forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Man/afetch.man

   1 .TH "afetch" 1 "@RELEASEDATE@" "@PACKAGE@ @RELEASE@" "@PACKAGE@ Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 afetch - retrieve an alignment from an alignment database
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B afetch
   9 .I [options]
  10 .I alignmentdb
  11 .I key
  12
  13 .PP
  14 .B afetch --index
  15 .I alignmentdb
  16
  17 .SH DESCRIPTION
  18
  19 .B afetch
  20 retrieves the alignment named
  21 .I key
  22 from an alignment database in file
  23 .I alignmentdb.
  24
  25 .PP
  26 .I alignmentdb
  27 is a "multiple multiple alignment" file in Stockholm (e.g. native
  28 Pfam) format.
  29
  30 .PP
  31 .I key
  32 is either the name (ID) of the alignment, or its accession
  33 number (AC).
  34
  35 .PP
  36 The
  37 .I alignmentdb
  38 file should first be SSI indexed with
  39 .B afetch --index
  40 for efficient retrieval. An SSI index is
  41 not required, but alignment retrieval without one may
  42 be painfully slow.
  43
  44 .SH OPTIONS
  45
  46 .TP
  47 .B -h
  48 Print brief help; includes version number and summary of
  49 all options, including expert options.
  50
  51 .SH EXPERT OPTIONS
  52
  53 .TP
  54 .B --index
  55 Instead of retrieving a
  56 .I key,
  57 the special command
  58 .B afetch --index
  59 .I alignmentdb
  60 produces an SSI index of the names and accessions
  61 of the alignments in
  62 the file
  63 .I alignmentdb.
  64 This should be run once on the
  65 .I alignmentdb
  66 file to prepare it for all future afetch's.
  67
  68 .SH SEE ALSO
  69
  70 .PP
  71 Master man page, with full list of and guide to the
  72 individual man pages for SQUID's auxiliary programs: see
  73 .B squid(1).
  74
  75 .SH AUTHOR
  76
  77 @PACKAGE@ and its documentation is @COPYRIGHT@
  78 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
  79 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
  80 All Rights Reserved
  81
  82     This source code is distributed under the terms of the
  83     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  84     for details.
  85 See COPYING in the source code distribution for more details, or contact me.
  86
  87 .nf
  88 Sean Eddy
  89 Dept. of Genetics
  90 Washington Univ. School of Medicine
  91 4566 Scott Ave.
  92 St Louis, MO 63110 USA
  93 Phone: 1-314-362-7666
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  96 .fi
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  98