forester/archive/RIO/others/hmmer/src/misc.c

   1 /************************************************************
   2  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs
   3  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine
   4  * All Rights Reserved
   5  *
   6  *     This source code is distributed under the terms of the
   7  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE
   8  *     for details.
   9  ************************************************************/
  10
  11 /* misc.c
  12  * SRE, Thu Jul 15 18:49:19 1993
  13  *
  14  * Functions that I don't know quite where to put yet.
  15  */
  16
  17 #include <stdio.h>
  18 #include <stdlib.h>
  19 #include <string.h>
  20 #include <ctype.h>
  21 #include <float.h>
  22 #include <limits.h>
  23
  24 #include "squid.h"
  25 #include "config.h"
  26 #include "structs.h"
  27 #include "version.h"
  28
  29 /* Function: Getword()
  30  *
  31  * Purpose:  little function used by ReadPrior() and ReadHMM() to parse
  32  *           next valid field out of an open file, ignoring
  33  *           comments. '#' marks the beginning of a comment.
  34  *
  35  * Arg:      fp   - open file for reading
  36  *           type - sqdARG_INT, sqdARG_FLOAT, or sqdARG_STRING from squid.h
  37  */
  38 char *
  39 Getword(FILE *fp, int type)
  40 {
  41   static char buffer[512];
  42   static char *sptr = NULL;
  43
  44   if (sptr != NULL) sptr = strtok(NULL, " \t\n");
  45
  46   while (sptr == NULL)
  47     {
  48       if ((sptr = fgets(buffer, 512, fp)) == NULL) return NULL;
  49       if ((sptr = strchr(buffer, '#')) != NULL) *sptr = '\0';
  50       sptr = strtok(buffer, " \t\n");
  51     }
  52
  53   switch (type) {
  54   case sqdARG_STRING:
  55     if (strlen(sptr) == 0) {
  56       Warn("Parse failed: expected string, got nothing");
  57       sptr = NULL;
  58     }
  59     break;
  60   case sqdARG_INT:
  61     if (!IsInt(sptr)) {
  62       Warn("Parse failed: expected integer, got %s", sptr);
  63       sptr = NULL;
  64     }
  65     break;
  66   case sqdARG_FLOAT:
  67     if (!IsReal(sptr)) {
  68       Warn("Parse failed: expected real value, got %s", sptr);
  69       sptr = NULL;
  70     }
  71     break;
  72   }
  73
  74   return sptr;
  75 }
  76
  77
  78 /* Function: Getline()
  79  *
  80  * Purpose:  Get the next non-blank, non-comment line from an open file.
  81  *           A comment line has '#' as the first non-whitespace character.
  82  *           Returns NULL if no line is found.
  83  *           Syntax is the same as fgets().
  84  *
  85  * Args:     s  - allocated storage for line
  86  *           n  - number of characters allocated for s
  87  *           fp - open FILE *
  88  *
  89  * Return:   Either s, or NULL if no new line is found.
  90  */
  91 char *
  92 Getline(char *s, int n, FILE *fp)
  93 {
  94   char *first;
  95
  96   do {
  97     if (fgets(s, n, fp) == NULL) return NULL;
  98     first = s; while (isspace((int) (*first))) first++;
  99   } while (*first == '#' || *first == '\0');
 100   return s;
 101 }
 102
 103
 104 /* Function: SetAutocuts()
 105  * Date:     SRE, Thu Jun  8 08:19:46 2000 [TW721 over Ireland]
 106  *
 107  * Purpose:  Set score thresholds using the GA, TC, or NC information
 108  *           in an HMM.
 109  *
 110  * Args:     thresh - score threshold structure. autocut must be set
 111  *                    properly (CUT_GA, CUT_NC, or CUT_TC).
 112  *           hmm    - HMM containing appropriate score cutoff info
 113  *
 114  * Returns:  1 on success.
 115  *           0 if HMM does not have the score cutoffs available -- caller
 116  *             will have to decide on a fallback plan.
 117  *           Has no effect (and returns success) if autocut is
 118  *           CUT_NONE.
 119  */
 120 int
 121 SetAutocuts(struct threshold_s *thresh, struct plan7_s *hmm)
 122 {
 123   if (thresh->autocut == CUT_GA) {
 124     if (! (hmm->flags & PLAN7_GA)) return 0;
 125     thresh->globT = hmm->ga1;
 126     thresh->domT  = hmm->ga2;
 127     thresh->globE = thresh->domE = FLT_MAX;
 128   } else if (thresh->autocut == CUT_NC) {
 129     if (! (hmm->flags & PLAN7_NC)) return 0;
 130     thresh->globT = hmm->nc1;
 131     thresh->domT  = hmm->nc2;
 132     thresh->globE = thresh->domE = FLT_MAX;
 133   } else if (thresh->autocut == CUT_TC) {
 134     if (! (hmm->flags & PLAN7_TC)) return 0;
 135     thresh->globT = hmm->tc1;
 136     thresh->domT  = hmm->tc2;
 137     thresh->globE = thresh->domE = FLT_MAX;
 138   }
 139   return 1;
 140 }