forester/archive/RIO/others/hmmer/src/globals.h

   1 /************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  ************************************************************/
  10
  11 /* globals.h
  12  * Mon Nov 18 13:05:03 1996
  13  *
  14  * Global variable definitions.
  15  * This file may only be included in a main() .c file.
  16  */
  17
  18 char  Alphabet[MAXCODE]; /* ACGT, for instance                    */
  19 int   Alphabet_type;     /* hmmNUCLEIC or hmmAMINO                */
  20 int   Alphabet_size;     /* uniq alphabet size: 4 or 20           */
  21 int   Alphabet_iupac;    /* total size of alphabet + IUPAC degen. */
  22 char  Degenerate[MAXCODE][MAXABET];
  23 int   DegenCount[MAXCODE];
  24