forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Formats/stockholm.1

   1 # STOCKHOLM 1.0
   2 #
   3 # This is an example of a Stockholm multiple sequence alignment
   4 # file. It is deliberately designed to exercise many of the
   5 # features of Stockholm format, in order to test a parser.
   6 #
   7 #=GF ID   14-3-3
   8 #=GF AC   PF00244
   9 #=GF DE   14-3-3 proteins
  10 #=GF AU   Finn RD
  11 #=GF AL   Clustalw
  12 #=GF SE   Prosite
  13 #=GF GA   25 25
  14 #=GF TC   35.40 35.40
  15 #=GF NC   8.80 8.80
  16 #=GF BM   hmmbuild -f HMM SEED
  17 #=GF BM   hmmcalibrate --seed 0 HMM
  18 #=GF RN   [1]
  19 #=GF RM   95327195
  20 #=GF RT   Structure of a 14-3-3 protein and implications for
  21 #=GF RT   coordination of multiple signalling pathways.
  22 #=GF RA   Xiao B, Smerdon SJ, Jones DH, Dodson GG, Soneji Y, Aitken
  23 #=GF RA   A, Gamblin SJ;
  24 #=GF RL   Nature 1995;376:188-191.
  25 #=GF RN   [2]
  26 #=GF RM   95327196
  27 #=GF RT   Crystal structure of the zeta isoform of the 14-3-3
  28 #=GF RT   protein.
  29 #=GF RA   Liu D, Bienkowska J, Petosa C, Collier RJ, Fu H, Liddington
  30 #=GF RA   R;
  31 #=GF RL   Nature 1995;376:191-194.
  32 #=GF DR   PROSITE; PDOC00633;
  33 #=GF DR   SMART; 14_3_3;
  34 #=GF DR   PRINTS; PR00305;
  35 #=GF SQ   119
  36
  37 #=GS 1431_ENTHI/4-239 WT  0.42
  38 #=GS seq1             WT  0.40
  39 #=GS seq2             WT  0.41
  40 #=GS seq3             WT  0.43
  41 #=GS seq4             WT  0.44
  42 #=GS seq5             WT  0.45
  43 #=GS seq6             WT  0.46
  44
  45 #=GS seq4             AC  PF00001
  46 #=GS seq4             DE  A description of seq4.
  47
  48 #=GS seq1             NEWTAG  foo
  49 #=GS seq2             NEWTAG  bar
  50 #=GS seq3             NEWTAG  baz
  51
  52 #=GS seq3             TAG2    foo2
  53 #=GS seq4             TAG2    foo3
  54 #=GS seq5             TAG2    foo4
  55
  56 #=GC SS_cons                 xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  57 #=GC SA_cons                 xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  58 #=GC New_long_tag_thingie    xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  59 1431_ENTHI/4-239             ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  60 #=GR seq1 SS                 ...................
  61 #=GR seq1 SA                 0000000000000000000
  62 seq1                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  63 seq2                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  64 seq3                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  65 seq4                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  66 seq5                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  67 seq6                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  68 #=GR seq6 SS                 ...................
  69 #=GR seq6 SA                 9999999999999999999
  70 #=GR seq6 Invented_tag       *******************
  71
  72
  73 #=GC SS_cons                 xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  74 #=GC SA_cons                 xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  75 #=GC New_long_tag_thingie    xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  76 1431_ENTHI/4-239             ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  77 #=GR seq1 SS                 ...................
  78 #=GR seq1 SA                 0000000000000000000
  79 seq1                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  80 seq2                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  81 seq3                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  82 seq4                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  83 seq5                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  84 seq6                         ACDEFGHKLMNPQRSTVWY
  85 #=GR seq6 SS                 ...................
  86 #=GR seq6 SA                 9999999999999999999
  87 #=GR seq6 Invented_tag       *******************
  88
  89 #
  90 # And here's some trailing comments, just to
  91 # try to confuse a parser.
  92 #
  93
  94 //