forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular
  57 #     and unrooted type: 'node_label_direction':
  58 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  59 #     The two possible values are: horizontal
  60 #                                  radial
  61 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  62 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  63 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  64 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  65 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
  66 #     Example: 'background_gradient: yes'
  67 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
  68 #     Example: 'allow_editing: yes'
  69 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  70 #     'replace_underscores_in_nh_parsing'
  71 #  To extract taxonomy codes from Pfam-style sequence labels (e.g. 'QW231_HUMAN/129-694')
  72 #     during NH/NHX/Nexus file parsing (application only): 'extract_pfam_tax_codes_in_nh_parsing'
  73 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
  74 #     'internal_labels_are_confidence_values'
  75
  76
  77 min_confidence_value:                      0.0
  78 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
  79 font_size:                                 10
  80 antialias_screen:                          yes
  81 show_scale:                                yes
  82 show_branch_length_values:                 no
  83 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
  84 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
  85 #graphics_export_x:                         595
  86 #graphics_export_y:                         792
  87 pdf_export_line_width:                     0.5
  88 show_overview:                             yes
  89 overview_width:                            120
  90 overview_height:                           120
  91 overview_placement_type:                   upper_left
  92 node_label_direction:                      horizontal
  93 color_labels_same_as_branch_length_values: no
  94 show_domain_labels:                        yes
  95 branch_length_value_digits:                3
  96 confidence_value_digits:                   3
  97 background_gradient:                       no
  98 allow_editing:                             yes
  99 #  NH/NHX/Nexus file parsing (application only):
 100 internal_labels_are_confidence_values:     no
 101 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 102 extract_taxonomy_codes_in_nh_parsing:      yes
 103 display_sequence_relations:                no
 104
 105
 106 #  phyloXML parsing
 107 #  ----------------
 108 #  To ensure compatibility with all current and future
 109 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 110 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 111 #  to enable validation of all phyloXML files
 112 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 113 #  with:
 114 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 115
 116 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 117
 118
 119
 120 #  Checkbox Display Selection
 121 #  --------------------------
 122 #  This is used to select which checkboxes to display
 123 #  and what their initial values should be.
 124 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 125 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 126 #
 127 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 128 #  - 'phylogram'
 129 #  - 'write_confidence_values'
 130 #  - 'write_events'
 131
 132 phylogram:                      display   ?
 133 rollover:                       display   yes
 134 color_according_to_species:     display   yes
 135 color_according_to_annotation:  display   no
 136 show_node_names:                display   yes
 137 show_gene_names:                display   yes
 138 show_gene_symbols:              display   yes
 139 show_sequence_acc:              display   no
 140 show_taxonomy_code:             display   yes
 141 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 142 show_taxonomy_common_names:     display   no
 143 show_taxonomy_images:           display   yes
 144 show_annotations:               display   no
 145 show_property:                  nodisplay no
 146 write_confidence_values:        display   ?
 147 write_events:                   display   ?
 148 color_branches:                 display   no
 149 width_branches:                 display   no
 150 show_domain_architectures:      display   no
 151 show_binary_characters:         display   no
 152 show_binary_character_counts:   display   no
 153 display_internal_data:          display   yes
 154 dynamically_hide_data:          display   yes
 155 show_relation_confidence:       display   no
 156 show_vector_data:               display   no
 157
 158
 159 #  Combo-box Display Selection
 160 #  ---------------------------
 161 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 162 click_to: display_node_data    display
 163 click_to: collapse_uncollapse  display
 164 click_to: reroot               display
 165 click_to: subtree              display
 166 click_to: swap                 display
 167 click_to: color_subtree        display
 168 click_to: open_seq_web         display
 169 click_to: open_tax_web         display
 170 click_to: cut_subtree          display
 171 click_to: copy_subtree         display
 172 click_to: paste_subtree        display
 173 click_to: delete               display
 174 click_to: add_new_node         display
 175 click_to: edit_node_data       display
 176
 177 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 178 default_click_to: display_node_data
 179
 180
 181
 182 #  Default Tree Display Colors
 183 #  ---------------------------
 184
 185 display_color: background                 0x000000
 186 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 187 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 188 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 189 display_color: confidence                 0x38B0DE
 190 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 191 display_color: branch                     0xFFFFFF
 192 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 193 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 194 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 195 display_color: duplication                0xFF0000
 196 display_color: speciation                 0x00FF00
 197 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 198 display_color: domains                    0x7B68EE
 199 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 200 display_color: annotation                 0xADFF2F
 201 display_color: overview                   0x828282
 202
 203
 204
 205 #  GUI (graphical user interface) Colors
 206 #  -------------------------------------
 207 #
 208 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 209 #  is being used ('native_ui: yes').
 210
 211 gui_background_color:                 0x202020
 212 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 213 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 214 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 215 gui_button_background_color:          0x404040
 216 gui_menu_background_color:            0x000000
 217 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 218 gui_button_border_color:              0x000000
 219
 220
 221 #  Domain Structure Display Colors
 222 #  -------------------------------
 223 domain_structure_base_color:          0x202020
 224 domain_structure_font_color:          0x909090
 225
 226
 227
 228 #  Web Links
 229 #  ---------
 230 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 231 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 232 #  <description> is not used at the moment.
 233 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 234 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 235
 236 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 237 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 238 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 239 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 240 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 241 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 242 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 243 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 244 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 245 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 246 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 247 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 248 # not working at the moment:
 249 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 250
 251
 252
 253 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 254 #  ------------------------------------
 255 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 256 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 257
 258 hide_controls_and_menus: no
 259 use_tabbed_display:      yes
 260
 261
 262
 263 #  Settings For Phylogenetic Inference
 264 #  -----------------------------------
 265 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 266
 267 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 268
 269
 270
 271 #  Application Specific Settings
 272 #  -----------------------------
 273
 274 #  Species colors
 275 #  --------------
 276 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 277 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 278 species_color: SPHGR      0x9620F0
 279 species_color: STRPU      0x9620F0
 280 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 281 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 282 species_color: BOVIN      0x5C3317
 283 species_color: CANFA      0x8B2323
 284 species_color: HUMAN      0xFF2400
 285 species_color: PANTR      0xCC2400
 286 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 287 species_color: RAT        0xFFEF00
 288 species_color: MONDO      0xEE9A49
 289 species_color: ORNAN      0xCD853F
 290 species_color: XENLA      0x6BAA23
 291 species_color: XENTR      0x6BAA23
 292 species_color: CHICK      0xFFC125
 293 species_color: FUGRU      0x0000FF
 294 species_color: BRARE      0x0000DD
 295 species_color: DANRE      0x0000BB
 296 species_color: TETNG      0x0000AA
 297 species_color: ORYLA      0x000088
 298 species_color: GASAC      0x000066
 299 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 300 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 301 species_color: DROME      0x706F00
 302 species_color: DROPS      0x504F00
 303 species_color: APIME      0x7A7700
 304 species_color: AEDAE      0x8C5900
 305 species_color: TRICA      0x918E00
 306 species_color: NEMVE      0xAABADD
 307 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 308 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 309 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 310 species_color: SUBDO      0xC790B9
 311 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 312 species_color: DICPU      0x23238E
 313 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 314 species_color: ENTHI      0x5959AB
 315 species_color: ARATH      0x00FF00
 316 species_color: POPTR      0x006400
 317 species_color: VITVI      0x00CD00
 318 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 319 species_color: ORYSA      0x008B00
 320 species_color: ORYSJ      0x008C00
 321 species_color: SORBI      0x00EE76
 322 species_color: SELMO      0x238E23
 323 species_color: PHYPA      0x09F911
 324 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 325 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 326 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 327 species_color: MICPU      0x66CD00
 328 species_color: MIC99      0x66CD00
 329 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 330 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 331 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 332 species_color: CYAME      0xD02090
 333 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 334 species_color: BACFR      0xFF0000
 335 species_color: BACTN      0xFFFF00
 336 species_color: MYXXD      0x0000FF
 337 species_color: STIAU      0x00FFFF
 338 species_color: BACOV      0x8C5900
 339 species_color: BACUN      0x66CD00
 340 species_color: PORGI      0x918E00
 341
 342
 343 #  Domain colors
 344 #  -------------
 345
 346 domain_color: Cofilin_ADF   0xFC0FC0
 347 domain_color: TIR           0x900000
 348 domain_color: NACHT         0x202020
 349 domain_color: CARD          0xFF0000
 350 domain_color: Peptidase_C14 0x00FF00
 351 domain_color: Death         0x0000FF
 352 domain_color: DED           0x00FFFF
 353 domain_color: BIR           0xCCFF33
 354 domain_color: PAAD_DAPIN    0x9999CC
 355 domain_color: NB-ARC        0x500050
 356 domain_color: WD40          0x888888
 357 domain_color: RVT_1         0x999900
 358 domain_color: NOPS          0x505000
 359 domain_color: RRM_1         0x004400
 360 domain_color: fn3           0xFFCC00
 361 domain_color: Ank           0xCC33FF
 362 domain_color: Pkinase       0x339900
 363 domain_color: Pkinase_Tyr   0x336600
 364 domain_color: ig            0x660066
 365 domain_color: zf-C3HC4      0x6699FF
 366 domain_color: zf-CCHC       0x6699EE
 367 domain_color: zf-C2H2       0x6699CC
 368 domain_color: zf-B_box      0x6699DD
 369 domain_color: PDZ           0x66FFCC
 370 domain_color: SH3_2         0x996600
 371 domain_color: MIRO          0xCCFF00
 372 domain_color: Myb_DNA-binding 0xDDDDDD
 373 domain_color: NHL           0x336666
 374 domain_color: PKD_channel   0x336666
 375 domain_color: Ion_trans     0x996666
 376 domain_color: CAP_GLY       0xCC9900
 377 domain_color: LRR_1         0xFFFF99
 378 domain_color: LRR_2         0xFFFF66
 379 domain_color: LRR_3         0xFFFF33
 380 domain_color: LRR_adjacent  0xFFFF00
 381 domain_color: LRRCT         0xFFCC99
 382 domain_color: LRRNT         0xFFCC66
 383 domain_color: LRRNT_2       0xFFCC33
 384 domain_color: Ank           0x990099
 385 domain_color: Sushi         0x004400
 386 domain_color: ZU5           0xFF9999
 387 domain_color: V-set         0x3399FF
 388 domain_color: TPR_1         0xFF1493
 389 domain_color: TPR_2         0xFF69B4
 390 domain_color: TPR_3         0xCD6090
 391 domain_color: TPR_4         0xFF6A6A
 392 domain_color: TPR_MLP1_2    0x33FF00
 393 domain_color: Collagen      0xFF7F00
 394 domain_color: MIF           0xADD8E6
 395
 396
 397 #  Annotation colors
 398 #  -----------------
 399
 400 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 401 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 402 annotation_color: protease      0x009900
 403 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 404
 405
 406 # END