forester/archive/RIO/others/hmmer/documentation/man/hmmemit.man

   1 .TH "hmmemit" 1 @RELEASEDATE@ "HMMER @RELEASE@" "HMMER Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 hmmemit - generate sequences from a profile HMM
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B hmmemit
   9 .I [options]
  10 .I hmmfile
  11
  12 .SH DESCRIPTION
  13
  14 .B hmmemit
  15 reads an HMM file from
  16 .I hmmfile
  17 containing one or more HMMs,
  18 and generates a number of sequences from each HMM;
  19 or, if the
  20 .B -c
  21 option is selected, generate a single majority-rule consensus.
  22 This can be useful for various applications in which one needs a simulation
  23 of sequences consistent with a sequence family consensus.
  24
  25 .pp
  26 By default,
  27 .B hmmemit
  28 generates 10 sequences and outputs them in FASTA (unaligned) format.
  29
  30 .SH OPTIONS
  31
  32 .TP
  33 .B -a
  34 Write the generated sequences in an aligned format (SELEX) rather than
  35 FASTA.
  36
  37 .TP
  38 .B -c
  39 Predict a single majority-rule consensus sequence instead of sampling
  40 sequences from the HMM's probability distribution.  Highly conserved
  41 residues (p >= 0.9 for DNA, p >= 0.5 for protein) are shown in upper
  42 case; others are shown in lower case.  Some insert states may become
  43 part of the majority rule consensus, because they are used in >= 50%
  44 of generated sequences; when this happens, insert-generated residues
  45 are simply shown as "x".
  46
  47 .TP
  48 .B -h
  49 Print brief help; includes version number and summary of
  50 all options, including expert options.
  51
  52 .TP
  53 .BI -n " <n>"
  54 Generate
  55 .I <n>
  56 sequences. Default is 10.
  57
  58 .TP
  59 .BI -o " <f>"
  60 Save the synthetic sequences to file
  61 .I <f>
  62 rather than writing them to stdout.
  63
  64 .TP
  65 .B -q
  66 Quiet; suppress all output except for the sequences themselves.
  67 Useful for piping or directing the output.
  68
  69 .SH EXPERT OPTIONS
  70
  71 .TP
  72 .BI --seed " <n>"
  73 Set the random seed to
  74 .I <n>,
  75 where
  76 .I <n>
  77 is a positive integer. The default is to use
  78 .B time()
  79 to generate a different seed for each run, which
  80 means that two different runs of
  81 .B hmmemit
  82 on the same HMM will give slightly different
  83 results.  You can use
  84 this option to generate reproducible results.
  85
  86
  87
  88 .SH SEE ALSO
  89
  90 .PP
  91 Master man page, with full list of and guide to the individual man
  92 pages: see
  93 .B hmmer(1).
  94 .PP
  95 A User guide and tutorial came with the distribution:
  96 .B Userguide.ps
  97 [Postscript] and/or
  98 .B Userguide.pdf
  99 [PDF].
 100 .PP
 101 Finally, all documentation is also available online via WWW:
 102 .B http://hmmer.wustl.edu/
 103
 104 .SH AUTHOR
 105
 106 This software and documentation is:
 107 .nf
 108 @COPYRIGHT@
 109 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
 110 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
 111 All Rights Reserved
 112
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 115     for details.
 116 .fi
 117 See the file COPYING in your distribution for complete details.
 118
 119 .nf
 120 Sean Eddy
 121 HHMI/Dept. of Genetics
 122 Washington Univ. School of Medicine
 123 4566 Scott Ave.
 124 St Louis, MO 63110 USA
 125 Phone: 1-314-362-7666
 126 FAX  : 1-314-362-7855
 127 Email: eddy@genetics.wustl.edu
 128 .fi
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 130