forester/archive/RIO/others/hmmer/src/config.h

   1 /************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  ************************************************************/
  10
  11 /* config.h
  12  *
  13  * Configurable compile-time parameters in HMMER.
  14  */
  15
  16 #ifndef CONFIGH_INCLUDED
  17 #define CONFIGH_INCLUDED
  18
  19 /* RAMLIMIT determines the point at which we switch from fast,
  20  * full dynamic programming to slow, linear-memory divide and conquer
  21  * dynamic programming algorithms. It is the minimum amount of available
  22  * RAM on the systems the package will run on. It can be overridden
  23  * from the Makefile.
  24  * By default, we assume we have 32 Mb RAM available (per thread).
  25  */
  26 #ifndef RAMLIMIT
  27 #define RAMLIMIT 32
  28 #endif
  29
  30 /* HMMER_NCPU determines the number of threads/processors that
  31  * a threads version will parallelize across. This can be overridden
  32  * by -DHMMER_NCPU=x in the Makefile, and by a setenv HMMER_NCPU x
  33  * in the environment, and usually by a command line option.
  34  * Usually we detect the number of processors dynamically, but
  35  * on some systems (FreeBSD and Linux, notably), we can't. On
  36  * these systems we assume 2 processors by default. That assumption
  37  * can be overridden here if HMMER_NCPU is uncommented.
  38  */
  39 /* #define HMMER_NCPU 4 */
  40
  41 #define INTSCALE    1000.0      /* scaling constant for floats to integer scores   */
  42 #define MAXABET     20          /* maximum size of alphabet (4 or 20)              */
  43 #define MAXCODE     23          /* maximum degenerate alphabet size (17 or 23)     */
  44 #define MAXDCHLET   200         /* maximum # Dirichlet components in mixture prior */
  45 #define NINPUTS     4           /* number of inputs into structural prior          */
  46 #define INFTY       987654321   /* infinity for purposes of integer DP cells       */
  47 #define NXRAY       4           /* number of structural inputs                */
  48 #define LOGSUM_TBL  20000       /* controls precision of ILogsum()            */
  49 #define ALILENGTH   50          /* length of displayed alignment lines        */
  50
  51 #endif /*CONFIGH_INCLUDED*/
  52