forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/rk.h

   1 /*****************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  *****************************************************************/
  10
  11 #ifndef SQRKH_INCLUDED
  12 #define SQRKH_INCLUDED
  13
  14 /* rk.h
  15  *
  16  * Header file for Rabin-Karp pattern searching on encoded
  17  * sequence strings.
  18  *
  19  * Sean Eddy, Thu Oct  1 11:45:42 1992
  20  * RCS $Id: rk.h,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:16 cmzmasek Exp $
  21  */
  22
  23
  24                                 /* expect 32 bits for 8 nt */
  25 typedef unsigned long Hashseq;
  26                                 /* but we count to be sure...
  27                                    RK_HASHSIZE is the number of nt that fit
  28                                    in one probe */
  29 #define RK_HASHSIZE  (sizeof(Hashseq)*2)
  30                                 /* empirically, how many nt minimum we require
  31                                    in a pattern before we abandon rk and
  32                                    go with something else */
  33 #define RK_REQUIRE    4
  34
  35 extern int rkseq(Hashseq hashprobe, char *sequence);
  36 extern Hashseq rkcomp(char *probe);     /* compile a Hashseq from a pattern */
  37
  38
  39
  40 #endif /* SQRKH_INCLUDED */