forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/seqencode.c

   1 /*****************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  *****************************************************************/
  10
  11 /* seqencode.c
  12  *
  13  * Routines for creating and manipulating encoded sequence strings.
  14  * RCS $Id: seqencode.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:29 cmzmasek Exp $
  15  */
  16 #include <stdio.h>
  17 #include <string.h>
  18 #include <ctype.h>
  19 #include "squid.h"
  20
  21
  22 #ifdef MEMDEBUG
  23 #include "dbmalloc.h"
  24 #endif
  25                                 /* seqcmp()
  26                                    returns 0 if s1 == s2
  27                                    mismatch number otherwise */
  28 int
  29 seqcmp(char *s1, char *s2, int allow)
  30 {
  31   int mmat = 0;
  32
  33   while ((*s1 != NTEND) && (*s2 != NTEND) && (mmat <= allow))
  34     {
  35       if (!(ntmatch(*s1, *s2)))
  36         mmat++;;
  37       s1++;
  38       s2++;
  39     }
  40   while ((*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
  41     mmat++;
  42   return(mmat);
  43 }
  44                                 /* seqncmp()
  45                                    same as seqcmp but it looks at,
  46                                    at most, n positions */
  47 int
  48 seqncmp(char *s1, char *s2, int n, int allow)
  49 {
  50   int mmat = 0;
  51
  52   while ((*s2 != NTEND) &&
  53          (n-- != 0))
  54     {
  55       if ((!(ntmatch(*s1, *s2))) &&
  56           (++mmat > allow))
  57         return(mmat);
  58       s1++;
  59       s2++;
  60     }
  61   while ((n-- != 0) && (*s1++ != NTEND) && (mmat <= allow))
  62     mmat++;
  63   return (mmat);
  64 }
  65
  66                                 /* seqencode()
  67                                    given a character text string str (A,C,G,T),
  68                                    convert to an encoded seq string;
  69                                    return 1 for success, 0 if fail */
  70 int
  71 seqencode(char *codeseq, /* pre-allocated space for answer */
  72           char *str)     /* character string to convert    */
  73 {
  74   char  *ptr;
  75   int    idx;
  76
  77   ptr = codeseq;
  78   while (*str != '\0')
  79     {
  80       if (islower((int) (*str))) *str = (char) toupper((int) (*str));
  81       for (idx = 0; *str != iupac[idx].sym && idx <= IUPACSYMNUM; idx++)
  82         ;
  83       if (idx > IUPACSYMNUM)
  84         {
  85           *ptr = (char) NTEND;
  86           return 0;
  87         }
  88       else
  89         *ptr = iupac[idx].code;
  90       ptr++;
  91       str++;
  92     }
  93   *ptr = NTEND;
  94   return 1;
  95 }
  96
  97
  98 int
  99 coded_revcomp(char *comp, char *seq)
 100 {
 101   long  bases;
 102   char *bckp, *fwdp;
 103   int   idx;
 104   long  pos;
 105
 106   bases = strlen(seq);
 107
 108   fwdp = comp;
 109   bckp = seq + bases -1;
 110   for (pos = 0; pos < bases; pos++)
 111     {
 112       for (idx = 0; *bckp != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
 113       if (idx > IUPACSYMNUM)
 114         {
 115           *fwdp = NTEND;
 116           return 0;
 117         }
 118       else
 119         *fwdp = iupac[idx].comp;
 120       fwdp++;
 121       bckp--;
 122     }
 123   *fwdp = NTEND;
 124   return(1);
 125 }
 126
 127 int
 128 seqdecode(char *str, char *codeseq)
 129 {
 130   int idx;
 131   int pos;
 132
 133   pos = 0;
 134   while (*codeseq != NTEND)
 135     {
 136       for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++)
 137         ;
 138       if (idx > IUPACSYMNUM)
 139         {
 140           str[pos] = 'X';
 141           return 0;
 142         }
 143       else
 144         str[pos] = iupac[idx].sym;
 145       codeseq++;
 146       pos++;
 147     }
 148   str[pos] = '\0';
 149   return 1;
 150 }
 151
 152 int
 153 seqndecode(
 154      char       *str,           /* pre-allocated string to write into */
 155      char *codeseq,             /* sequence to decode */
 156      int         n)             /* how many bases to decode */
 157 {
 158   int idx;
 159   int pos = 0;
 160
 161   while (--n >= 0)
 162     {
 163       for (idx = 0; *codeseq != iupac[idx].code && idx < IUPACSYMNUM; idx++);
 164       if (idx > IUPACSYMNUM)
 165         {
 166           str[pos]  = 'X';
 167           return 0;
 168         }
 169       else
 170         str[pos] = iupac[idx].sym;
 171       codeseq++;
 172       pos++;
 173     }
 174   str[pos] = '\0';
 175   return 1;
 176 }
 177