forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/selex.1

   1 #=ID r17
   2 #=AC PF99999
   3 #=DE Test of extended SELEX format
   4 #=AU SRE, Tue Dec  1 19:17:48 1998
   5 #=GA -1.0 -2.0
   6 #=TC -3.0 -4.0
   7 #=NC -5.0 -6.0
   8
   9 # Derived from r17.slx
  10 #tag name       weight source   src acc #  from,to,olen description
  11 #=SQ 28         1.0000 IDENT:   ACCESSION  1..29::29  Sequence one
  12 #=SQ longname 102.0000 SWISS    NUMBER;    3..19::100 A long name
  13 #=SQ 2          2.0000 OR       OR         0..0::0    two
  14 #=SQ 3          3.0000 PIR      -          0..0::0    three
  15 #=SQ 4          4.0000 OR       FOR        0..0::0    - means no data
  16 #=SQ 5          5.0000 WHATEVER MISSING    0..0::0    -
  17 #=SQ 6          6.0000 -        DATA       0..0::0    foo
  18 #=SQ 7          7      -        -          0..0::0    bar
  19 #=SQ 8          8.0000 -        -          0..0::0    baz
  20 #=SQ 9          9.0000 -        -          0..0::0    a description of several words.
  21 #=SQ 10        10.0000 -        -          0..0::0    -
  22
  23 #=RF        xxxxxxx xxxx xxxxxx
  24 #=CS        >>>>+>> ^^^^ <<<<<<
  25 28    gGAGUAAGAUAGC AUCA GCAUCUUGUUCC
  26 #=SS  +++++>>>>>+>> ^^^^ <<<<<<<+++++
  27 longname    GUUCACC AUCA GGGGAc
  28 #=SS        >>>>+>> ^^^^ <<<<<<
  29 2     AUGGAUGCGCACC AUCA GGGCGUaucuau
  30 3           GAUCACC AUCA GGGauc
  31 4           GGUCACC AUCA GGGauc
  32 5           GGACACC AUCA GGGucu
  33 6              CACC AUCA GGG
  34 7           GAUCACC AUCA GGGauc
  35 8            CUCACC AUCA GGGGG
  36 9           AUGCACC AUCA GGGCAU
  37 10           CUCACC AUCA GGGGG