_characters:         display   no
 208 show_binary_character_counts:   display   no
 209 display_internal_data:          display   yes
 210 dynamically_hide_data:          display   yes
 211 show_relation_confidence:       display   no
 212 show_properties:                display   no
 213 show_vector_data:               display   no
 214
 215
 216
 217 #  Combo-box Display Selection
 218 #  ---------------------------
 219 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 220 click_to: display_node_data        display
 221 click_to: collapse_uncollapse      display
 222 click_to: reroot                   display
 223 click_to: subtree                  display
 224 click_to: swap                     display
 225 click_to: sort_descendants         display
 226 click_to: color_subtree            display
 227 click_to: open_seq_web             display
 228 click_to: open_tax_web             display
 229 click_to: blast                    display
 230 click_to: cut_subtree              display
 231 click_to: copy_subtree             display
 232 click_to: paste_subtree            display
 233 click_to: delete                   display
 234 click_to: add_new_node             display
 235 click_to: edit_node_data           display
 236 click_to: select_nodes             display
 237 click_to: get_ext_descendents_data display
 238
 239 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 240 default_click_to: display_node_data
 241
 242
 243
 244 #  Default Tree Display Colors
 245 #  ---------------------------
 246
 247 display_color: background                 0x000000
 248 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 249 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 250 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 251 display_color: confidence                 0x38B0DE
 252 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 253 display_color: branch                     0xFFFFFF
 254 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 255 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 256 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 257 display_color: duplication                0xFF0000
 258 display_color: speciation                 0x00FF00
 259 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 260 display_color: domains                    0x7B68EE
 261 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 262 display_color: annotation                 0xADFF2F
 263 display_color: overview                   0x828282
 264
 265
 266
 267 #  GUI (graphical user interface) Colors
 268 #  -------------------------------------
 269 #
 270 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 271 #  is being used ('native_ui: yes').
 272
 273 gui_background_color:                 0x202020
 274 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 275 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 276 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 277 gui_button_background_color:          0x404040
 278 gui_menu_background_color:            0x000000
 279 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 280 gui_button_border_color:              0x000000
 281
 282
 283
 284 #  Domain Structure Display Colors
 285 #  -------------------------------
 286 domain_structure_base_color:          0x202020
 287 domain_structure_font_color:          0x909090
 288
 289
 290
 291 #  Settings Specific for Archaeopteryx Applets (E and A)
 292 #  -----------------------------------------------------
 293 #  To automatically midpoint reroot trees upon loading: 'midpoint_reroot: yes'
 294
 295 midpoint_reroot: yes
 296
 297
 298
 299 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE Applets
 300 #  --------------------------------------------
 301 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 302 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 303
 304 hide_controls_and_menus: no
 305 use_tabbed_display:      yes
 306
 307
 308
 309 #  Settings For Phylogenetic Inference
 310 #  -----------------------------------
 311 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 312
 313 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 314 mafft_local:                            /bin/mafft
 315 fastme_local:                           /bin/fastme
 316 raxml_local:                            /bin/raxml
 317
 318
 319
 320 #  Species colors
 321 #  --------------
 322 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 323 species_color: BRAFL        0x00FFFF
 324 species_color: SPHGR        0x9620F0
 325 species_color: STRPU        0x9620F0
 326 species_color: CIOIN        0xFF1CAE
 327 species_color: CIOSA        0xFF2CAE
 328 species_color: BOVIN        0x5C3317
 329 species_color: CANFA        0x8B2323
 330 species_color: HUMAN        0xFF2400
 331 species_color: Homo_sapiens 0xFF2400
 332 species_color: PANTR        0xCC2400
 333 species_color: MOUSE        0xFF7F00
 334 species_color: RAT          0xFFEF00
 335 species_color: MONDO        0xEE9A49
 336 species_color: ORNAN        0xCD853F
 337 species_color: XENLA        0x6BAA23
 338 species_color: XENTR        0x6BAA23
 339 species_color: CHICK        0xFFC125
 340 species_color: FUGRU        0x0000FF
 341 species_color: BRARE        0x0000DD
 342 species_color: DANRE        0x0000BB
 343 species_color: TETNG        0x0000AA
 344 species_color: ORYLA        0x000088
 345 species_color: GASAC        0x000066
 346 species_color: CAEEL        0xA0A0A0
 347 species_color: CAEBR        0xB0B0B0
 348 species_color: DROME        0x706F00
 349 species_color: DROPS        0x504F00
 350 species_color: APIME        0x7A7700
 351 species_color: AEDAE        0x8C5900
 352 species_color: TRICA        0x918E00
 353 species_color: NEMVE        0xAABADD
 354 species_color: HYDAT        0x7C9BCF
 355 species_color: LUBBA        0xF7B5CB
 356 species_color: GEOCY        0xF5A0BD
 357 species_color: SUBDO        0xC790B9
 358 species_color: MONBE        0xFC0FC0
 359 species_color: DICPU        0x23238E
 360 species_color: DICDI        0x4D4DFF
 361 species_color: ENTHI        0x5959AB
 362 species_color: ARATH        0x00FF00
 363 species_color: POPTR        0x006400
 364 species_color: VITVI        0x00CD00
 365 species_color: GLYMA        0x00FF7F
 366 species_color: ORYSA        0x008B00
 367 species_color: ORYSJ        0x008C00
 368 species_color: SORBI        0x00EE76
 369 species_color: SELMO        0x238E23
 370 species_color: PHYPA        0x09F911
 371 species_color: OSTLU        0x7FFF00
 372 species_color: OSTTA        0x7FFF00
 373 species_color: OSTRC        0x7FFF00
 374 species_color: MICPU        0x66CD00
 375 species_color: MIC99        0x66CD00
 376 species_color: CHLRE        0xB3EE3A
 377 species_color: VOLCA        0xC0FF3E
 378 species_color: CHLSP        0x6B8E23
 379 species_color: CYAME        0xD02090
 380 species_color: YEAST        0xAAAAAA
 381 species_color: BACFR        0xFF0000
 382 species_color: BACTN        0xFFFF00
 383 species_color: MYXXD        0x0000FF
 384 species_color: STIAU        0x00FFFF
 385 species_color: BACOV        0x8C5900
 386 species_color: BACUN        0x66CD00
 387 species_color: PORGI        0x918E00
 388 # rank: Class
 389 species_color: Mammalia       0xFF0000
 390 species_color: mammals        0xFF0000
 391 # rank: Phylum
 392 species_color: Chordata       0x8470FF
 393 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 394 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 395 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 396 species_color: Nematoda       0x7171C6
 397 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 398 species_color: Annelida       0xC67171
 399 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 400 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 401 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 402 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 403 species_color: Porifera       0xFF3E96
 404 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 405 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 406 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 407 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 408 species_color: Streptophyta   0x00C957
 409 # rank: Kingdom
 410 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 411 species_color: plants         0x00FF00
 412 species_color: Metazoa        0x0000FF
 413 species_color: animals        0x0000FF
 414 species_color: Fungi          0xFF9912
 415 # rank: Superkingdom
 416 species_color: Viruses        0xFFD700
 417 species_color: Bacteria       0x00FF00
 418 species_color: Archaea        0x0000FF
 419 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 420 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 421
 422 #  Domain colors
 423 #  -------------
 424
 425 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 426 domain_color: TIR           0x900000
 427 domain_color: NACHT         0x202020
 428 domain_color: CARD          0xFF0000
 429 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 430 domain_color: Death         0x0000FF
 431 domain_color: DED           0x00FFFF
 432 domain_color: BIR           0xCCFF33
 433 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 434 domain_color: NB-ARC        0x500050
 435 domain_color: WD40          0x888888
 436 domain_color: RVT_1         0x999900
 437
 438
 439
 440 #  Annotation colors
 441 #  -----------------
 442
 443 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 444 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 445 annotation_color: protease      0x009900
 446 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 447
 448
 449 # END