forester/archive/RIO/others/hmmer/src/hmmfetch.c

   1 /************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  ************************************************************/
  10
  11 /* hmmfetch.c
  12  * SRE, Wed Aug  5 14:26:51 1998 [St. Louis]
  13  *
  14  * Recover a specific HMM file from an HMM database, using
  15  * an SSI index (created with hmmindex).
  16  *
  17  * CVS $Id: hmmfetch.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:14 cmzmasek Exp $
  18  */
  19
  20 #include <stdio.h>
  21 #include <stdlib.h>
  22 #include <string.h>
  23
  24 #include "squid.h"
  25 #include "config.h"
  26 #include "structs.h"
  27 #include "funcs.h"
  28 #include "version.h"
  29
  30 #include "globals.h"
  31
  32 static char banner[] = "hmmfetch -- retrieve specific HMM from an HMM database";
  33
  34 static char usage[] = "\
  35 Usage: hmmfetch [-options] <hmmfile> <HMM name>\n\
  36 Available options are:\n\
  37   -h             : print short usage and version info, then exit\n\
  38   -n             : interpret <HMM name> instead as an HMM number\n\
  39 ";
  40
  41 static char experts[] = "\
  42 ";
  43
  44 static struct opt_s OPTIONS[] = {
  45    { "-h", TRUE, sqdARG_NONE  },
  46    { "-n", TRUE, sqdARG_NONE  },
  47 };
  48 #define NOPTIONS (sizeof(OPTIONS) / sizeof(struct opt_s))
  49
  50
  51 int
  52 main(int argc, char **argv)
  53 {
  54   char    *hmmfile;             /* HMM file to open                */
  55   char    *key;                 /* HMM name to retrieve            */
  56   HMMFILE *hmmfp;               /* opened hmm file pointer         */
  57   struct plan7_s *hmm;          /* a hidden Markov model           */
  58
  59   char *optname;                /* name of option found by Getopt() */
  60   char *optarg;                 /* argument found by Getopt()       */
  61   int   optind;                 /* index in argv[]                  */
  62
  63   int   by_number;              /* fetch by number, not name        */
  64   int   nhmm;                   /* hmm number */
  65
  66   /***********************************************
  67    * Parse the command line
  68    ***********************************************/
  69
  70   by_number = FALSE;
  71
  72   while (Getopt(argc, argv, OPTIONS, NOPTIONS, usage,
  73                 &optind, &optname, &optarg))
  74     {
  75       if      (strcmp(optname, "-n") == 0) by_number = TRUE;
  76       else if (strcmp(optname, "-h") == 0)
  77         {
  78           Banner(stdout, banner);
  79           puts(usage);
  80           puts(experts);
  81           exit(0);
  82         }
  83     }
  84
  85   if (argc - optind != 2) Die("Incorrect number of arguments.\n%s\n", usage);
  86   hmmfile = argv[optind++];
  87   key     = argv[optind++];
  88
  89   /***********************************************
  90    * Open HMM file, make sure SSI index exists
  91    ***********************************************/
  92
  93   if ((hmmfp = HMMFileOpen(hmmfile, "HMMERDB")) == NULL)
  94     Die("failed to open HMM file %s for reading.", hmmfile);
  95   if (hmmfp->ssi == NULL)
  96     Die("There is no SSI index for %s; you need to use hmmindex on it.", hmmfile);
  97
  98   /***********************************************
  99    * find key in hmmfile; get HMM; show as ASCII
 100    ***********************************************/
 101
 102   if (by_number) {
 103     if (! IsInt(key)) Die("%s does not appear to be a number.", key);
 104     nhmm = atoi(key);
 105     if (! HMMFilePositionByIndex(hmmfp, nhmm))
 106       Die("failed to position %s to HMM #%d", hmmfile, nhmm);
 107   } else {
 108     if (! HMMFilePositionByName(hmmfp, key))
 109       Die("No such hmm %s in HMM file %s\n", key, hmmfile);
 110   }
 111
 112   if (! HMMFileRead(hmmfp, &hmm))
 113     Die("Unexpected end of HMM file");
 114   if (hmm == NULL)
 115     Die("HMM file %s may be corrupt or in incorrect format; parse failed", hmmfile);
 116
 117   WriteAscHMM(stdout, hmm);
 118
 119   FreePlan7(hmm);
 120   HMMFileClose(hmmfp);
 121
 122   /***********************************************
 123    * Exit
 124    ***********************************************/
 125
 126   SqdClean();
 127   return 0;
 128 }
 129
 130