forester/archive/RIO/others/hmmer/00README

   1 HMMER - profile hidden Markov models for biological sequence analysis
   2 Version 2.2 (August 2001)
   3 Copyright (C) 1992-2001 Washington University School of Medicine
   4 ------------------------------------------------------------------
   5
   6 o About this software...
   7    HMMER is an implementation of profile HMM methods for
   8    sensitive database searches using multiple sequence alignments as queries.
   9
  10    Basically, you give HMMER a multiple sequence alignment as input;
  11    it builds a statistical model called a "hidden Markov model"
  12    which you can then use as a query into a sequence database
  13    to find (and/or align) additional homologues of the sequence family.
  14
  15 o Getting HMMER
  16    WWW home:       http://hmmer.wustl.edu/
  17    Distribution:   ftp://ftp.genetics.wustl.edu/pub/eddy/hmmer/
  18
  19 o Installing HMMER
  20    See the file INSTALL for brief instructions.
  21    See the chapter Installation in the HMMER User's Guide for more
  22    detailed instructions.
  23
  24    You should also read the following files:
  25    COPYING   -- copyright notice, and information on the free software license
  26    LICENSE   -- Full text of the GNU Public License, version 2 (see COPYING)
  27
  28    If you have obtained HMMER from Washington University under
  29    a non-GPL license as part of a special licensing agreement,
  30    COPYING and LICENSE will refer to the terms of that agreement.
  31
  32 o Getting started with HMMER
  33    The User's Guide is in Userguide/Userguide.pdf [Adobe PDF format].
  34    It is also available online as hypertext:
  35         http://hmmer.wustl.edu/hmmer-html/
  36
  37    A quick tutorial intro is given as the first chapter of
  38    the User's Guide.
  39
  40 o Registering HMMER
  41    Email eddy@genetics.wustl.edu to register and get on my
  42    infrequent mailing list of HMMER news, patches, and updates.
  43
  44 o Reporting bugs
  45    These programs are under active development. Though this
  46    release has been tested and appears to be stable, bugs may crop up. If
  47    you use these programs, please help me out and e-mail me with
  48    suggestions, comments, and bug reports. (eddy@genetics.wustl.edu)
  49
  50
  51 Sean Eddy
  52 Howard Hughes Medical Institute and Dept. of Genetics
  53 Washington University School of Medicine, St. Louis, Missouri, USA
  54 -------------------------------------------------------------------
  55
  56
  57