forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/formattest.pl

   1 #! /usr/local/bin/perl
   2
   3 $binpath = shift;
   4
   5 # Suck in the regression data on our file format test suite.
   6 #
   7
   8 print "Format test suite...\t";
   9
  10 open(DAT,"regression.dat") || die "failed to open regression.dat";
  11 $nfiles = 0;
  12 while (<DAT>) {
  13     if (/^\#/) { next; }
  14     if (/^(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/) {
  15         $filename[$nfiles] = $1;
  16         $format[$nfiles]   = $2;
  17         $seqtype[$nfiles]  = $3;
  18         $nseq[$nfiles]     = $4;
  19         $nres[$nfiles]     = $5;
  20         $shortest[$nfiles] = $6;
  21         $longest[$nfiles]  = $7;
  22         if ($8  eq "yes") { $autodetect[$nfiles]   = 1; } else { $autodetect[$nfiles]   = 0; }
  23         if ($9  eq "yes") { $is_alignment[$nfiles] = 1; } else { $is_alignment[$nfiles] = 0; }
  24         if ($10 eq "yes") { $is_singleseq[$nfiles] = 1; } else { $is_singleseq[$nfiles] = 0; }
  25         $nfiles++;
  26     }
  27 }
  28 close(DAT);
  29
  30 # Test 1.
  31 # Run seqstat on every file in two modes;
  32 # autodetecting (if format allows it), then forcing a format with --informat.
  33 #
  34 for ($i = 0; $i < $nfiles; $i++) {
  35     if ($autodetect[$i]) {
  36         $output = `$binpath/seqstat $filename[$i]`;
  37         if ($? != 0) { die "seqstat failed, autodetecting, on $filename[$i]"; }
  38         ($ns, $nr, $fr, $to) = &parse_seqstat($output);
  39         if ($ns != $nseq[$i] ||
  40             $nr != $nres[$i] ||
  41             $fr != $shortest[$i] ||
  42             $to != $longest[$i])
  43         { die "seqstat regression failed, autodetecting, on $filename[$i]"; }
  44     }
  45     $output = `$binpath/seqstat --informat $format[$i] $filename[$i]`;
  46         if ($? != 0) { die "seqstat failed, using --informat, on $filename[$i]"; }
  47         ($ns, $nr, $fr, $to) = &parse_seqstat($output);
  48         if ($ns != $nseq[$i] ||
  49             $nr != $nres[$i] ||
  50             $fr != $shortest[$i] ||
  51             $to != $longest[$i])
  52         { die "seqstat regression failed, using --informat, on $filename[$i]"; }
  53 }
  54
  55 # Test 2.
  56 # Reformatting tests.
  57 #
  58 for ($i = 0; $i < $nfiles; $i++) {
  59     for ($j = 0; $j < $nfiles; $j++) {
  60         if (! $is_alignment[$i] && $is_alignment[$j]) { next; } # can't convert unaligned to aligned
  61         if (! $is_singleseq[$i] && $is_singleseq[$j]) { next; } # can't convert multiple seqs to single seq format
  62
  63         `$binpath/sreformat --informat $format[$i] $format[$j] $filename[$i] > formattest.tmp`;
  64         if ($? != 0) { die "sreformat failed ($format[$i] to $format[$j]) on $filename[$i]"; }
  65         $output = `$binpath/seqstat --informat $format[$j] formattest.tmp`;
  66         if ($? != 0) { die "seqstat failed after sreformat ($format[$i] to $format[$j]) on $filename[$i]"; }
  67         ($ns, $nr, $fr, $to) = &parse_seqstat($output);
  68         if ($ns != $nseq[$i] ||
  69             $nr != $nres[$i] ||
  70             $fr != $shortest[$i] ||
  71             $to != $longest[$i])
  72         { die "seqstat regression failed after sreformat ($format[$i] to $format[$j]) on $filename[$i]"; }
  73     }
  74 }
  75
  76 print "passed.\n";
  77 unlink "formattest.tmp";
  78
  79
  80 # Function: parse_seqstat(file)
  81 #
  82 # Returns the number of sequences in the file,
  83 # and their maximum and minimum length, and their avg. len.
  84 # Dies if 'seqstat' fails.
  85 #
  86 sub parse_seqstat {
  87     local($output) = shift;
  88     my ($nseq, $nres, $fromlen, $tolen);
  89
  90     if ($output =~ /Number of sequences:\s+(\d+)/)      {$nseq    = $1; }
  91     if ($output =~ /Total # residues:\s+(\d+)/)         {$nres    = $1; }
  92     if ($output =~ /Smallest:\s+(\d+)/)                 {$fromlen = $1; }
  93     if ($output =~ /Largest:\s+(\d+)/)                  {$tolen   = $1; }
  94     ($nseq, $nres, $fromlen, $tolen);
  95 }
  96
  97