forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/clustal

   1 CLUSTAL W(1.5) multiple sequence alignment
   2
   3
   4 REF             -----GCGGATTTAGCTCAGTTGGGAGAGCGCCAGACTGAAAATCTGGAGGTC-CTGTGT
   5 A0380           -----GGGCTCGTAGATCAG-CGGTAGATCGCTTCCTTCGCAAGGAAGAGGCC-CTGGGT
   6 A0500           -----GGGCTCGTAGATCAG-TGGCAGATCGCTTCCTTCGCAAGGAAGAGGCC-CGGGGT
   7 A0501           -----GGGCTCGTAGATCAG-GGGTAGATCACTCCCTTGGCATGGGAGAGGCC-CCGGGT
   8 A0502           -----GGGCCCATAGCTCAG-TGGTAGAGTGCCTCCTTTGCAAGGAGGATGCC-CAGGGT
   9 A1140           -----GGGCCCTAAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTC-GACGGT
  10 A1180           -----GGGCCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTGCCTTGCACGCAGGGGGTC-GACGGT
  11 A1540           -----GGAGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTC-AGCGGT
  12 A1660           -----GGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCTTGCATGGCATGCAAGAGGTC-AGCGGT
  13 A1661           -----GGGGGCATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTC-TGCGGT
  14 A1662           -----GGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTC-TGCGGT
  15 A3920           -----GGGGGTATAGTATAATTGGTAGTACAGCAATCTTGCTCAATGCTTGTC--AAGGT
  16 A6360           -----GGGCGTGTGGCGTAGTTGGTAGCGCGTTCGCTTAGCATGCGAAAGGTC-TCCGGT
  17 A6400           -----GGGCGTGTGGCGTAGTCGGTAGCGCGCTCCCTTAGCATGGGAGAGGTC-TCCGGT
  18 A7680           -----GGGGGCGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTA-CCGGGA
  19 A7681           -----GGGGGCGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGTA-CCGGGA
  20 A9990           -----GGGGGATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGTA-GCGGGA
  21 A9991           -----GGGGAATTAGCTCAAATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGCGAGAGGTA-GCGGGA
  22 C0500           GCCAAGGTGGCAGAATTCGGC--CCAACGCATCCGCCTGCAGAGCGGAACCCCCGCCGGT
  23 C1140           -----GGCAACAAGGCCAAGCGGCTAAGGCATGGGTCTGCAACACCCTGATC--ATCGGT
  24                      *                   *           *                    *
  25
  26 REF             TCGATCCACAGAATTCGCACCA
  27 A0380           TCAAATCCCAGCGAGTCCACCA
  28 A0500           TCAAATCCCCGCGAGTCCACCA
  29 A0501           TCAAATCCCGGCGAGTCCACCA
  30 A0502           TCGAATCCCTGTGGGTCCACCA
  31 A1140           TCGATCCCGTTAGGGTCCACCA
  32 A1180           TCGATCCCGTTAGGGTCCACCA
  33 A1540           TCGATCCCGCTAGGCTCCACCA
  34 A1660           TCGATCCCGCTTAGCTCCACCA
  35 A1661           TCGATCCCGCGCGCTCCCACCA
  36 A1662           TCGATCCCGCATAGCTCCACCA
  37 A3920           TCAAATCCTTGTATCTCCACCA
  38 A6360           TCGACTCCGGACTCGTCCACCA
  39 A6400           TCGATTCCGGACTCGTCCACCA
  40 A7680           TCGATACCCGGCGCCTCCACCA
  41 A7681           TCGATACCCGGCGCCTCCACCA
  42 A9990           TCGATGCCCGCATCCTCCACCA
  43 A9991           TCGATGCCCGCATTCTCCACCA
  44 C0500           TCAAATCCGGCCCTTGGCTCCA
  45 C1140           TCGAATCCGATTGTTGCCTCCA
  46                 ** *  *          * ***
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