forester/archive/RIO/others/hmmer/documentation/man/hmmindex.man

   1 .TH "hmmindex" 1 @RELEASEDATE@ "HMMER @RELEASE@" "HMMER Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 hmmindex - create a binary SSI index for an HMM database
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B hmmindex
   9 .I [options]
  10 .I database
  11
  12 .SH DESCRIPTION
  13
  14 .B hmmindex
  15 is a utility that creates a binary SSI ("squid sequence index"
  16 format) index for an HMM database file called
  17 .I database.
  18 The new index file is named
  19 .IR database.ssi.
  20 An SSI index file is required for
  21 .B hmmfetch
  22 to work, and also for the PVM implementation of
  23 .B hmmpfam.
  24
  25 .SH OPTIONS
  26
  27 .TP
  28 .B -h
  29 Print brief help; includes version number and summary of
  30 all options, including expert options.
  31
  32
  33 .SH SEE ALSO
  34
  35 .PP
  36 Master man page, with full list of and guide to the individual man
  37 pages: see
  38 .B hmmer(1).
  39 .PP
  40 A User guide and tutorial came with the distribution:
  41 .B Userguide.ps
  42 [Postscript] and/or
  43 .B Userguide.pdf
  44 [PDF].
  45 .PP
  46 Finally, all documentation is also available online via WWW:
  47 .B http://hmmer.wustl.edu/
  48
  49 .SH AUTHOR
  50
  51 This software and documentation is:
  52 .nf
  53 @COPYRIGHT@
  54 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
  55 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
  56 All Rights Reserved
  57
  58     This source code is distributed under the terms of the
  59     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  60     for details.
  61 .fi
  62 See the file COPYING in your distribution for complete details.
  63
  64 .nf
  65 Sean Eddy
  66 HHMI/Dept. of Genetics
  67 Washington Univ. School of Medicine
  68 4566 Scott Ave.
  69 St Louis, MO 63110 USA
  70 Phone: 1-314-362-7666
  71 FAX  : 1-314-362-7855
  72 Email: eddy@genetics.wustl.edu
  73 .fi