forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/sindex_main.c

   1 /*****************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  *****************************************************************/
  10
  11 /* sindex_main.c, SRE, Fri Feb 16 08:38:39 2001 [St. Louis]
  12  *
  13  * sindex -- create SSI index of sequence file(s) for sfetch
  14  *
  15  * CVS $Id: sindex_main.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:31 cmzmasek Exp $
  16  */
  17
  18 #include <stdio.h>
  19 #include "squid.h"
  20 #include "msa.h"
  21 #include "ssi.h"
  22
  23 static char banner[] = "sindex - create SSI index of sequence file(s) for sfetch";
  24
  25 static char usage[] = "\
  26 Usage: sindex [-options] <seqfile>...\n\
  27     Available options:\n\
  28     -h     : help; print version and usage info.\n\
  29     -o <f> : output the SSI index to file named <f>\n\
  30 ";
  31
  32 static char experts[] = "\
  33   --informat <s> : specify input sequence file format <s>\n\
  34 ";
  35
  36 struct opt_s OPTIONS[] = {
  37   { "-h", TRUE, sqdARG_NONE   },
  38   { "-o", TRUE, sqdARG_STRING },
  39   { "--64",       FALSE< sqdARG_NONE },
  40   { "--informat", FALSE, sqdARG_STRING },
  41 };
  42 #define NOPTIONS (sizeof(OPTIONS) / sizeof(struct opt_s))
  43
  44 int
  45 main(int argc, char **argv)
  46 {
  47   char     *file;               /* name of a sequence file */
  48   SQFILE   *sfp;                /* open sequence file */
  49   int       format;             /* forced sequence file format, if any */
  50   int       mode;               /* SSI_OFFSET_I32 or SSI_OFFSET_I64 */
  51   int       idx;                /* counter over files */
  52   int       status;             /* return status from an SSI call */
  53   SSIINDEX *ssi;                /* the index we're creating */
  54   char     *ssifile;            /* file name for the SSI index */
  55   int       fh;                 /* handle on current file */
  56   char     *seq;                /* a sequence read from the file */
  57   SQINFO    sqinfo;             /* info on the sequence */
  58
  59   char *optname;
  60   char *optarg;
  61   int   optind;
  62
  63   /***********************************************
  64    * Parse the command line
  65    ***********************************************/
  66
  67                                 /* initializations and defaults */
  68   format  = SQFILE_UNKNOWN;     /* autodetecting format is the default */
  69   mode    = SSI_OFFSET_I32;     /* default = 32 bit mode */
  70   ssifile = NULL;               /* default: set SSI file name as <file>.ssi */
  71
  72   while (Getopt(argc, argv, OPTIONS, NOPTIONS, usage,
  73                 &optind, &optname, &optarg))
  74     {
  75       if      (strcmp(optname, "--64") == 0) mode    = SSI_OFFSET_I64;
  76       else if (strcmp(optname, "-o")   == 0) ssifile = sre_strdup(optarg, -1);
  77       else if (strcmp(optname, "--informat") == 0) {
  78         format = String2SeqfileFormat(optarg);
  79         if (format == SQFILE_UNKNOWN)
  80           Die("unrecognized input sequence file format \"%s\"", optarg);
  81       }
  82       else if (strcmp(optname, "-h") == 0) {
  83         Banner(stdout, banner);
  84         puts(usage);
  85         puts(experts);
  86         exit(EXIT_SUCCESS);
  87       }
  88     }
  89
  90   if (argc - optind < 1)
  91     Die("Incorrect number of command line arguments.\n%s\n", usage);
  92
  93
  94   /*****************************************************************
  95    * Get set up...
  96    *****************************************************************/
  97
  98   /* Determine whether we'll index in 32-bit or 64-bit mode.
  99    * 32-bit is default, but 64-bit trumps; if any file needs 64-bit,
 100    * we index them all that way.
 101    */
 102   for (idx = optind; idx < argc; idx++)
 103     {
 104       file = argv[idx];
 105       if ((status = SSIRecommendMode(file)) == -1)
 106         Die("Couldn't stat %s - file doesn't exist, or is too big", file);
 107       if (status == SSI_OFFSET_I64) mode = SSI_OFFSET_I64;
 108     }
 109
 110   if (ssifile == NULL) {
 111     ssifile = sre_strdup(file, -1);
 112     sre_strcat(&ssifile, -1, ".ssi", -1);
 113   }
 114
 115   if ((ssi = SSICreateIndex(mode)) == NULL)
 116     Die("Couldn't allocate/initialize the new SSI index\n");
 117
 118   /*****************************************************************
 119    * Go through the files one at a time and compile index.
 120    *****************************************************************/
 121
 122   for (idx = optind; idx < argc; idx++)
 123     {
 124       file = argv[idx];
 125       printf("Working on file %s...             \t", file);
 126       fflush(stdout);
 127
 128       if ((sfp = SeqfileOpenForIndexing(file, format, NULL, mode)) == NULL)
 129         Die("Failed to open sequence file %s for reading", file);
 130
 131       if ((status = SSIAddFileToIndex(ssi, file, sfp->format, &fh)) != 0)
 132         Die("SSI error: %s\n", SSIErrorString(status));
 133
 134       while (ReadSeq(sfp, sfp->format, &seq, &sqinfo)) {
 135         if ((status = SSIAddPrimaryKeyToIndex(ssi, sqinfo.name, fh,
 136                                              &(sfp->r_off), &(sfp->d_off),
 137                                               sqinfo.len)) != 0)
 138           Die("SSI error: %s\n", SSIErrorString(status));
 139
 140 #if DEBUGLEVEL >= 2
 141         if (mode == SSI_OFFSET_I32)
 142           SQD_DPRINTF2(("Added primary key %s: r_off=%d, d_off=%d len=%d\n",
 143                         sqinfo.name, sfp->r_off.off.i32,
 144                         sfp->d_off.off.i32, sqinfo.len));
 145         else
 146           SQD_DPRINTF2(("Added primary key %s: r_off=%lld, d_off=%lld len=%d\n",
 147                         sqinfo.name, sfp->r_off.off.i64, sfp->d_off.off.i64,
 148                         sqinfo.len));
 149 #endif
 150
 151         if (sqinfo.flags & SQINFO_ACC) {
 152           if ((status = SSIAddSecondaryKeyToIndex(ssi, sqinfo.acc, sqinfo.name)) != 0)
 153             Die("SSI error: %s\n", SSIErrorString(status));
 154         }
 155
 156         FreeSequence(seq, &sqinfo);
 157       }
 158       if (sfp->bpl > 0 && sfp->rpl > 0) {
 159         if ((status = SSISetFileForSubseq(ssi, fh, sfp->bpl, sfp->rpl)) != 0)
 160           Die("SSI error: %s\n", SSIErrorString(status));
 161         printf("FAST_SUBSEQ set...\t");
 162       }
 163
 164       SeqfileClose(sfp);
 165       printf("[done]\n");
 166     }
 167
 168   printf("Sorting and writing index to SSI file %s...\t", ssifile);
 169   fflush(stdout);
 170   if ((status = SSIWriteIndex(ssifile, ssi)) != 0)
 171     Die("SSIWriteIndex() failed: %s", SSIErrorString(status));
 172   printf("[done]\n");
 173
 174   printf("%s:\n", ssifile);
 175   printf("Mode:            %s\n",
 176          mode == SSI_OFFSET_I32 ? "32-bit" : "64-bit");
 177   printf("Files:           %d\n", ssi->nfiles);
 178   printf("Primary keys:    %d\n", ssi->nprimary);
 179   printf("Secondary keys:  %d\n", ssi->nsecondary);
 180
 181   SSIFreeIndex(ssi);
 182
 183   free(ssifile);
 184   return 0;
 185 }