forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #
  19 #  Font family name: 'font_family':
  20 #     Example: 'font_family: Arial_Unicode_MS,Dialog,SansSerif,Sans,Arial,Helvetica'
  21 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  22 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  23 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  24 #     replaced by underscores (e.g. 'Arial_Unicode_MS').
  25 #
  26 #  Font size: 'font_size':
  27 #     Example: 'font_size: 10'
  28 #
  29 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  30 #
  31 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  32 #
  33 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  34 #
  35 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  36 #
  37 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  38 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  39 #     The three possible values are: non_lined_up
  40 #                                    ext_node_sum_dep
  41 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  42 #
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #
  46 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  47 #
  48 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  49 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  50 #     The eight possible values are: rectangular
  51 #                                    euro_style
  52 #                                    rounded
  53 #                                    curved
  54 #                                    triangular
  55 #                                    convex
  56 #                                    unrooted
  57 #                                    circular
  58 #
  59 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  60 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  61 #     The two possible values are: horizontal
  62 #                                  radial
  63 #
  64 #  Show default node shape for internal nodes: 'show_default_node_shapes_internal': values: 'yes'/'no'
  65 #
  66 #  Show default node shape for external nodes: 'show_default_node_shapes_external': values: 'yes'/'no'
  67 #
  68 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  69 #     Example: 'default_node_size: 6'
  70 #
  71 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  72 #     Example: 'default_node_shape: '
  73 #     Possible values: circle
  74 #                      rectangle
  75 #
  76 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  77 #     Example: 'default_node_fill: '
  78 #     Possible values: solid
  79 #                      gradient
  80 #                      none
  81 #
  82 #  To determine what data field to return by clicking on "List Node Data": 'list_node_data_field'
  83 #     Possible values: node_name
  84 #                      sequence_name
  85 #                      gene_name
  86 #                      sequence_acc
  87 #                      sequence_mol_seq_fasta
  88 #                      sequence_symbol
  89 #                      taxonomy_scientific_name
  90 #                      taxonomy_code
  91 #                      domains
  92 #                      domains_collapsed
  93 #                      seq_annotations
  94 #                      go_term_ids
  95 #                      user_selected
  96 #
  97 #  To determine where to return data selected by user clicking on "List Node Data": 'list_node_data_in'
  98 #     Contents of buffer can be obtained with method 'getCurrentExternalNodesDataBuffer()' of
  99 #     classes org.forester.archaeopteryx.MainFrame and org.forester.archaeopteryx.ArchaeopteryxE
 100 #     Possible values: window (for output to window and buffer)
 101 #                      console (for output to console and buffer)
 102 #                      buffer_only (for output to buffer only)
 103 #
 104 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default "List Node Data"): 'list_node_data_custom_label'
 105 #     Example: 'list_node_data_custom_label: Get_Node_Data'
 106 #
 107 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
 108 #
 109 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
 110 #
 111 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
 112 #
 113 #  Do/not show reference sources for sequence annotation: 'show_seq_annotation_ref_sources': values: 'yes'/'no'
 114 #
 115 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
 116 #
 117 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
 118 #
 119 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
 120 #     Example: 'background_gradient: yes'
 121 #
 122 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 123 #     Example: 'allow_editing: yes'
 124 #
 125 #  To allow/not allow thicker strokes for very small trees: allow_thick_strokes
 126 #     Example: 'allow_thick_strokes: yes'
 127 #
 128 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 129 #  -------------------------
 130 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 131 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 132 #
 133 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) or UniProt identifiers (or scientific names)
 134 #  from node names during NH/NHX/Nexus file parsing: 'taxonomy_extraction_in_nh_parsing'
 135 #     possible values are:
 136 #     'no'
 137 #     'pfam_strict'  (for e.g. MOUSE from BCL2_MOUSE/23-453, or [uniprot] 10090 from BCL2_10090/23-453)
 138 #     'pfam_relaxed' (for e.g. MOUSE from bax_MOUSE, or [uniprot] 10090 from bax_10090)
 139 #     'aggressive'   (for e.g. MOUSE from MOUSE, or [uniprot] 10090 from 10090, or Nematostella vectensis from xyz_Nematostella_vectensis)
 140 #
 141 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 142 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 143 #
 144 #  phyloXML parsing
 145 #  ----------------
 146 #  To ensure compatibility with all current and future
 147 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 148 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 149 #  to enable validation of all phyloXML files
 150 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 151 #  with:
 152 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 153
 154
 155 min_confidence_value:                      0.0
 156 font_family:                               Arial_Unicode_MS,Dialog,SansSerif,Sans,Arial,Helvetica
 157 font_size:                                 10
 158 font_size_min:                             2
 159 font_size_max:                             20
 160 antialias_screen:                          yes
 161 show_scale:                                yes
 162 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 163 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 164 node_label_direction:                      horizontal
 165 show_default_node_shapes_internal:         no
 166 show_default_node_shapes_external:         no
 167 show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data:  yes
 168 default_node_size:                         4
 169 default_node_shape:                        rectangle
 170 default_node_fill:                         solid
 171 pdf_export_line_width:                     0.5
 172 show_overview:                             yes
 173 overview_width:                            120
 174 overview_height:                           120
 175 overview_placement_type:                   upper_left
 176 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 177 display_sequence_relations:                no
 178 show_domain_labels:                        yes
 179 line_up_renderable_data:                   yes
 180 right_align_domain_architectures:          no
 181 show_seq_annotation_ref_sources:           yes
 182 branch_length_value_digits:                3
 183 confidence_value_digits:                   2
 184 background_gradient:                       no
 185 allow_editing:                             yes
 186 allow_thick_strokes:                       no
 187 list_node_data_in:                         window
 188 list_node_data_field:                      user_selected
 189 list_node_data_custom_label:
 190 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 191 internal_labels_are_confidence_values:     no
 192 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 193 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         no
 194 validate_against_phyloxml_xsd_schema:      true
 195
 196
 197 #  Checkbox Display Selection
 198 #  --------------------------
 199 #  This is used to select which checkboxes to display
 200 #  and what their initial values should be.
 201 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 202 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 203 #
 204 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 205 #  - 'phylogram'
 206 #  - 'write_confidence_values'
 207 #  - 'write_events'
 208
 209 phylogram:                      display   ?
 210 rollover:                       display   yes
 211 color_according_to_sequence:    display   no
 212 color_according_to_species:     display   no
 213 color_according_to_annotation:  display   no
 214 show_node_names:                display   yes
 215 show_seq_names:                 display   yes
 216 show_seq_symbols:               display   yes
 217 show_seq_acc:                   display   no
 218 show_gene_names:                display   yes
 219 show_taxonomy_code:             display   yes
 220 show_taxonomy_scientific_names: display   yes
 221 show_taxonomy_common_names:     display   no
 222 show_taxonomy_images:           display   no
 223 show_annotations:               display   no
 224 write_confidence_values:        display   ?
 225 write_branch_length_values:     display   no
 226 write_events:                   display   ?
 227 use_visual_styles:              display   no
 228 width_branches:                 display   no
 229 show_domain_architectures:      display   no
 230 show_msa:                       display   no
 231 show_binary_characters:         display   no
 232 show_binary_character_counts:   display   no
 233 display_internal_data:          display   yes
 234 dynamically_hide_data:          display   yes
 235 show_relation_confidence:       display   no
 236 show_properties:                display   no
 237 show_vector_data:               display   no
 238
 239
 240
 241 #  Combo-box Display Selection
 242 #  ---------------------------
 243 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 244 click_to: display_node_data        display
 245 click_to: collapse_uncollapse      display
 246 click_to: reroot                   display
 247 click_to: subtree                  display
 248 click_to: swap                     display
 249 click_to: sort_descendants         display
 250 click_to: color_subtree            display
 251 click_to: change_node_font         display
 252 click_to: color_node_font          display
 253 click_to: open_seq_web             display
 254 click_to: open_pdb_web             display
 255 click_to: open_tax_web             display
 256 click_to: blast                    display
 257 click_to: cut_subtree              display
 258 click_to: copy_subtree             display
 259 click_to: paste_subtree            display
 260 click_to: delete                   display
 261 click_to: add_new_node             display
 262 click_to: edit_node_data           display
 263 click_to: select_nodes             display
 264 click_to: get_ext_descendents_data display
 265
 266 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 267 default_click_to: display_node_data
 268
 269
 270
 271 #  Default Tree Display Colors
 272 #  ---------------------------
 273
 274 display_color: background                 0x000000
 275 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 276 display_color: sequence                   0xE6E6E6
 277 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 278 display_color: confidence                 0xB4B4B4
 279 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 280 display_color: branch                     0xFFFFFF
 281 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 282 display_color: collapsed                  0xFFFFFF
 283 display_color: matching_a                 0x00FF00
 284 display_color: matching_b                 0xFF0000
 285 display_color: matching_a_and_b           0xFFFF00
 286 display_color: duplication                0xFF0000
 287 display_color: speciation                 0x00FF00
 288 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 289 display_color: domain_label               0xE6E6E6
 290 display_color: domain_base                0x646464
 291 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 292 display_color: annotation                 0xADFF2F
 293 display_color: overview                   0x828282
 294
 295
 296
 297 #  GUI (graphical user interface) Colors
 298 #  -------------------------------------
 299 #
 300 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 301 #  is being used ('native_ui: yes').
 302
 303 gui_background_color:                 0x202020
 304 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 305 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 306 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 307 gui_button_background_color:          0x404040
 308 gui_menu_background_color:            0x000000
 309 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 310 gui_button_border_color:              0x000000
 311
 312
 313 #  Vector Data Display Colors and Sizes
 314 #  ------------------------------------
 315 vector_data_min_color:                0x0000FF
 316 vector_data_max_color:                0xFFFF00
 317 vector_data_mean_color:               0x000000
 318 vector_data_width:                    120
 319 vector_data_height:                   12
 320
 321
 322 #  Settings Specific for Archaeopteryx Applets (E and A)
 323 #  -----------------------------------------------------
 324 #  To automatically midpoint reroot trees upon loading: 'midpoint_reroot: yes'
 325
 326 midpoint_reroot: yes
 327
 328
 329
 330 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE Applets
 331 #  --------------------------------------------
 332 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 333 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 334
 335 hide_controls_and_menus: no
 336 use_tabbed_display:      yes
 337
 338
 339
 340 #  Settings For Phylogenetic Inference
 341 #  -----------------------------------
 342 #  EXPERIMENTAL: DO NOT USE!!
 343
 344 default_number_of_bootstrap_resamples: 100
 345 mafft_local:                            /bin/mafft
 346 fastme_local:                           /bin/fastme
 347 raxml_local:                            /bin/raxml
 348
 349
 350
 351 #  Sequence colors
 352 #  ---------------
 353 #  Format: species_color: sequencename hexcolor
 354 sequence_color: Tubulin-alpha        0xEE0000
 355 sequence_color: Tubulin-beta         0x00EE00
 356
 357
 358 #  Species colors
 359 #  --------------
 360 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 361 species_color: BRAFL        0x00FFFF
 362 species_color: SPHGR        0x9620F0
 363 species_color: STRPU        0x9620F0
 364 species_color: CIOIN        0xFF1CAE
 365 species_color: CIOSA        0xFF2CAE
 366 species_color: BOVIN        0x5C3317
 367 species_color: CANFA        0x8B2323
 368 species_color: HUMAN        0xFF2400
 369 species_color: PANTR        0xCC2400
 370 species_color: MOUSE        0xFF7F00
 371 species_color: RAT          0xFFEF00
 372 species_color: MONDO        0xEE9A49
 373 species_color: ORNAN        0xCD853F
 374 species_color: XENLA        0x6BAA23
 375 species_color: XENTR        0x6BAA23
 376 species_color: CHICK        0xFFC125
 377 species_color: FUGRU        0x0000FF
 378 species_color: BRARE        0x0000DD
 379 species_color: DANRE        0x0000BB
 380 species_color: TETNG        0x0000AA
 381 species_color: ORYLA        0x000088
 382 species_color: GASAC        0x000066
 383 species_color: CAEEL        0x666699
 384 species_color: CAEBR        0xB0B0B0
 385 species_color: DROME        0x663366
 386 species_color: DROPS        0x996699
 387 species_color: APIME        0x7A7700
 388 species_color: AEDAE        0x8C5900
 389 species_color: TRICA        0x918E00
 390 species_color: NEMVE        0x0066CC
 391 species_color: HYDAT        0x3399FF
 392 species_color: HYDVU        0x3399FF
 393 species_color: LUBBA        0xF7B5CB
 394 species_color: GEOCY        0xF5A0BD
 395 species_color: AMPQE        0x009966
 396 species_color: SUBDO        0xC790B9
 397 species_color: MONBE        0xFC0FC0
 398 species_color: DICPU        0xFFCC33
 399 species_color: DICDI        0xFFCC00
 400 species_color: ENTHI        0x5959AB
 401 species_color: ARATH        0x00FF00
 402 species_color: POPTR        0x006400
 403 species_color: VITVI        0x00CD00
 404 species_color: GLYMA        0x00FF7F
 405 species_color: ORYSA        0x008B00
 406 species_color: ORYSJ        0x008C00
 407 species_color: SORBI        0x00EE76
 408 species_color: SELMO        0x238E23
 409 species_color: PHYPA        0x09F911
 410 species_color: OSTLU        0x7FFF00
 411 species_color: OSTTA        0x7FFF00
 412 species_color: OSTRC        0x7FFF00
 413 species_color: MICPU        0x66CD00
 414 species_color: MIC99        0x66CD00
 415 species_color: CHLRE        0xB3EE3A
 416 species_color: VOLCA        0xC0FF3E
 417 species_color: CHLSP        0x6B8E23
 418 species_color: CYAME        0xD02090
 419 species_color: YEAST        0xAAAAAA
 420 species_color: BACFR        0xFF0000
 421 species_color: BACTN        0xFFFF00
 422 species_color: MYXXD        0x0000FF
 423 species_color: STIAU        0x00FFFF
 424 species_color: BACOV        0x8C5900
 425 species_color: BACUN        0x66CD00
 426 species_color: PORGI        0x918E00
 427 # rank: Class
 428 species_color: Mammalia       0xFF0000
 429 species_color: mammals        0xFF0000
 430 # rank: Phylum
 431 species_color: Chordata       0x8470FF
 432 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 433 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 434 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 435 species_color: Nematoda       0x7171C6
 436 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 437 species_color: Annelida       0xC67171
 438 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 439 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 440 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 441 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 442 species_color: Porifera       0xFF3E96
 443 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 444 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 445 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 446 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 447 species_color: Streptophyta   0x00C957
 448 # rank: Kingdom
 449 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 450 species_color: plants         0x00FF00
 451 species_color: Metazoa        0x0000FF
 452 species_color: animals        0x0000FF
 453 species_color: Fungi          0xFF9912
 454 # rank: Superkingdom
 455 species_color: Viruses        0xFFD700
 456 species_color: Bacteria       0x00FF00
 457 species_color: Archaea        0x0000FF
 458 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 459 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 460
 461
 462
 463 #  Domain colors
 464 #  -------------
 465 domain_color: Cofilin_ADF     0xFC0FC0
 466 domain_color: TIR             0x900000
 467 domain_color: NACHT           0x202020
 468 domain_color: CARD            0xFF0000
 469 domain_color: Peptidase_C14   0x00FF00
 470 domain_color: Death           0x0000FF
 471 domain_color: DED             0x00FFFF
 472 domain_color: BIR             0xCCFF33
 473 domain_color: PAAD_DAPIN      0x9999CC
 474 domain_color: NB-ARC          0x500050
 475 domain_color: WD40            0x888888
 476 domain_color: RVT_1           0x999900
 477 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 478 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 479 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
 480 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 481 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 482 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
 483 domain_color: GDE_N           0x009000
 484 domain_color: GDE_C           0x00FF00
 485 domain_color: hGDE_N          0x990099
 486 domain_color: GDE_N_bis       0x007000
 487 domain_color: hGDE_central    0xFF8000
 488 domain_color: hGDE_amylase    0x0000EE
 489 domain_color: hDGE_amylase    0x0000EE
 490
 491
 492
 493 #  Annotation colors
 494 #  -----------------
 495 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 496 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 497 annotation_color: protease      0x009900
 498 annotation_color: transcription 0xAAAA00
 499
 500
 501 # END