forester/archive/RIO/others/hmmer/Makefile.in

   1 #################################################################
   2 # Makefile for HMMER: Main project directory: installation, documentation
   3 # CVS $Id: Makefile.in,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:33:51 cmzmasek Exp $
   4 ###########
   5 # HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   6 # Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   7 # All Rights Reserved
   8 #
   9 #     This source code is distributed under the terms of the
  10 #     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  11 #     for details.
  12 ###########
  13
  14 # On most Unices, you can build the package without modifying anything
  15 #   by just typing "./configure; make".
  16 #
  17 # You may want to modify the following make variables:
  18 #   BINDIR  - where the executables will be installed by a 'make install'
  19 #   MANDIR  - where the man pages will be installed by a 'make install'
  20 #   CC      - which compiler to use
  21 #   CFLAGS  - compiler flags to use
  22
  23 # where you want things installed
  24 # Sort of uses GNU coding standards. ${prefix} might be /usr/local.
  25 # ${exec_prefix} gives you some flexibility for installing architecture
  26 # dependent files (e.g. the programs): an example ${exec_prefix} might be
  27 # /nfs/share/irix64/
  28 #
  29 prefix      = @prefix@
  30 exec_prefix = @exec_prefix@
  31 BINDIR      = @bindir@
  32 MANDIR      = @mandir@
  33
  34 # how to install the man pages;
  35 # cp is generally fine, unless you preformat your pages.
  36 #
  37 INSTMAN   = cp
  38 MANSUFFIX = 1
  39
  40 # your compiler and compiler flags
  41 #
  42 CC     = @CC@
  43 CFLAGS = @CFLAGS@
  44
  45 #######
  46 ## You should not need to modify below this line.
  47 ## Much of it is concerned with maintenance of the development version
  48 ## and building the release (indeed, several commands will only work in
  49 ## St. Louis)
  50 #######
  51 SHELL       = /bin/sh
  52 BASENAME    = "hmmer"
  53 PACKAGE     = "HMMER"
  54 RELEASE     = "2.2g"
  55 RELCODE     = "hmmer2_2g"
  56 RELEASEDATE = "August 2001"
  57 COPYRIGHT   = "Copyright \(C\) 1992-2001 HHMI/Washington University School of Medicine"
  58 LICENSE     = "Freely distributed under the GNU General Public License \(GPL\)"
  59 LICENSETAG  = gnu
  60 COMPRESS    = gzip
  61
  62 # The program lists below for HMMER and SQUID are not necessarily
  63 # a complete manifest. They are the list of stable programs that the
  64 # package will install. There must be a man page for each one of them
  65 # in the appropriate places (documentation/man for HMMER, squid/Man
  66 # for the SQUID library).
  67 #
  68 PROGS = hmmalign\
  69         hmmbuild\
  70         hmmcalibrate\
  71         hmmconvert\
  72         hmmemit\
  73         hmmfetch\
  74         hmmindex\
  75         hmmpfam\
  76         hmmsearch
  77
  78 PVMPROGS = @PVMPROGS@
  79
  80 SQUIDPROGS = afetch\
  81         alistat\
  82         seqstat\
  83         sfetch\
  84         sindex\
  85         shuffle\
  86         sreformat
  87
  88 # all: Compile everything (except the testsuite),
  89 #      and stick the supported programs in binaries/
  90 #
  91 all: version.h
  92         @if test -d binaries; then\
  93            echo "You appear to already have a compiled HMMER distribution.";\
  94            echo "You don't need to make.";\
  95            echo "";\
  96            echo "If I'm wrong, it's because I'm only looking to see if you have";\
  97            echo "a 'binaries' directory; do 'make distclean' to revert HMMER";\
  98            echo "to a pristine source distribution.";\
  99         else\
 100            (cd squid; make CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)"; make module);\
 101            (cd src;   make CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)"; make module);\
 102            mkdir binaries;\
 103               for prog in $(PROGS) $(PVMPROGS); do\
 104               mv src/$$prog binaries/;\
 105            done;\
 106            for prog in $(SQUIDPROGS); do\
 107               mv squid/$$prog binaries/;\
 108            done;\
 109         fi
 110
 111 # version.h:
 112 #   create the version.h file that will define stamps used by
 113 #   squidcore.c's Banner(), which is called by all executables to
 114 #   print a standard package/copyright/license banner;
 115 #   then puts copies of version.h in all directories that are
 116 #   going to need it -- HMMER src/ and any modules of mine that
 117 #   also produce installed executables (squid/)
 118 #
 119 version.h:
 120         echo "/* version.h -- automatically generated by a Makefile. DO NOT EDIT. */" > version.h
 121         echo "#define PACKAGE     \"$(PACKAGE)\""     >> version.h
 122         echo "#define RELEASE     \"$(RELEASE)\""     >> version.h
 123         echo "#define RELEASEDATE \"$(RELEASEDATE)\"" >> version.h
 124         echo "#define COPYRIGHT   \"$(COPYRIGHT)\""   >> version.h
 125         echo "#define LICENSE     \"$(LICENSE)\""     >> version.h
 126         cp version.h squid/
 127         cp version.h src/
 128
 129 # check: compiles and runs test suite in testsuite/
 130 #       These are public tests, distributed with the package.
 131 #
 132 check:  squid/libsquid.a src/libhmmer.a
 133         (cd testsuite; make CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)")
 134         (cd testsuite; make check)
 135
 136 squid/libsquid.a: version.h
 137         (cd squid; make CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)"; make module)
 138
 139 src/libhmmer.a: version.h
 140         (cd src;   make CC="$(CC)" CFLAGS="$(CFLAGS)"; make module)
 141
 142
 143 # install: installs the binaries in BINDIR/
 144 #          installs man pages in MANDIR/man1/  (e.g. if MANSUFFIX is 1)
 145 install:
 146         for file in $(PROGS) $(SQUIDPROGS) $(PVMPROGS); do\
 147            cp binaries/$$file $(BINDIR)/;\
 148         done
 149         for file in hmmer $(PROGS) $(SQUIDPROGS); do\
 150            $(INSTMAN) documentation/man/$$file.man $(MANDIR)/man$(MANSUFFIX)/$$file.$(MANSUFFIX);\
 151         done
 152         for file in $(SQUIDPROGS); do\
 153            $(INSTMAN) squid/Man/$$file.man $(MANDIR)/man$(MANSUFFIX)/$$file.$(MANSUFFIX);\
 154         done
 155
 156 # "make clean" removes almost everything except configuration files
 157 #              and binaries.
 158 clean:
 159         -rm -f *.o *~ Makefile.bak core TAGS gmon.out
 160         (cd src;       make clean)
 161         (cd squid;     make clean)
 162         (cd testsuite; make clean)
 163
 164 # "make distclean" leaves a pristine source distribution.
 165 #
 166 distclean:
 167         -rm -rf binaries
 168         -rm config.cache config.log config.status
 169         -rm version.h
 170         make clean
 171         (cd src;       make distclean)
 172         (cd squid;     make distclean)
 173         (cd testsuite; make distclean)
 174         -rm Makefile
 175
 176 # verify: consistency checks on the package
 177 #         These are private tests, not distributed with HMMER
 178 verify:
 179         @echo Checking options for consistency and documentation...
 180         @for prog in $(PROGS) $(SQUIDPROGS); do\
 181            ./checkoptions.pl $$prog;\
 182         done
 183
 184 # doc:  build the Userguide and on-line manual
 185 #
 186 doc:
 187         (cd Userguide; make)
 188
 189 # dist: build a new distribution directory in hmmer-$RELEASE
 190 #       Exports from the CVS repository.
 191 #       tags RCS files with $(RELCODE) for later reconstruction
 192 #       squid RCS files are tagged with hmmer$(RELCODE).
 193 #       Adds a license statement to each file that has a @ LICENSE @ line.
 194 #       Virtually identical to squid's make dist -- keep them in sync!
 195 dist:
 196         # Delete old versions of the same release
 197         #
 198         @if test -d ${BASENAME}-$(RELEASE);        then rm -rf ${BASENAME}-$(RELEASE);        fi
 199         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar;    then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar;    fi
 200         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.Z;  then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.Z;  fi
 201         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.gz; then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.gz; fi
 202         #
 203         # CVS tag and extract. -c: make sure we committed;
 204         #                      -F: allow more than one "make dist" per rel
 205         # prep: must have done "cvs commit", and CVSROOT must be set
 206         # We also need the squid library, so tag and export it too.
 207         #
 208         cvs tag -F $(RELCODE)
 209         cvs export -r $(RELCODE) -d ${BASENAME}-${RELEASE} ${BASENAME}
 210         cvs rtag -F ${RELCODE} squid
 211         (cd ${BASENAME}-${RELEASE}; cvs export -r ${RELCODE} -d squid squid)
 212         #
 213         # Make the configure scripts from configure.in
 214         #
 215         (cd ${BASENAME}-${RELEASE};       autoconf)
 216         (cd ${BASENAME}-${RELEASE}/squid; autoconf)
 217         #
 218         # Include the appropriate license files and release notes
 219         #
 220         cp  Licenses/LICENSE.$(LICENSETAG)   ${BASENAME}-$(RELEASE)/LICENSE
 221         cp  Licenses/COPYING.$(LICENSETAG)   ${BASENAME}-$(RELEASE)/COPYRIGHT
 222         -cp Release-Notes/RELEASE-$(RELEASE) ${BASENAME}-$(RELEASE)/NOTES
 223         #
 224         # Attach license stamps on files that need 'em (replace LICENSE keyword)
 225         # licenseadd.pl is basically harmless, so we can overannotate here by
 226         # trying to licenseadd everything.
 227         #
 228         find ${BASENAME}-${RELEASE} -type f -exec licenseadd.pl Licenses/$(LICENSETAG) {} \;
 229         #
 230         # Compilation of the documentation.
 231         # Documentation is not provided in source form.
 232         #
 233         (cd documentation/userguide; make clean)
 234         (cd documentation/userguide; make pdf)
 235         cp -f documentation/userguide/Userguide.pdf build/hmmer-$(RELEASE)/
 236         #
 237         # Remove CVS-controlled files/directories that don't belong in
 238         # the distro
 239         #
 240         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Bugs
 241         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/CHECKLIST
 242         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Internal-Notes
 243         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Licenses
 244         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/MAILING_LIST
 245         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Release-Notes
 246         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/configure.in
 247         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/checkoptions.pl
 248         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/licenseadd.pl
 249         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/nodebuild
 250         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/rootbuild
 251         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/buildall
 252         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/documentation/userguide
 253         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/squid/Licenses
 254         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/squid/LOG
 255         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/squid/configure.in
 256         #
 257         # Packaging commands
 258         #
 259         tar cvf ${BASENAME}-${RELEASE}.tar ${BASENAME}-${RELEASE}
 260         $(COMPRESS) ${BASENAME}-$(RELEASE).tar
 261
 262
 263 # make ftpdist: install FTP distribution. Assumes a "make dist"
 264 #               has already succeeded. Doesn't do the symlink;
 265 #               doesn't install the on-line manual for the Web site.
 266 #
 267 ftpdist:
 268         cp -f $(READMES)                     $(FTPDIR)
 269         cp -f build/hmmer-$(RELEASE)/COPYING $(FTPDIR)
 270         cp -f build/hmmer-$(RELEASE)/LICENSETAG $(FTPDIR)
 271         cp -f build/hmmer-$(RELEASE)/NOTES   $(FTPDIR)
 272         cp -f build/hmmer-$(RELEASE).tar.Z   $(FTPDIR)
 273         cp -f build/hmmer-$(RELEASE)-*.tar.Z $(FTPDIR)
 274         cp -f Userguide/Userguide.ps         $(FTPDIR)
 275         cp -f Userguide/Userguide.pdf        $(FTPDIR)
 276         cp -f Userguide/hmmer-html.tar.Z     $(FTPDIR)
 277
 278
 279 # make stable: Set up the FTP site symlink to the current stable HMMER release.
 280 #
 281 stable:
 282         ln -sf $(FTPDIR)/hmmer-$(RELEASE).tar.Z $(FTPDIR)/hmmer.tar.Z
 283
 284