forester/archive/RIO/others/hmmer/documentation/man/hmmfetch.man

   1 .TH "hmmfetch" 1 @RELEASEDATE@ "HMMER @RELEASE@" "HMMER Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 hmmfetch - retrieve an HMM from an HMM database
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B hmmfetch
   9 .I [options]
  10 .I database
  11 .I name
  12
  13 .SH DESCRIPTION
  14
  15 .B hmmfetch
  16 is a small utility that retrieves an HMM called
  17 .I name
  18 from a HMMER model database called
  19 .I database.
  20 in a new format,
  21 and prints that model to standard output.
  22 For example,
  23 .I hmmfetch Pfam rrm
  24 retrieves the RRM (RNA recognition motif) model from
  25 Pfam, if the environment variable HMMERDB is
  26 set to the location of the Pfam database.
  27 The retrieved HMM file is written in HMMER 2 ASCII format.
  28
  29 .PP
  30 The database must have an associated GSI index file.
  31 To index an HMM database, use the program
  32 .B hmmindex.
  33
  34 .SH OPTIONS
  35
  36 .TP
  37 .B -h
  38 Print brief help; includes version number and summary of
  39 all options, including expert options.
  40
  41
  42
  43 .SH SEE ALSO
  44
  45 .PP
  46 Master man page, with full list of and guide to the individual man
  47 pages: see
  48 .B hmmer(1).
  49 .PP
  50 A User guide and tutorial came with the distribution:
  51 .B Userguide.ps
  52 [Postscript] and/or
  53 .B Userguide.pdf
  54 [PDF].
  55 .PP
  56 Finally, all documentation is also available online via WWW:
  57 .B http://hmmer.wustl.edu/
  58
  59 .SH AUTHOR
  60
  61 This software and documentation is:
  62 .nf
  63 @COPYRIGHT@
  64 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
  65 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
  66 All Rights Reserved
  67
  68     This source code is distributed under the terms of the
  69     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  70     for details.
  71 .fi
  72 See the file COPYING in your distribution for complete details.
  73
  74 .nf
  75 Sean Eddy
  76 HHMI/Dept. of Genetics
  77 Washington Univ. School of Medicine
  78 4566 Scott Ave.
  79 St Louis, MO 63110 USA
  80 Phone: 1-314-362-7666
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  82 Email: eddy@genetics.wustl.edu
  83 .fi