forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Makefile.in

   1 ###############################################################
   2 # Makefile for SQUID library
   3 # CVS $Id: Makefile.in,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:26 cmzmasek Exp $
   4 #
   5 # Note: The autoconf variables in this file must be coordinated
   6 #       with HMMER, if you change them, because HMMER will
   7 #       create a Makefile from this Makefile.in using its own
   8 #       configure script, not SQUID's.
   9 #
  10 ###########
  11 # HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
  12 # Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
  13 # All Rights Reserved
  14 #
  15 #     This source code is distributed under the terms of the
  16 #     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  17 #     for details.
  18 ###########
  19
  20 ### Installation points
  21 ###
  22 # For simple installations, just make sure ${prefix} is set correctly:
  23 # default is /usr/local.
  24 #
  25 # For heterogenous computing environments, also
  26 # set ${exec_prefix}, which gives you some flexibility
  27 # for installing architecture dependent files (e.g. the programs).
  28 #
  29 # It's less likely that you'll need to set the individual
  30 # variables BINDIR, MANDIR, etc., but they're there if you need 'em.
  31 #
  32 # The (simple) default configuration installs as follows:
  33 #    prefix = /usr/local
  34 #         executables in   /usr/local/bin
  35 #         man pages in     /usr/local/man/man1
  36 #         header files in  /usr/local/include
  37 #         libsquid.a in    /usr/local/lib
  38 #         scripts in       /usr/local/bin
  39 #
  40 # The St. Louis configuration, an example of a heterogenous
  41 # computing environment, installs by setting:
  42 #    prefix      = /usr/seshare/
  43 #    exec_prefix = /usr/seshare/`uname`
  44 #
  45 # on a Linux platform, for instance, this results in:
  46 #         executables in   /usr/seshare/Linux/bin
  47 #         man pages in     /usr/seshare/man
  48 #         header files in  /usr/seshare/include
  49 #         libsquid.a in    /usr/seshare/Linux/lib
  50 #         scripts in       /usr/seshare/Linux/bin
  51 #
  52 prefix      = @prefix@
  53 exec_prefix = @exec_prefix@
  54 BINDIR      = @bindir@
  55 MANDIR      = @mandir@
  56 INCLUDEDIR  = @includedir@
  57 LIBDIR      = @libdir@
  58 SCRIPTDIR   = @bindir@
  59
  60 ## your compiler and compiler flags
  61 #
  62 CC     = @CC@
  63 CFLAGS = @CFLAGS@
  64
  65 ## other defined flags for machine-specific stuff
  66 #
  67 MDEFS = @MDEFS@ @DEFS@
  68 LIBS  = @LIBS@ -lm
  69
  70 ## Archiver command
  71 #
  72 AR     = ar rcv
  73 RANLIB = @RANLIB@
  74
  75 ## instructions for installing man pages
  76 #
  77 INSTMAN   = cp
  78 MANSUFFIX = 1
  79
  80 # Configuration for compiling in optional PVM support
  81 #
  82 PVMFLAG   = @PVMFLAG@
  83 PVMLIBDIR = @PVMLIBDIR@
  84 PVMINCDIR = @PVMINCDIR@
  85 PVMLIBS   = @PVMLIBS@
  86
  87 #######
  88 ## You should not need to modify below this line
  89 #######
  90 SHELL       = /bin/sh
  91 BASENAME    = "squid"
  92 PACKAGE     = "SQUID"
  93 RELEASE     = "1.7"
  94 RELCODE     = "rel1_7"
  95 RELEASEDATE = "July 2000"
  96 COPYRIGHT   = "Copyright \(C\) 1992-2000 HHMI/Washington University School of Medicine"
  97 LICENSE     = "Freely distributed under the GNU General Public License \(GPL\)"
  98 LICENSETAG  = gnu
  99 COMPRESS    = gzip
 100
 101 PROGS = afetch\
 102         alistat\
 103         compalign\
 104         compstruct\
 105         sfetch\
 106         sreformat\
 107         revcomp\
 108         seqsplit\
 109         seqstat\
 110         shuffle\
 111         sindex\
 112         translate\
 113         weight
 114
 115 MANS =  alistat\
 116         seqstat\
 117         sfetch\
 118         shuffle\
 119         sreformat\
 120
 121 READMES = 00README INSTALL Makefile.in
 122
 123 SCRIPTS =
 124
 125 PRECONFHDRS = \
 126         squid.h.in\
 127         squidconf.h.in
 128
 129 POSTCONFHDRS = \
 130         squid.h\
 131         squidconf.h\
 132         version.h
 133
 134 HDRS =  rk.h\
 135         sqfuncs.h\
 136         gki.h\
 137         gsi.h\
 138         msa.h\
 139         ssi.h\
 140         stopwatch.h
 141
 142 OBJS =  a2m.o\
 143         aligneval.o\
 144         alignio.o\
 145         clustal.o\
 146         cluster.o\
 147         dayhoff.o\
 148         eps.o\
 149         file.o\
 150         getopt.o\
 151         gki.o\
 152         gsi.o\
 153         hsregex.o\
 154         iupac.o\
 155         msa.o\
 156         msf.o\
 157         phylip.o\
 158         revcomp.o\
 159         rk.o\
 160         selex.o\
 161         seqencode.o\
 162         shuffle.o\
 163         sqerror.o\
 164         sqio.o\
 165         squidcore.o\
 166         sre_ctype.o\
 167         sre_math.o\
 168         sre_string.o\
 169         ssi.o\
 170         stack.o\
 171         stockholm.o\
 172         stopwatch.o\
 173         translate.o\
 174         types.o\
 175         weight.o
 176
 177 ################################################################
 178 # Targets that actually build the squid executables
 179 all: version.h $(PROGS)
 180
 181 $(PROGS): @EXEC_DEPENDENCY@ version.h $(OBJS)
 182         $(CC) $(CFLAGS) $(MDEFS) $(PVMLIBDIR) -o $@ $@_main.o $(OBJS) $(PVMLIBS) $(LIBS)
 183
 184 .c.o:
 185         $(CC) $(CFLAGS) $(PVMFLAG) $(PVMINCDIR) $(MDEFS) -c $<
 186 ################################################################
 187
 188
 189 ################################################################
 190 # Targets expected by packages (e.g. HMMER) that
 191 # include SQUID as a module.
 192 #
 193 module: libsquid.a
 194
 195 libsquid.a: version.h $(OBJS)
 196         $(AR) libsquid.a $(OBJS)
 197         $(RANLIB) libsquid.a
 198         chmod 644 libsquid.a
 199 #################################################################
 200
 201
 202 # version.h:
 203 #   create the version.h file that will define stamps used by
 204 #   squidcore.c's Banner(), which is called by all executables to
 205 #   print a standard package/copyright/license banner;
 206 #   then puts copies of version.h in all directories that are
 207 #   going to need it.
 208 #
 209 version.h:
 210         @echo "Creating version.h..."
 211         @echo "/* version.h -- automatically generated by a Makefile. DO NOT EDIT. */" > version.h
 212         @echo "#define PACKAGE     \"$(PACKAGE)\""     >> version.h
 213         @echo "#define RELEASE     \"$(RELEASE)\""     >> version.h
 214         @echo "#define RELEASEDATE \"$(RELEASEDATE)\"" >> version.h
 215         @echo "#define COPYRIGHT   \"$(COPYRIGHT)\""   >> version.h
 216         @echo "#define LICENSE     \"$(LICENSE)\""     >> version.h
 217
 218 install:  $(PROGS) libsquid.a
 219         test -d $(LIBDIR)    || mkdir -p $(LIBDIR)
 220         test -d $(BINDIR)    || mkdir -p $(BINDIR)
 221         test -d $(SCRIPTDIR) || mkdir -p $(SCRIPTDIR)
 222         test -d $(INCLUDEDIR)|| mkdir -p $(INCLUDEDIR)
 223         test -d $(MANDIR)/man$(MANSUFFIX) || mkdir -p $(MANDIR)/man$(MANSUFFIX)
 224         cp libsquid.a $(LIBDIR)/
 225         cp $(HDRS)  $(INCLUDEDIR)/
 226         cp $(PROGS) $(BINDIR)/
 227         for scriptfile in $(SCRIPTS); do\
 228           cp Scripts/$$scriptfile $(SCRIPTDIR)/;\
 229         done
 230         @for manpage in $(MANS); do\
 231           $(INSTMAN) $$manpage.man $(MANDIR)/man$(MANSUFFIX)/$$manpage.$(MANSUFFIX);\
 232         done
 233
 234 distclean:
 235         make clean
 236         -rm -f Makefile libsquid.a version.h config.cache config.log config.status ${POSTCONFHDRS}
 237
 238 clean:
 239         -rm -f *.o *~ core TAGS llib-lsquid.ln $(PROGS)
 240
 241 # dist: build a new distribution directory in squid-$RELEASE, and make a tarball.
 242 #       Extracts straight from the CVS repository, so you must first do
 243 #       a "cvs commit" (it checks to be sure you do, at least for the current
 244 #       working directory).
 245 dist:
 246 # Delete old versions of the same release
 247 #
 248         @if test -d ${BASENAME}-$(RELEASE);        then rm -rf ${BASENAME}-$(RELEASE);        fi
 249         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar;    then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar;    fi
 250         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.Z;  then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.Z;  fi
 251         @if test -e ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.gz; then rm -f  ${BASENAME}-$(RELEASE).tar.gz; fi
 252 #
 253 # CVS tag and extract. -c: make sure we committed;
 254 #                      -F: allow more than one "make dist" per rel
 255 # prep: must have done "cvs commit", and CVSROOT must be set
 256 #
 257         cvs tag -c -F ${BASENAME}_${RELCODE}
 258         cvs export -r ${BASENAME}_${RELCODE} -d ${BASENAME}-${RELEASE} ${BASENAME}
 259 #
 260 # Make the configure script from configure.in
 261 #
 262         (cd ${BASENAME}-${RELEASE}; autoconf)
 263 #
 264 # Include the appropriate license files
 265 #
 266         cp Licenses/LICENSE.${LICENSETAG}     ${BASENAME}-${RELEASE}/LICENSE
 267         cp Licenses/COPYRIGHT.${LICENSETAG}   ${BASENAME}-${RELEASE}/COPYRIGHT
 268 #
 269 # Put license tags (short licenses) on files that need 'em (replace LICENSE keyword)
 270 #
 271         for file in $(READMES) *.c ${HDRS} ${PRECONFHDRS}; do\
 272            licenseadd.pl Licenses/$(LICENSETAG) ${BASENAME}-${RELEASE}/$$file;\
 273         done;
 274 #
 275 # Remove files/directories that aren't supposed to go out in the distro.
 276 # Do this last, so other steps (license adding, etc.) have simple loops.
 277 #
 278         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Licenses
 279         -rm -rf ${BASENAME}-${RELEASE}/Docs
 280         -rm ${BASENAME}-${RELEASE}/LOG
 281         -rm ${BASENAME}-${RELEASE}/configure.in
 282         -rm ${BASENAME}-${RELEASE}/test_main.c
 283 #
 284 # pack it up!
 285 #
 286         tar cvf ${BASENAME}-${RELEASE}.tar ${BASENAME}-${RELEASE}
 287         ${COMPRESS} ${BASENAME}-$(RELEASE).tar
 288
 289 TAGS:
 290         etags -t *.h *.c Makefile.in
 291
 292