forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/embl

   1 ID   XXPHA21    standard; DNA; PHG; 1635 BP.
   2 XX
   3 AC   X02501; M23775;
   4 XX
   5 SV   X02501.1
   6 XX
   7 DT   28-JAN-1986 (Rel. 08, Created)
   8 DT   12-SEP-1993 (Rel. 36, Last updated, Version 3)
   9 XX
  10 DE   Bacteriophage 21 DNA for left end sequence with genes 1 and 2
  11 XX
  12 KW   overlapping genes.
  13 XX
  14 OS   Bacteriophage 21
  15 OC   Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Tailed phages; Siphoviridae.
  16 XX
  17 RN   [1]
  18 RP   1-1635
  19 RX   MEDLINE; 85237525.
  20 RA   Miller G., Feiss M.;
  21 RT   "Sequence of the left end of phage 21 DNA";
  22 RL   J. Mol. Biol. 183:246-249(1985).
  23 XX
  24 DR   SWISS-PROT; P36693; TERL_BPP21.
  25 DR   SWISS-PROT; P36694; TERS_BPP21.
  26 XX
  27 CC   Data kindly reviewed (06-MAR-1986) by M. Feiss
  28 XX
  29 FH   Key             Location/Qualifiers
  30 FH
  31 FT   source          1..1635
  32 FT                   /db_xref="taxon:10743"
  33 FT                   /organism="Bacteriophage 21"
  34 FT   misc_feature    1..177
  35 FT                   /note="bacteriophage 21 cos segment"
  36 FT   misc_feature    complement(31..41)
  37 FT                   /note="integrative host factor (IHF) binding  sequence 1"
  38 FT   misc_feature    75..85
  39 FT                   /note="IHF binding sequence 2"
  40 FT   misc_feature    175..185
  41 FT                   /note="IHF binding sequence 3"
  42 FT   RBS             178..181
  43 FT                   /note="pot. SD-sequence"
  44 FT   CDS             189..737
  45 FT                   /db_xref="SWISS-PROT:P36694"
  46 FT                   /note="gp 1 (aa 1-182)"
  47 FT                   /transl_table=11
  48 FT                   /protein_id="CAA26342.1"
  49 FT                   /translation="MKVNKKRLAEIFNVDPRTIERWQSQGLPCASKGSKGIESVFDTAM
  50 FT                   AIQWYAQRETDIENEKLRKELDDLRAAAESDLQPGTIDYERYRLTKAQADAQELKNARE
  51 FT                   DGVVLETELFTFILQRVAQEISGILVRVPLTLQRKYPDISPSHLDVVKTEIAKASNVAA
  52 FT                   KAGENVGGWIDDFRRAEGS"
  53 FT   RBS             699..702
  54 FT                   /note="pot. SD-sequence"
  55 FT   CDS             709..>1635
  56 FT                   /db_xref="SWISS-PROT:P36693"
  57 FT                   /note="gp 2 (aa 1-309)"
  58 FT                   /transl_table=11
  59 FT                   /protein_id="CAA26343.1"
  60 FT                   /translation="MISDAQKAANAAGAIATGLLSLIIPVPLTTVQWANKHYYLPKESS
  61 FT                   YTPGRWETLPFQVGIMNCMGNDLIRTVNLIKSARVGYTKMLLGVEAYFIEHKSRNSLLF
  62 FT                   QPTDSAAEDFMKSHVEPTIRDVPALLELAPWFGRKHRDNTLTLKRFSSGVGFWCLGGAA
  63 FT                   AKNYREKSVDVVCYDELSSFEPDVEKEGSPTLLGDKRIEGSVWPKSIRGSTPKIKGSCQ
  64 FT                   IEKAANESAHFMRFYVPCPHCGEEQYLKFGDDASPFGLKWEKNKPESVFYLCEHHGCVI
  65 FT                   HQSELDQSNGRWICENTGMWTRDGLMFF"
  66 XX
  67 SQ   Sequence 1635 BP; 411 A; 356 C; 436 G; 432 T; 0 other;
  68      gggcggcgac ctcgcggttt ttcactattt atgaaaattt ttcagggaaa atcgtgtcgg        60
  69      tacttctcga atataacttt ttgttttttt taatattgca tccgtaaagg tccgacatga       120
  70      aagtgtccga aaatgccttt ttctggcgtt ttcatgtcgg gccttgtatt tgataatggg       180
  71      ttgttttcat gaaggttaat aaaaagaggc ttgccgaaat tttcaacgtg gacccgcgga       240
  72      cgattgaacg ctggcagtct cagggactcc cttgcgcctc caaaggtagt aagggcattg       300
  73      aatctgtatt tgatactgcc atggcaattc agtggtatgc gcagagggaa actgatatcg       360
  74      aaaacgaaaa gctccgcaaa gaactggacg atttgcgtgc ggcagcggag tcagatttac       420
  75      aacccggcac cattgactat gaacgctacc ggctcacaaa agcgcaggca gatgcgcagg       480
  76      aactgaaaaa tgcccgtgaa gacggagtag tgctggaaac tgaactgttt accttcattc       540
  77      tgcaacgtgt ggcacaggag atttcgggga tacttgtgcg tgtgccgttg acattacagc       600
  78      gtaaatatcc ggacatttca ccatcacacc ttgatgtggt gaaaactgaa atcgcgaaag       660
  79      cctccaatgt tgcagctaag gccggtgaaa acgtgggcgg gtggatcgat gatttcagac       720
  80      gcgcagaagg cagctaatgc agccggtgcg atagctacag ggcttttatc tctcattatt       780
  81      cctgttccac tgacgacagt tcagtgggcc aataaacatt attaccttcc taaagagtcg       840
  82      tcttataccc cggggcgatg ggaaacactg ccgtttcagg ttggcatcat gaactgtatg       900
  83      ggcaacgatc tgattcgcac ggttaacctg attaaatctg cccgtgttgg ttatacaaag       960
  84      atgttgctgg gagtggaggc ttattttatt gagcataaat cacgcaacag ccttcttttt      1020
  85      cagcccacgg actcagctgc tgaagatttt atgaaatctc atgttgagcc aacgataagg      1080
  86      gatgttcctg cattgctgga gctggctcca tggttcggaa gaaaacaccg cgataatacg      1140
  87      ctcaccctga agcgtttttc ctccggtgtg gggttctggt gtctgggtgg tgcggcagca      1200
  88      aaaaactacc gtgaaaaatc cgtggatgtg gtctgttatg acgagctttc ctcgttcgaa      1260
  89      ccggatgttg aaaaagaggg ttcgccaacc ctgctggggg ataaacgtat tgagggctct      1320
  90      gtatggccaa aatccattcg cggctcgacg ccaaaaatca aaggctcctg tcagatcgaa      1380
  91      aaagccgcta acgagtcggc acacttcatg cgtttttatg tgccctgtcc gcactgtggg      1440
  92      gaggagcagt atctgaaatt tggcgatgat gcctcgcctt tcggtcttaa gtgggagaag      1500
  93      aataagccag aaagtgtttt ctacctttgc gagcatcatg gctgtgtgat ccatcagtct      1560
  94      gagcttgacc agagtaacgg gcggtggatc tgtgaaaaca cgggcatgtg gacccgtgac      1620
  95      ggcctgatgt ttttc                                                       1635
  96 //
  97 ID   XXPHI80    standard; DNA; PHG; 233 BP.
  98 XX
  99 AC   X01639;
 100 XX
 101 SV   X01639.1
 102 XX
 103 DT   02-JUL-1986 (Rel. 09, Created)
 104 DT   02-JUL-1986 (Rel. 09, Last updated, Version 1)
 105 XX
 106 DE   Bacteriophage phi 80 DNA-fragment with replication origin
 107 XX
 108 KW   origin of replication.
 109 XX
 110 OS   Bacteriophage phi-80
 111 OC   Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Tailed phages; Siphoviridae;
 112 OC   Lambda phage group; bacteriophage lambda.
 113 XX
 114 RN   [1]
 115 RP   1-233
 116 RX   MEDLINE; 79135017.
 117 RA   Grosschedl R., Hobom G.;
 118 RT   "DNA sequences and structural homologies of the replication origins of
 119 RT   lambdoid bacteriophages";
 120 RL   Nature 277:621-627(1979).
 121 XX
 122 FH   Key             Location/Qualifiers
 123 FH
 124 FT   source          1..233
 125 FT                   /db_xref="taxon:10713"
 126 FT                   /organism="Bacteriophage phi-80"
 127 FT   rep_origin      40..187
 128 FT                   /note="origin of replication of phi 21"
 129 FT   misc_feature    40..128
 130 FT                   /note="pot. binding site for initiator protein"
 131 FT   repeat_region   50..55
 132 FT                   /note="multiple repeated sequence I"
 133 FT   misc_feature    61..66
 134 FT                   /note="inverted repeat of sequence I"
 135 FT   repeat_region   71..76
 136 FT                   /note="direct repeat of I"
 137 FT   misc_feature    82..87
 138 FT                   /note="inverted repeat of I"
 139 FT   repeat_region   92..97
 140 FT                   /note="direct repeat of I"
 141 FT   misc_feature    103..108
 142 FT                   /note="inverted repeat of I"
 143 FT   repeat_region   113..117
 144 FT                   /note="imp. direct repeat of I"
 145 FT   misc_feature    129..155
 146 FT                   /note="pot. region of replicational primer start site"
 147 FT   misc_feature    156..187
 148 FT                   /note="pot. binding site for initiator protein"
 149 XX
 150 SQ   Sequence 233 BP; 91 A; 51 C; 48 G; 43 T; 0 other;
 151      ggaccaaata aaaacatctc agaatggtgc atcctcaaaa cgagggaaaa tcccctaaaa        60
 152      cgagggataa aacatccctc aaattggggg attgctatcc ctcaaaacag ggggacacaa       120
 153      aagacactat tacaaaagaa aaaagaaaag attattcgtc agagaattct ggcgaatcct       180
 154      ctgaccagcc agaaaacgac ctttctgtgg tgaaaccgga tgctgcaatt cag              233
 155 //