forester/archive/RIO/others/hmmer/squid/translate.c

   1 /*****************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  *****************************************************************/
  10
  11 /*
  12  * translate.c - functions for translating nucleic acid sequence
  13  * created Tue Jan 12 11:27:29 1993, SRE
  14  *
  15  * RCS $Id: translate.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:31 cmzmasek Exp $
  16  */
  17
  18 #include <stdio.h>
  19 #include <string.h>
  20 #include "squid.h"
  21
  22
  23 #ifdef MEMDEBUG
  24 #include "dbmalloc.h"
  25 #endif
  26
  27
  28
  29 /* Function: Translate(char *seq, char **code)
  30  *
  31  * Given a ptr to the start of a nucleic acid sequence,
  32  * and a genetic code, translate the sequence into
  33  * amino acid sequence.
  34  *
  35  * code is an array of 65 strings, representing
  36  * the translations of the 64 codons, arranged
  37  * in order AAA, AAC, AAG, AAU, ..., UUA, UUC, UUG, UUU.
  38  * '*' or '***' is used to represent termination
  39  * codons, usually. The final string, code[64],
  40  * is the code for an ambiguous amino acid.
  41  *
  42  * Because of the way space is allocated for the amino
  43  * acid sequence, the amino acid strings cannot be
  44  * longer than 3 letters each. (I don't foresee using
  45  * anything but the single- and triple- letter codes.)
  46  *
  47  * Returns a ptr to the translation string on success,
  48  * or NULL on failure.
  49  */
  50 char *
  51 Translate(char *seq, char **code)
  52 {
  53   int   codon;                  /* index for codon         */
  54   char *aaseq;                  /* RETURN: the translation */
  55   char *aaptr;                  /* ptr into aaseq */
  56   int   i;
  57
  58   if (seq == NULL)
  59     { squid_errno = SQERR_NODATA; return NULL; }
  60   if ((aaseq = (char *) calloc (strlen(seq) + 1, sizeof(char))) == NULL)
  61     Die("calloc failed");
  62
  63   aaptr = aaseq;
  64   for (; *seq != '\0' && *(seq+1) != '\0' && *(seq+2) != '\0'; seq += 3)
  65     {
  66                                 /* calculate the lookup value for
  67                                    this codon */
  68       codon = 0;
  69       for (i = 0; i < 3; i++)
  70         {
  71           codon *= 4;
  72           switch (*(seq + i)) {
  73           case 'A': case 'a':             break;
  74           case 'C': case 'c': codon += 1; break;
  75           case 'G': case 'g': codon += 2; break;
  76           case 'T': case 't': codon += 3; break;
  77           case 'U': case 'u': codon += 3; break;
  78           default: codon = 64; break;
  79           }
  80           if (codon == 64) break;
  81         }
  82
  83       strcpy(aaptr, code[codon]);
  84       aaptr += strlen(code[codon]);
  85     }
  86   return aaseq;
  87 }