forester/archive/RIO/others/hmmer/documentation/man/hmmconvert.man

   1 .TH "hmmconvert" 1 "@RELEASEDATE@" "HMMER @RELEASE@" "HMMER Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 hmmconvert - convert between profile HMM file formats
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B hmmconvert
   9 .I [options]
  10 .I oldhmmfile
  11 .I newhmmfile
  12
  13 .SH DESCRIPTION
  14
  15 .B hmmconvert
  16 reads an HMM file from
  17 .I oldhmmfile
  18 in any HMMER format, and writes it to a new file
  19 .I newhmmfile
  20 in a new format.
  21 .I oldhmmfile
  22 and
  23 .I newhmmfile
  24 must be different files; you can't reliably overwrite
  25 the old file.
  26 By default, the new HMM file is written in HMMER 2
  27 ASCII format.
  28
  29 Available formats are HMMER 2 ASCII (default), HMMER 2 binary
  30 .I (-b)
  31 GCG profile
  32 .I (-p)
  33 , and Compugen XSW extended profile
  34 .I (-P).
  35
  36 .SH OPTIONS
  37
  38 .TP
  39 .B -a
  40 Convert to HMMER 2 ASCII file. This is the default, so this option
  41 is unnecessary.
  42
  43 .TP
  44 .B -b
  45 Convert to HMMER 2 binary file.
  46
  47 .TP
  48 .B -h
  49 Print brief help; includes version number and summary of
  50 all options, including expert options.
  51
  52 .TP
  53 .B -p
  54 Convert to GCG profile .prf format.
  55
  56 .TP
  57 .B -A
  58 Append mode; append to
  59 .I newhmmfile
  60 rather than creating a new file.
  61
  62 .TP
  63 .B -F
  64 Force; if
  65 .I newhmmfile
  66 already exists, and
  67 .I -A
  68 is not being used to append to the file,
  69 hmmconvert will refuse to clobber the existing
  70 file unless
  71 .I -F
  72 is used.
  73
  74 .TP
  75 .B -P
  76 Convert the HMM to Compugen XSW extended profile format,
  77 which is similar to GCG profile format but has two
  78 extra columns for delete-open and delete-extend costs.
  79 (I do not believe that Compugen publicly supports this
  80 format; it may be undocumented.)
  81
  82 .SH SEE ALSO
  83
  84 .PP
  85 Master man page, with full list of and guide to the individual man
  86 pages: see
  87 .B hmmer(1).
  88 .PP
  89 A User guide and tutorial came with the distribution:
  90 .B Userguide.ps
  91 [Postscript] and/or
  92 .B Userguide.pdf
  93 [PDF].
  94 .PP
  95 Finally, all documentation is also available online via WWW:
  96 .B http://hmmer.wustl.edu/
  97
  98 .SH AUTHOR
  99
 100 This software and documentation is:
 101 .nf
 102 @COPYRIGHT@
 103 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
 104 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
 105 All Rights Reserved
 106
 107     This source code is distributed under the terms of the
 108     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
 109     for details.
 110 .fi
 111 See the file COPYING in your distribution for complete details.
 112
 113 .nf
 114 Sean Eddy
 115 HHMI/Dept. of Genetics
 116 Washington Univ. School of Medicine
 117 4566 Scott Ave.
 118 St Louis, MO 63110 USA
 119 Phone: 1-314-362-7666
 120 FAX  : 1-314-362-7855
 121 Email: eddy@genetics.wustl.edu
 122 .fi
 123
 124