forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1

   1 #  User Interface Look and Feel
   2 #  ----------------------------
   3 #  Possible values for 'native_ui'
   4 #    'yes' to use native (system) "look and feel"
   5 #    'no'  to use Archaeopteryx-style "look and feel", can set GUI colors via this file (see below)
   6 #    '?'   to use native (system) "look and feel" if Mac OS X with Java 1.5 is detected,
   7 #          Archaeopteryx-style "look and feel" otherwise
   8
   9 native_ui: ?
  10
  11
  12
  13 #  Default Values for Options
  14 #  --------------------------
  15 #  Minimal confidence value to be displayed: 'min_confidence_value':
  16 #     Example: 'min_confidence_value: 50.0' (a commonly used
  17 #     value for bootstrap support)
  18 #  Font family name: 'font_family':
  19 #     Example: 'font_family: Arial,Calibri,Helvetica'
  20 #     It is advisable to use more than one value for font_family (in
  21 #     decreasing order of preference). Font family names have to be
  22 #     comma separated (no spaces). Spaces in font names have to be
  23 #     replaced by underscores (e.g. 'Times_New_Roman').
  24 #  Font size: 'font_size':
  25 #     Example: 'font_size: 10'
  26 #  Screen antialias: 'antialias_screen': values: 'yes'/'no'
  27 #  Show Scale: 'show_scale': values: 'yes'/'no'
  28 #  Show branch length branch values: 'show_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  29 #  Do/do not line up cladogram display: 'non_lined_up_cladogram': values: 'yes'/'no'
  30 #  Cladogram display type: 'cladogram_type'
  31 #     Example: 'cladogram_type: ext_node_sum_dep'
  32 #     The three possible values are: non_lined_up
  33 #                                    ext_node_sum_dep
  34 #                                    total_node_sum_dep (for "uniform" branch lengths)
  35 #  Default size for graphics export and printing: 'graphics_export_x' and 'graphics_export_y':
  36 #     (Archaeopteryx tries to guess the locale, so setting these is not always necessary)
  37 #     Example: For A4 (portrait):
  38 #               'graphics_export_x: 595'
  39 #               'graphics_export_y: 845'
  40 #             For US Letter (portrait):
  41 #               'graphics_export_x: 612'
  42 #               'graphics_export_y: 792'
  43 #  Default line width for PDF export: 'pdf_export_line_wdith':
  44 #     Example: 'pdf_export_line_width: 0.5'
  45 #  Show overview: 'show_overview': values: 'yes'/'no'
  46 #  Phylogeny graphics type: 'phylogeny_graphics_type':
  47 #     Example: 'phylogeny_graphics_type: euro_style'
  48 #     The eight possible values are: rectangular
  49 #                                    euro_style
  50 #                                    rounded
  51 #                                    curved
  52 #                                    triangular
  53 #                                    convex
  54 #                                    unrooted
  55 #                                    circular
  56 #  Node label direction for circular and unrooted type: 'node_label_direction':
  57 #     Example: 'node_label_direction: horizontal'
  58 #     The two possible values are: horizontal
  59 #                                  radial
  60 #  Show default node shape: 'show_default_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  61 #  Default node shape size: 'default_node_size'
  62 #     Example: 'default_node_size: 6'
  63 #  Default node shape type: 'default_node_shape'
  64 #     Example: 'default_node_shape: '
  65 #     Possible values: circle
  66 #                      rectangle
  67 #  Default node shape fill: 'default_node_fill'
  68 #     Example: 'default_node_fill: '
  69 #     Possible values: solid
  70 #                      gradient
  71 #                      none
  72 #
  73 #  To determine what data field to return by clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return'
  74 #     Possible values: node_name
  75 #                      sequence_name
  76 #                      sequence_acc
  77 #                      sequence_mol_seq
  78 #                      sequence_symbol
  79 #                      taxonomy_scientific_name
  80 #                      taxonomy_code
  81 #                      user_selected
  82 #  To determine where to return data by clicking on "Return ...": 'ext_descendents_data_to_return_on'
  83 #     Possible values: window
  84 #                      console
  85 #  To override label for menu item to return data of external nodes (default ""Return ..."): 'label_for_get_ext_descendents_data'
  86 #     Example: 'label_for_get_ext_descendents_data: Get_Node_Data'
  87 #
  88 #  Taxonomy colorization of nodes (shapes) instead of labels: 'taxonomy_colorize_node_shapes': values: 'yes'/'no'
  89 #  Do/not color labels same as branch length values: 'color_labels_same_as_branch_length_values': values: 'yes'/'no'
  90 #  Do/not show domain labels: 'show_domain_labels': values: 'yes'/'no'
  91 #  Number of fraction digits for branch length values: 'branch_length_value_digits'
  92 #  Number of fraction digits for confidence values: 'confidence_value_digits'
  93 #  To turn on/off background color gradient: background_gradient
  94 #     Example: 'background_gradient: yes'
  95 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
  96 #     Example: 'allow_editing: yes'
  97 #
  98 #  NH/NHX/Nexus file parsing
  99 #  -------------------------
 100 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 101 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 102 #
 103 #  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) from node names during NH/NHX/Nexus file parsing:
 104 #     'taxonomy_extraction_in_nh_parsing',
 105 #     possible values are 'yes' (for e.g. BCL2_MOUSE), 'pfam' (for e.g. BCL2_MOUSE/23-453), 'no'
 106 #
 107 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 108 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
 109
 110
 111
 112 min_confidence_value:                      0.0
 113 font_family:                               Verdana,Tahoma,Arial,Helvetica,Dialog,Lucida-Sans,SansSerif,Sans-serif,Sans
 114 font_size:                                 10
 115 antialias_screen:                          yes
 116 show_scale:                                yes
 117 show_branch_length_values:                 no
 118 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 119 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 120 node_label_direction:                      horizontal
 121 show_default_node_shapes:                  no
 122 default_node_size:                         6
 123 default_node_shape:                        circle
 124 default_node_fill:                         gradient
 125 taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 126 #graphics_export_x:                         595
 127 #graphics_export_y:                         792
 128 pdf_export_line_width:                     0.5
 129 show_overview:                             yes
 130 overview_width:                            120
 131 overview_height:                           120
 132 overview_placement_type:                   upper_left
 133 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 134 display_sequence_relations:                no
 135 show_domain_labels:                        yes
 136 branch_length_value_digits:                3
 137 confidence_value_digits:                   3
 138 background_gradient:                       no
 139 allow_editing:                             yes
 140 ext_descendents_data_to_return_on:         window
 141 ext_descendents_data_to_return:            user_selected
 142 #label_for_get_ext_descendents_data:        Get_Node_Data
 143 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 144 internal_labels_are_confidence_values:     no
 145 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
 146 taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         pfam
 147
 148
 149
 150 #  phyloXML parsing
 151 #  ----------------
 152 #  To ensure compatibility with all current and future
 153 #  phyloXML applications and to detect malformatted and
 154 #  possibly erroneous data, it is strongly recommended
 155 #  to enable validation of all phyloXML files
 156 #  against the XSD Schema (see: http://www.phyloxml.org/),
 157 #  with:
 158 #  'validate_against_phyloxml_xsd_schema: true'
 159
 160 validate_against_phyloxml_xsd_schema: true
 161
 162
 163
 164 #  Checkbox Display Selection
 165 #  --------------------------
 166 #  This is used to select which checkboxes to display
 167 #  and what their initial values should be.
 168 #  Format: 'name: display|nodisplay yes|no'
 169 #  Note: if an option is not displayed, it will not be enabled
 170 #
 171 #  For the following use '?' to let Archaeopteryx decide (depending on tree):
 172 #  - 'phylogram'
 173 #  - 'write_confidence_values'
 174 #  - 'write_events'
 175
 176 phylogram:                      display   ?
 177 rollover:                       display   yes
 178 color_according_to_species:     display   no
 179 color_according_to_annotation:  nodisplay no
 180 show_node_names:                display   yes
 181 show_gene_names:                display   yes
 182 show_gene_symbols:              nodisplay no
 183 show_sequence_acc:              nodisplay no
 184 show_taxonomy_code:             display   yes
 185 show_taxonomy_scientific_names: nodisplay no
 186 show_taxonomy_common_names:     nodisplay no
 187 show_taxonomy_images:           nodisplay no
 188 show_annotations:               nodisplay no
 189 write_confidence_values:        display   ?
 190 write_events:                   nodisplay no
 191 color_branches:                 display   no
 192 width_branches:                 display   no
 193 show_domain_architectures:      nodisplay no
 194 show_binary_characters:         nodisplay no
 195 show_binary_character_counts:   nodisplay no
 196 display_internal_data:          display   yes
 197 dynamically_hide_data:          display   yes
 198 show_relation_confidence:       nodisplay no
 199 show_properties:                nodisplay no
 200 show_vector_data:               nodisplay no
 201
 202
 203 #  Combo-box Display Selection
 204 #  ---------------------------
 205 #  Format: 'name: display/nodisplay'
 206 click_to: display_node_data        display
 207 click_to: collapse_uncollapse      display
 208 click_to: reroot                   display
 209 click_to: subtree                  display
 210 click_to: swap                     display
 211 click_to: sort_descendants         display
 212 click_to: color_subtree            display
 213 click_to: open_seq_web             nodisplay
 214 click_to: open_tax_web             nodisplay
 215 click_to: blast                    nodisplay
 216 click_to: cut_subtree              nodisplay
 217 click_to: copy_subtree             nodisplay
 218 click_to: paste_subtree            nodisplay
 219 click_to: delete                   nodisplay
 220 click_to: add_new_node             nodisplay
 221 click_to: edit_node_data           display
 222 click_to: select_nodes             nodisplay
 223 click_to: get_ext_descendents_data display
 224
 225 #   Default click-to option (any of the above if set to "display")
 226 default_click_to: display_node_data
 227
 228
 229 #  Default Tree Display Colors
 230 #  ---------------------------
 231
 232 display_color: background                 0x000000
 233 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 234 display_color: sequence                   0xDCDCDC
 235 display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
 236 display_color: confidence                 0x38B0DE
 237 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 238 display_color: branch                     0xFFFFFF
 239 display_color: node_box                   0xFFFFFF
 240 display_color: collapsed                  0xFFFF00
 241 display_color: matching_nodes             0x00FF00
 242 display_color: duplication                0xFF0000
 243 display_color: speciation                 0x00FF00
 244 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
 245 display_color: domains                    0x7B68EE
 246 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 247 display_color: annotation                 0xADFF2F
 248 display_color: overview                   0x828282
 249
 250
 251
 252 #  GUI (graphical user interface) Colors
 253 #  -------------------------------------
 254 #
 255 #  These are ignored if native (system) "look and feel"
 256 #  is being used ('native_ui: yes').
 257
 258 gui_background_color:                 0x202020
 259 gui_checkbox_text_color:              0xDCDCDC
 260 gui_checkbox_and_button_active_color: 0xFF0000
 261 gui_button_text_color:                0xFFFFFF
 262 gui_button_background_color:          0x404040
 263 gui_menu_background_color:            0x000000
 264 gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 265 gui_button_border_color:              0x000000
 266
 267
 268
 269
 270 #  Web Links
 271 #  ---------
 272 #  Format: web_link: <URL> <description> <source identifier>
 273 #  E.g. "http://www.uniprot.org/uniprot/?query= UniProtKB   UniProtKB"
 274 #  <description> is not used at the moment.
 275 #  <source identifier> corresponds to the <source> element for <sequence> <accession>,
 276 #  and to the <type> of <taxonomy> <id> (see www.phyloxml.org).
 277
 278 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            UniProtKB        UniProtKB
 279 web_link: http://www.uniprot.org/uniprot/?query=                            SPTREMBL         sptrembl
 280 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  NCBI             GI
 281 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?cmd=Retrieve&val=  RefSeq           RefSeq
 282 web_link: http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=                          InterPro         InterPro
 283 web_link: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=                   PDB              PDB
 284 web_link: http://pfam.sanger.ac.uk/protein?entry=                           Pfam             pfam
 285 web_link: http://tolweb.org/                                                ToL              tol
 286 web_link: http://www.eol.org/pages/                                         EOL              eol
 287 web_link: http://www.uniprot.org/taxonomy/                                  UniProt-Taxonomy uniprot
 288 web_link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=       NCBI-Taxonomy    ncbi
 289 web_link: http://www.ubio.org/browser/details.php?namebankID=               uBio             namebankID
 290 # not working at the moment:
 291 web_link: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Summary?species=all;idx=;q=  Ensembl  Ensembl
 292
 293
 294
 295 #  Settings Specific for ArchaeopteryxE
 296 #  ------------------------------------
 297 #  To hide controls and menus: 'hide_controls_and_menus: yes'
 298 #  To use tabbed display     : 'use_tabbed_display: yes'
 299
 300 hide_controls_and_menus: no
 301 use_tabbed_display:      yes
 302
 303
 304
 305
 306 #  Application Specific Settings
 307 #  -----------------------------
 308
 309 #  Species colors
 310 #  --------------
 311 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
 312 species_color: BRAFL      0x00FFFF
 313 species_color: SPHGR      0x9620F0
 314 species_color: STRPU      0x9620F0
 315 species_color: CIOIN      0xFF1CAE
 316 species_color: CIOSA      0xFF2CAE
 317 species_color: BOVIN      0x5C3317
 318 species_color: CANFA      0x8B2323
 319 species_color: HUMAN      0xFF2400
 320 species_color: PANTR      0xCC2400
 321 species_color: MOUSE      0xFF7F00
 322 species_color: RAT        0xFFEF00
 323 species_color: MONDO      0xEE9A49
 324 species_color: ORNAN      0xCD853F
 325 species_color: XENLA      0x6BAA23
 326 species_color: XENTR      0x6BAA23
 327 species_color: CHICK      0xFFC125
 328 species_color: FUGRU      0x0000FF
 329 species_color: BRARE      0x0000DD
 330 species_color: DANRE      0x0000BB
 331 species_color: TETNG      0x0000AA
 332 species_color: ORYLA      0x000088
 333 species_color: GASAC      0x000066
 334 species_color: CAEEL      0xA0A0A0
 335 species_color: CAEBR      0xB0B0B0
 336 species_color: DROME      0x706F00
 337 species_color: DROPS      0x504F00
 338 species_color: APIME      0x7A7700
 339 species_color: AEDAE      0x8C5900
 340 species_color: TRICA      0x918E00
 341 species_color: NEMVE      0xAABADD
 342 species_color: HYDAT      0x7C9BCF
 343 species_color: LUBBA      0xF7B5CB
 344 species_color: GEOCY      0xF5A0BD
 345 species_color: SUBDO      0xC790B9
 346 species_color: MONBE      0xFC0FC0
 347 species_color: DICPU      0x23238E
 348 species_color: DICDI      0x4D4DFF
 349 species_color: ENTHI      0x5959AB
 350 species_color: ARATH      0x00FF00
 351 species_color: POPTR      0x006400
 352 species_color: VITVI      0x00CD00
 353 species_color: GLYMA      0x00FF7F
 354 species_color: ORYSA      0x008B00
 355 species_color: ORYSJ      0x008C00
 356 species_color: SORBI      0x00EE76
 357 species_color: SELMO      0x238E23
 358 species_color: PHYPA      0x09F911
 359 species_color: OSTLU      0x7FFF00
 360 species_color: OSTTA      0x7FFF00
 361 species_color: OSTRC      0x7FFF00
 362 species_color: MICPU      0x66CD00
 363 species_color: MIC99      0x66CD00
 364 species_color: CHLRE      0xB3EE3A
 365 species_color: VOLCA      0xC0FF3E
 366 species_color: CHLSP      0x6B8E23
 367 species_color: CYAME      0xD02090
 368 species_color: YEAST      0xAAAAAA
 369 species_color: BACFR      0xFF0000
 370 species_color: BACTN      0xFFFF00
 371 species_color: MYXXD      0x0000FF
 372 species_color: STIAU      0x00FFFF
 373 species_color: BACOV      0x8C5900
 374 species_color: BACUN      0x66CD00
 375 species_color: PORGI      0x918E00
 376 # rank: Class
 377 species_color: Mammalia       0xFF0000
 378 species_color: mammals        0xFF0000
 379 # rank: Phylum
 380 species_color: Chordata       0x8470FF
 381 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 382 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
 383 species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 384 species_color: Nematoda       0x7171C6
 385 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 386 species_color: Annelida       0xC67171
 387 species_color: Mollusca       0x00F5FF
 388 species_color: Ctenophora     0xBBFFFF
 389 species_color: Cnidaria       0xFF83FA
 390 species_color: Placozoa       0xEED2EE
 391 species_color: Porifera       0xFF3E96
 392 species_color: Microsporidia  0x8B8378
 393 species_color: Ascomycota     0xFF6347
 394 species_color: Basidiomycota  0xFFD700
 395 species_color: Chlorophyta    0x00C78C
 396 species_color: Streptophyta   0x00C957
 397 # rank: Kingdom
 398 species_color: Viridiplantae  0x00FF00
 399 species_color: plants         0x00FF00
 400 species_color: Metazoa        0x0000FF
 401 species_color: animals        0x0000FF
 402 species_color: Fungi          0xFF9912
 403 # rank: Superkingdom
 404 species_color: Viruses        0xFFD700
 405 species_color: Bacteria       0x00FF00
 406 species_color: Archaea        0x0000FF
 407 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 408 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 409
 410 # END