forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/Man/seqstat.man

   1 .TH "seqstat" 1 "@RELEASEDATE@" "@PACKAGE@ @RELEASE@" "@PACKAGE@ Manual"
   2
   3 .SH NAME
   4 .TP
   5 seqstat - show statistics and format for a sequence file
   6
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B seqstat
   9 .I [options]
  10 .I seqfile
  11
  12 .SH DESCRIPTION
  13
  14 .B seqstat
  15 reads a sequence file
  16 .I seqfile
  17 and shows a number of simple statistics about it.
  18
  19 .pp
  20 The printed statistics include the name of the format, the residue
  21 type of the first sequence (protein, RNA, or DNA), the number of
  22 sequences, the total number of residues, and the average and range of
  23 the sequence lengths.
  24
  25 .SH OPTIONS
  26
  27 .TP
  28 .B -a
  29 Show additional verbose information: a table with one line per
  30 sequence showing name, length, and description line.
  31 These lines are prefixed with a * character to enable
  32 easily
  33 .BR grep' ing
  34 them out and sorting them.
  35
  36 .TP
  37 .B -h
  38 Print brief help; includes version number and summary of
  39 all options, including expert options.
  40
  41 .TP
  42 .B -B
  43 (Babelfish). Autodetect and read a sequence file format other than the
  44 default (FASTA). Almost any common sequence file format is recognized
  45 (including Genbank, EMBL, SWISS-PROT, PIR, and GCG unaligned sequence
  46 formats, and Stockholm, GCG MSF, and Clustal alignment formats). See
  47 the printed documentation for a complete list of supported formats.
  48
  49 .SH EXPERT OPTIONS
  50
  51 .TP
  52 .BI --informat " <s>"
  53 Specify that the sequence file is in format
  54 .I <s>,
  55 rather than the default FASTA format.
  56 Common examples include Genbank, EMBL, GCG,
  57 PIR, Stockholm, Clustal, MSF, or PHYLIP;
  58 see the printed documentation for a complete list
  59 of accepted format names.
  60 This option overrides the default expected format (FASTA)
  61 and the
  62 .I -B
  63 Babelfish autodetection option.
  64
  65 .TP
  66 .B --quiet
  67 Suppress the verbose header (program name, release number
  68 and date, the parameters and options in effect).
  69
  70 .SH SEE ALSO
  71
  72 .PP
  73 @SEEALSO@
  74
  75 .SH AUTHOR
  76
  77 @PACKAGE@ and its documentation is @COPYRIGHT@
  78 HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
  79 Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
  80 All Rights Reserved
  81
  82     This source code is distributed under the terms of the
  83     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  84     for details.
  85 See COPYING in the source code distribution for more details, or contact me.
  86
  87 .nf
  88 Sean Eddy
  89 Dept. of Genetics
  90 Washington Univ. School of Medicine
  91 4566 Scott Ave.
  92 St Louis, MO 63110 USA
  93 Phone: 1-314-362-7666
  94 FAX  : 1-314-362-7855
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  96 .fi
  97
  98