forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/revcomp.c

   1 /*****************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  *****************************************************************/
  10
  11 /* revcomp.c
  12  *
  13  * Reverse complement of a IUPAC character string
  14  * RCS $Id: revcomp.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:16 cmzmasek Exp $
  15  */
  16
  17 #include <stdio.h>
  18 #include <string.h>
  19 #include <ctype.h>
  20 #include "squid.h"
  21
  22
  23 #ifdef MEMDEBUG
  24 #include "dbmalloc.h"
  25 #endif
  26
  27
  28 char *
  29 revcomp(char *comp, char *seq)
  30 {
  31   long  bases;
  32   char *bckp, *fwdp;
  33   int   idx;
  34   long  pos;
  35   int   c;
  36
  37   if (comp == NULL) return NULL;
  38   if (seq == NULL)  return NULL;
  39   bases = strlen(seq);
  40
  41   fwdp = comp;
  42   bckp = seq + bases -1;
  43   for (pos = 0; pos < bases; pos++)
  44     {
  45       c = *bckp;
  46       c = sre_toupper(c);
  47       for (idx = 0; c != iupac[idx].sym && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
  48       if (idx == IUPACSYMNUM)
  49         {
  50           Warn("Can't reverse complement an %c, pal. Using N.", c);
  51           *fwdp = 'N';
  52         }
  53       else
  54         *fwdp = iupac[idx].symcomp;
  55       if (islower((int) *bckp)) *fwdp = (char) sre_tolower((int) *fwdp);
  56       fwdp++;
  57       bckp--;
  58     }
  59   *fwdp = '\0';
  60   return comp;
  61 }
  62