forester/archive/RIO/others/hmmer/src/Makefile.in

   1 ############################################################
   2 # Makefile for HMMER src directory
   3 # CVS $Id: Makefile.in,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:05 cmzmasek Exp $
   4 ###########
   5 # HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   6 # Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   7 # All Rights Reserved
   8 #
   9 #     This source code is distributed under the terms of the
  10 #     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
  11 #     for details.
  12 ###########
  13
  14 ## your compiler and compiler flags
  15 #
  16 CC     = @CC@
  17 CFLAGS = @CFLAGS@
  18
  19 ## other defined flags.
  20 #  DEFS contains stuff that autoconf
  21 #  decides on. MDEFS contains stuff that we added to
  22 #  the configure script tests. LIBS contains system
  23 #  libraries that the configure script decides we need.
  24 #
  25 MDEFS = @MDEFS@ @DEFS@
  26 LIBS  = @LIBS@ -lm
  27
  28 ## archiving command, and ranlib command if you need one.
  29 #  In general, you shouldn't need to change these, and they're
  30 #  only used for building the testsuite anyway... e.g. we
  31 #  make a "libhmmer.a" library for building the testsuite.
  32 #
  33 AR     = ar rcv
  34 RANLIB = @RANLIB@
  35
  36 # Configuration for optional pthreads multiprocessor support
  37 #
  38 PTHREAD_LIBS   = @PTHREAD_LIBS@
  39 PTHREAD_CFLAGS = @PTHREAD_CFLAGS@
  40
  41
  42 # Configuration for optional PVM functionality
  43 #
  44 PVMFLAG   = @PVMFLAG@
  45 PVMLIBDIR = @PVMLIBDIR@
  46 PVMINCDIR = @PVMINCDIR@
  47 PVMLIBS   = @PVMLIBS@
  48 PVMPROGS  = @PVMPROGS@
  49
  50 SHELL    = /bin/sh
  51 MYLIBS   = -lsquid
  52 MYLIBDIR = -L../squid
  53 MYINCDIR = -I../squid
  54
  55 PROGS = hmmalign\
  56         hmmbuild\
  57         hmmcalibrate\
  58         hmmconvert\
  59         hmmemit\
  60         hmmfetch\
  61         hmmindex\
  62         hmmpfam\
  63         hmmsearch\
  64         ${PVMPROGS}
  65
  66 OBJS =  alphabet.o\
  67         core_algorithms.o\
  68         debug.o\
  69         display.o\
  70         emit.o\
  71         emulation.o\
  72         histogram.o\
  73         hmmio.o\
  74         mathsupport.o\
  75         masks.o\
  76         misc.o\
  77         modelmakers.o\
  78         plan7.o\
  79         plan9.o\
  80         postprob.o\
  81         prior.o\
  82         pvm.o\
  83         threads.o\
  84         tophits.o\
  85         trace.o
  86
  87 HDRS =  config.h\
  88         funcs.h\
  89         globals.h\
  90         postprob.h\
  91         structs.h
  92
  93 .c.o:
  94         $(CC) $(CFLAGS) $(MDEFS) $(PTHREAD_CFLAGS) $(PVMFLAG) $(MYINCDIR) $(PVMINCDIR) -c $<
  95
  96 #################################################################
  97 ## Targets defining how to make HMMER executables.
  98 ##
  99 all:    $(PROGS)
 100
 101 $(PROGS): @EXEC_DEPENDENCY@ $(OBJS)
 102         $(CC) $(CFLAGS) $(PTHREAD_CFLAGS) $(MDEFS) $(MYLIBDIR) $(PVMLIBDIR) -o $@ $@.o $(OBJS) $(PVMLIBS) $(MYLIBS) $(PTHREAD_LIBS) $(LIBS)
 103
 104
 105 #################################################################
 106 ## Targets used in making HMMER module for testsuite compilation.
 107 ##
 108 module: libhmmer.a
 109
 110 libhmmer.a: $(OBJS)
 111         $(AR) libhmmer.a $(OBJS)
 112         $(RANLIB) libhmmer.a
 113         chmod 644 libhmmer.a
 114
 115
 116 #################################################################
 117 ## Miscellaneous targets.
 118 ##
 119 distclean:
 120         make clean
 121         -rm -f Makefile version.h
 122
 123 clean:
 124         -rm -f *.o *~ Makefile.bak core $(PROGS) TAGS gmon.out libhmmer.a
 125
 126 TAGS:
 127         etags -t *.c *.h Makefile.in
 128