forester/archive/RIO/others/hmmer/src/postprob.h

   1 /************************************************************\r
   2  * Copyright (C) 1998 Ian Holmes (ihh@sanger.ac.uk)\r
   3  * HMMER - Biological sequence analysis with profile HMMs\r
   4  * Copyright (C) 1992-1999 Washington University School of Medicine\r
   5  * All Rights Reserved\r
   6  * \r
   7  *     This source code is distributed under the terms of the\r
   8  *     GNU General Public License. See the files COPYING and LICENSE\r
   9  *     for details.\r
  10  ************************************************************/\r
  11 \r
  12 /* postprob.h\r
  13  * Author: Ian Holmes (ihh@sanger.ac.uk, Jun 5 1998)\r
  14  * Derived from core_algorithms.c (SRE, Nov 11 1996)\r
  15  * Incorporated SRE, Sat Nov  6 09:07:02 1999\r
  16  * \r
  17  * Functions for working with posterior probabilities,\r
  18  * including unfussed "backwards" and "optimal accuracy"\r
  19  * implementations.\r
  20  */\r
  21 \r
  22 #ifndef POSTPROB_INCLUDED\r
  23 #define POSTPROB_INCLUDED\r
  24 \r
  25 #include "structs.h"\r
  26 #include "config.h"\r
  27 #include "funcs.h"\r
  28 #include "squid.h"\r
  29 \r
  30 /* Extra algorithms to work with posterior probabilities.\r
  31  */\r
  32 \r
  33 extern float P7OptimalAccuracy(char *dsq, int L, struct plan7_s *hmm, \r
  34                                struct p7trace_s **ret_tr);\r
  35 \r
  36 extern float P7Backward(char *dsq, int L, struct plan7_s *hmm, \r
  37                         struct dpmatrix_s **ret_mx);\r
  38 \r
  39 extern void  P7EmitterPosterior(int L, struct plan7_s *hmm,\r
  40                                 struct dpmatrix_s *forward,\r
  41                                 struct dpmatrix_s *backward,\r
  42                                 struct dpmatrix_s *mx);\r
  43 \r
  44 extern float P7FillOptimalAccuracy(int L, int M,\r
  45                                    struct dpmatrix_s *posterior,\r
  46                                    struct dpmatrix_s *mx,\r
  47                                    struct p7trace_s **ret_tr);\r
  48 \r
  49 extern void  P7OptimalAccuracyTrace(int L, int M,\r
  50                                     struct dpmatrix_s *posterior,\r
  51                                     struct dpmatrix_s *mx,\r
  52                                     struct p7trace_s **ret_tr);\r
  53 \r
  54 #endif\r
  55 \r