forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/genbank

   1 GBPRI1.SEQ           Genetic Sequence Data Bank
   2                            15 August 2000
   3
   4                 NCBI-GenBank Flat File Release 119.0
   5
   6                          Primate Sequences (Part 1)
   7
   8     6395 loci,   170956138 bases, from     6395 reported sequences
   9
  10
  11 LOCUS       AAB2MCG1      289 bp    DNA             PRI       06-JUL-1998
  12 DEFINITION  Aotus azarai beta-2-microglobulin precursor, gene, exon 1.
  13 ACCESSION   AF032092
  14 VERSION     AF032092.1  GI:3265027
  15 KEYWORDS    .
  16 SEGMENT     1 of 2
  17 SOURCE      Azara's night monkey.
  18   ORGANISM  Aotus azarai
  19             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
  20             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
  21 REFERENCE   1  (bases 1 to 289)
  22   AUTHORS   Canavez,F.C., Ladasky,J.J., Muniz,J.A.C., Seuanez,H.N., Parham,P.
  23             and Cavanez,F.C.
  24   TITLE     beta2-Microglobulin in neotropical primates (Platyrrhini)
  25   JOURNAL   Immunogenetics 48 (2), 133-140 (1998)
  26   MEDLINE   98298008
  27 REFERENCE   2  (bases 1 to 289)
  28   AUTHORS   Canavez,F.C., Ladasky,J.J., Seuanez,H.N. and Parham,P.
  29   TITLE     Direct Submission
  30   JOURNAL   Submitted (31-OCT-1997) Structural Biology, Stanford University,
  31             Fairchild Building Campus West Dr. Room D-100, Stanford, CA
  32             94305-5126, USA
  33 FEATURES             Location/Qualifiers
  34      source          1..289
  35                      /organism="Aotus azarai"
  36                      /db_xref="taxon:30591"
  37      exon            <134..200
  38                      /number=1
  39      sig_peptide     134..193
  40      intron          201..>289
  41                      /number=1
  42 BASE COUNT       30 a     99 c     80 g     80 t
  43 ORIGIN
  44         1 gtccccgcgg gccttgtcct gattggctgt ccctgcgggc cttgtcctga ttggctgtgc
  45        61 ccgactccgt ataacataaa tagaggcgtc gagtcgcgcg ggcattactg cagcggacta
  46       121 cacttgggtc gagatggctc gcttcgtggt ggtggccctg ctcgtgctac tctctctgtc
  47       181 tggcctggag gctatccagc gtaagtctct cctcccgtcc ggcgctggtc cttcccctcc
  48       241 cgctcccacc ctctgtagcc gtctctgtgc tctctggttt cgttacctc
  49 //
  50
  51 LOCUS       AAB2MCG2     1276 bp    DNA             PRI       06-JUL-1998
  52 DEFINITION  Aotus azarai beta-2-microglobulin precursor, gene, exons 2 and 3
  53             and complete cds.
  54 ACCESSION   AF032093 AF032094
  55 VERSION     AF032093.1  GI:3287308
  56 KEYWORDS    .
  57 SEGMENT     2 of 2
  58 SOURCE      Azara's night monkey.
  59   ORGANISM  Aotus azarai
  60             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
  61             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
  62 REFERENCE   1  (bases 1 to 1276)
  63   AUTHORS   Canavez,F.C., Ladasky,J.J., Muniz,J.A.C., Seuanez,H.N., Parham,P.
  64             and Cavanez,F.C.
  65   TITLE     beta2-Microglobulin in neotropical primates (Platyrrhini)
  66   JOURNAL   Immunogenetics 48 (2), 133-140 (1998)
  67   MEDLINE   98298008
  68 REFERENCE   2  (bases 1 to 1276)
  69   AUTHORS   Canavez,F.C., Ladasky,J.J., Seuanez,H.N. and Parham,P.
  70   TITLE     Direct Submission
  71   JOURNAL   Submitted (31-OCT-1997) Structural Biology, Stanford University,
  72             Fairchild Building Campus West Dr. Room D-100, Stanford, CA
  73             94305-5126, USA
  74 COMMENT     On Jul 2, 1998 this sequence version replaced gi:3265029
  75             gi:3265028.
  76 FEATURES             Location/Qualifiers
  77      source          1..1276
  78                      /organism="Aotus azarai"
  79                      /db_xref="taxon:30591"
  80      mRNA            join(AF032092.1:<134..200,66..344,1023..>1050)
  81                      /product="beta-2-microglobulin precursor"
  82      CDS             join(AF032092.1:134..200,66..344,1023..1036)
  83                      /codon_start=1
  84                      /product="beta-2-microglobulin precursor"
  85                      /protein_id="AAC52107.1"
  86                      /db_xref="GI:3289965"
  87                      /translation="MARFVVVALLVLLSLSGLEAIQRXPKIQVYSRHPAENGKPNFLN
  88                      CYVSGFHPSDIEVDLLKNGKKIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPNEKDEYACRV
  89                      SHVTLSTPKTVKWDRNM"
  90      mat_peptide     join(AF032092.1:194..200,66..344,1023..1033)
  91                      /product="beta-2-microglobulin"
  92      intron          <1..65
  93                      /number=1
  94      variation       3
  95                      /note="allele 1"
  96                      /replace="g"
  97      exon            66..344
  98                      /number=2
  99      intron          345..1022
 100                      /number=2
 101      exon            1023..1050
 102                      /number=3
 103      intron          1051..>1276
 104                      /number=3
 105 BASE COUNT      353 a    253 c    269 g    400 t      1 others
 106 ORIGIN
 107         1 caagttatcc gtaattgaaa taccctggta attaatattc atttgtcttt tcctgatttt
 108        61 ttcaggtrct ccaaagattc aggtttactc acgtcatccg gcagagaatg gaaagccaaa
 109       121 ttttctgaat tgctatgtgt ctgggtttca tccgtccgac attgaagttg acttactgaa
 110       181 gaatggaaag aaaattgaaa aagtggagca ttcagacttg tctttcagca aggactggtc
 111       241 tttctatctc ttgtactaca ccgagtttac ccccaatgaa aaagatgagt atgcctgccg
 112       301 tgtgagccat gtgactttat caacacccaa gacagtaaag tggggtaagt cttacgttct
 113       361 tttgtaggct gctgaaagtt gtgtatgggt agtcatgtca taaagctgct ttgatataaa
 114       421 aaaaattcgt ctatggccat actgccctga atgagtccca tcccgtctga taaaaaaaaa
 115       481 tcttcatatt gggattgtca gggaatgtgc ttaaagatca gattagagac aacggctgag
 116       541 agagcgctgc acagcattct tctgaaccag cagtttccct gcagctgagc agggagcagc
 117       601 agcagcagtt gcacaaatac atatgcactc ctaacacttc ttacctactg acttcctcag
 118       661 ctttcgtggc agctttaggt atatttagca ctaatgaaca tcaggaaggt ataggccttt
 119       721 ctttgtaaat ccttctatcc tagcatccta taatcctgga ctcctccagt actctctggc
 120       781 tggattggta tctgaggcta gtaggtgggg cttgttcctg ctgggtagct ccaaacaagg
 121       841 tattcatgga taggaacagc agcctatttt gccagcctta tttcttaata gttttagaaa
 122       901 tctgttagta cgtggtgttt tttgttttgt tttgttttaa cacagtgtaa acaaaaagta
 123       961 catgtatttt aaaagtaaaa cttaatgtct tcctttttct ttctccactg tctttttcat
 124      1021 agatcgaaac atgtaaccag catcatggag gtaagttctt gaccttaatt aaatgttttt
 125      1081 tgtttcactg gggactattt atagacagcc ctaacatgat aaccctcact atgtggagaa
 126      1141 cattgacaga gtagcatttt agcaggcaaa gaggaatcct atagggttac attccctttt
 127      1201 cctgtggagt ggcatgaaaa aggtatgtgg ccccagctgt ggccacatta ctgactctac
 128      1261 agggagggca aaggaa
 129 //
 130 LOCUS       AACCOSIV1     168 bp    DNA             PRI       26-JAN-1998
 131 DEFINITION  Aotus azarai cytochrome c oxidase subunit IV gene, exon 3.
 132 ACCESSION   AF042765
 133 VERSION     AF042765.1  GI:2809514
 134 KEYWORDS    .
 135 SEGMENT     1 of 3
 136 SOURCE      Azara's night monkey.
 137   ORGANISM  Aotus azarai
 138             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 139             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
 140 REFERENCE   1  (bases 1 to 168)
 141   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 142   TITLE     Molecular evolution of cytochrome c oxidase subunit IV: evidence
 143             for positive selection in simian primates
 144   JOURNAL   J. Mol. Evol. 44 (5), 477-491 (1997)
 145   MEDLINE   97277139
 146 REFERENCE   2  (bases 1 to 168)
 147   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 148   TITLE     Direct Submission
 149   JOURNAL   Submitted (14-JAN-1998) CMMG, Wayne State University, 540 E.
 150             Canfield, Detroit, MI 48201, USA
 151 FEATURES             Location/Qualifiers
 152      source          1..168
 153                      /organism="Aotus azarai"
 154                      /db_xref="taxon:30591"
 155      exon            1..168
 156                      /number=3
 157 BASE COUNT       40 a     42 c     54 g     32 t
 158 ORIGIN
 159         1 gaagtgttgt gaagagcgaa gactatgcgc tcccaagtta tgtggatcgg cgtgactatc
 160        61 ccttgcccga cgtggcccat gtcaggcacc tgtcggccag ccagaaggcc ttgaaggaga
 161       121 aggagaaggc ctcctggagc agcctctcca tggatgagaa agtcgagt
 162 //
 163
 164 LOCUS       AACCOSIV2     132 bp    DNA             PRI       26-JAN-1998
 165 DEFINITION  Aotus azarai cytochrome c oxidase subunit IV gene, exon 4.
 166 ACCESSION   AF042766
 167 VERSION     AF042766.1  GI:2809515
 168 KEYWORDS    .
 169 SEGMENT     2 of 3
 170 SOURCE      Azara's night monkey.
 171   ORGANISM  Aotus azarai
 172             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 173             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
 174 REFERENCE   1  (bases 1 to 132)
 175   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 176   TITLE     Molecular evolution of cytochrome c oxidase subunit IV: evidence
 177             for positive selection in simian primates
 178   JOURNAL   J. Mol. Evol. 44 (5), 477-491 (1997)
 179   MEDLINE   97277139
 180 REFERENCE   2  (bases 1 to 132)
 181   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 182   TITLE     Direct Submission
 183   JOURNAL   Submitted (14-JAN-1998) CMMG, Wayne State University, 540 E.
 184             Canfield, Detroit, MI 48201, USA
 185 FEATURES             Location/Qualifiers
 186      source          1..132
 187                      /organism="Aotus azarai"
 188                      /db_xref="taxon:30591"
 189      exon            1..132
 190                      /number=4
 191 BASE COUNT       30 a     25 c     38 g     39 t
 192 ORIGIN
 193         1 tgtatcgtat tcagttcaag gagagctttg ctgagatgaa caggggctcc aatgagtgga
 194        61 agacggttgt gggtgctgcc atgttcttca tcggcttcac agcaattctt atcatcttgg
 195       121 agaagcgcta tg
 196 //
 197
 198 LOCUS       AACCOSIV3     137 bp    DNA             PRI       26-JAN-1998
 199 DEFINITION  Aotus azarai cytochrome c oxidase subunit IV gene, exon 5; and
 200             partial cds.
 201 ACCESSION   AF042767
 202 VERSION     AF042767.1  GI:2809516
 203 KEYWORDS    .
 204 SEGMENT     3 of 3
 205 SOURCE      Azara's night monkey.
 206   ORGANISM  Aotus azarai
 207             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 208             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
 209 REFERENCE   1  (bases 1 to 137)
 210   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 211   TITLE     Molecular evolution of cytochrome c oxidase subunit IV: evidence
 212             for positive selection in simian primates
 213   JOURNAL   J. Mol. Evol. 44 (5), 477-491 (1997)
 214   MEDLINE   97277139
 215 REFERENCE   2  (bases 1 to 137)
 216   AUTHORS   Wu,W., Goodman,M., Lomax,M.I. and Grossman,L.I.
 217   TITLE     Direct Submission
 218   JOURNAL   Submitted (14-JAN-1998) CMMG, Wayne State University, 540 E.
 219             Canfield, Detroit, MI 48201, USA
 220 FEATURES             Location/Qualifiers
 221      source          1..137
 222                      /organism="Aotus azarai"
 223                      /db_xref="taxon:30591"
 224      mRNA            join(AF042765.1:<1..168,AF042766.1:1..132,1..>137)
 225                      /product="cytochrome c oxidase subunit IV"
 226      CDS             join(AF042765.1:<1..168,AF042766.1:1..132,1..137)
 227                      /codon_start=3
 228                      /product="cytochrome c oxidase subunit IV"
 229                      /protein_id="AAB97755.1"
 230                      /db_xref="GI:2809518"
 231                      /translation="SVVKSEDYALPSYVDRRDYPLPDVAHVRHLSASQKALKEKEKAS
 232                      WSSLSMDEKVELYRIQFKESFAEMNRGSNEWKTVVGAAMFFIGFTAILIILEKRYVYG
 233                      PLPHTFDKEWVAMQTKRMLDLKVNPVDGLASKWDYDKKEWKK"
 234      exon            1..137
 235                      /number=5
 236 BASE COUNT       36 a     36 c     43 g     22 t
 237 ORIGIN
 238         1 tgtacggccc cctcccgcac acctttgaca aagagtgggt ggccatgcag accaagagga
 239        61 tgctggacct gaaggtgaac cctgtcgatg gcctcgcctc caagtgggac tacgacaaga
 240       121 aggagtggaa gaagtga
 241 //
 242 LOCUS       AAU18601     1771 bp    DNA             PRI       17-JAN-1997
 243 DEFINITION  Aotus azarae interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)
 244             gene, intron 1, complete sequence.
 245 ACCESSION   U18601
 246 VERSION     U18601.1  GI:624187
 247 KEYWORDS    .
 248 SOURCE      Azara's night monkey.
 249   ORGANISM  Aotus azarai
 250             Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
 251             Mammalia; Eutheria; Primates; Platyrrhini; Cebidae; Aotinae; Aotus.
 252 REFERENCE   1  (bases 1 to 1771)
 253   AUTHORS   Harada,M.L., Schneider,H., Schneider,M.P., Sampaio,I.,
 254             Czelusniak,J. and Goodman,M.
 255   TITLE     DNA evidence on the phylogenetic systematics of New World monkeys:
 256             support for the sister-grouping of Cebus and Saimiri from two
 257             unlinked nuclear genes
 258   JOURNAL   Mol. Phylogenet. Evol. 4 (3), 331-349 (1995)
 259   MEDLINE   96111507
 260 REFERENCE   2  (bases 1 to 1771)
 261   AUTHORS   Harada,M.L.
 262   TITLE     Direct Submission
 263   JOURNAL   Submitted (13-DEC-1994) Universidade Federal do Para, Departamento
 264             de Genetica, Campus Universitario do Guama, Belem, Para, 66075-900,
 265             Brazil
 266 FEATURES             Location/Qualifiers
 267      source          1..1771
 268                      /organism="Aotus azarai"
 269                      /db_xref="taxon:30591"
 270                      /tissue_type="lymphocytes"
 271                      /dev_stage="adult"
 272      gene            1..1771
 273                      /gene="IRBP"
 274      intron          1..1771
 275                      /gene="IRBP"
 276                      /note="interphotoreceptor retinoid-binding protein"
 277                      /number=1
 278 BASE COUNT      384 a    443 c    533 g    411 t
 279 ORIGIN
 280         1 gtgagaccca agggagacct ggccgggccc agtcctggga gtgagttgac ctgtcgtttg
 281        61 cacatgcagg gctctgtgca caatgcgtga caatggcttt tagatttgtt ctcatgctta
 282       121 agttgtggcc agttgagtcc tttcctcttt ccatccactg ttccatccac tctctgggac
 283       181 cctggtgctg ctgtagaacc tccgtagaac attcatgtta ggttggtgtg aaagtacttt
 284       241 taattgcaaa acccacaatt acttttgcat caacctcacg ggaagccagt ttggaagcct
 285       301 cgggatagac agagtttcag ccttggctgg gtggaaggtg agcgttggcg gggcttctca
 286       361 tcgtcagtgt gggagaagag gccaacatgt ggcagaggtg gcggtgggct tcaccgcgtg
 287       421 ccccaccgca ggccgagagc tccgcccggg cagcactcac tccacgctgt tctcctacct
 288       481 gtggctttgc tgcattgtca cagttgggca gggcagcatg tgtcatgaat cccttgcaag
 289       541 gagggtctga gactggggtt gggtgcaggc agtttgtctg ggaggtggtt gctgaagcag
 290       601 gtgtgaagga gggagcaggg agagtgagat aggaaggtga caggcaggtc cctcaaagct
 291       661 gttctgctga agccaggacg ctgacaagtg tggggatgct cccaggcaca gttctctgcg
 292       721 ggcgggcccc agggctcctg tcccgctttg gccaagagtt gccctgagga cataactcgg
 293       781 ggtggggcag gctcccctct cttggagaag gcctgagctg agggtggaaa gacaggatgg
 294       841 tgctgtggga gagcctgtca gtggggccag gtgcagctga aatcagaggg ggctgagagt
 295       901 gccaacggca tctgttacag aattctcatc cccattttgc ataactgagg cccagagagg
 296       961 tgcagagggg agtggcctgg agccagagag ctgtgactga aggcagggca gggcctggag
 297      1021 ggcagtgtct ctgtcagcac aggctccttg ccccagtcca gctcaccaag tcctgccgcc
 298      1081 ctcccgcagc cttagagagg gaggaagagg tgcatccaca tggaagtagc ctgtgctagg
 299      1141 ctttcagaat acccagtttc caaattaatt gcttcttcct ttctggtata gccaaggttc
 300      1201 acaatttgga gtcagatgtg gattcagatg ctggctccac cacttattga ctgtgtaacc
 301      1261 tgggactagt tacttaatct cactgtgctt cagtttttcc gtggaaaaga tggggaccat
 302      1321 gttatctcct gtacaggtgg ctgtgaggat gacgataagc tctgcaaagt gcttagtaca
 303      1381 gggccaggca cctgttaaag gtaactaaca tcttccaatc ctgccccagt ggaggggaag
 304      1441 ataagcttag agatgttggg aagtatctgg cgaggttgga cgaatcagag aggagaccat
 305      1501 tcctgggcct tccagctctg aacaccagag cagacaggag catcctctgc aaggaggctt
 306      1561 cccatggatc acacatgtcc cagtggcatg tcacatccca gacatgccac tgggaaagtc
 307      1621 ccaggtgcct actgactcct tcagaaatgt cagttcctgt cccatgccct taatatttcc
 308      1681 catgacataa aggcgatcca tggcacctgc tttcctgggc tcgaaaaccg gctgccctcc
 309      1741 tgacactgag caggacctcc aactcttgca g
 310 //