forester/archive/RIO/others/hmmer/src/weetest.c

   1 /* This is a throwaway wrapper program for doing quick
   2  * and dirty tests on sequence databases. Archives of past
   3  * versions are kept and logged in RCS.
   4  * RCS $Id: weetest.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:07 cmzmasek Exp $
   5  *
   6  * Compile with:
   7  *
   8 cc -g -o weetest -I ~/lib/squid.linux -L/nfs/wol2/people/eddy/lib/squid.linux weetest.c alphabet.o camJul97.o core_algorithms.o histogram.o hmmio.o mathsupport.o masks.o misc.o modelmakers.o debug.o prior.o trace.o plan7.o states.o tophits.o -lsquid-debug -lm
   9  *
  10  * or, for optimized version:
  11 cc -O2 -o weetest -I ~/lib/squid.linux -L/nfs/wol2/people/eddy/lib/squid.linux weetest.c alphabet.o camJul97.o core_algorithms.o histogram.o hmmio.o mathsupport.o masks.o misc.o modelmakers.o debug.o prior.o trace.o plan7.o states.o tophits.o -lsquid -lm
  12  */
  13
  14 /* This test looks at histogram of protein lengths in Swissprot
  15  */
  16 #include <stdio.h>
  17
  18 #include "structs.h"
  19 #include "funcs.h"
  20 #include "globals.h"
  21 #include "squid.h"
  22
  23 int
  24 main(int argc, char **argv)
  25 {
  26   char   *file;
  27   char   *seq;
  28   char   *dsq;
  29   int     format;
  30   SQFILE *sqfp;
  31   SQINFO  sqinfo;
  32   int     i,x;
  33
  34   struct histogram_s *h;
  35
  36   file = argv[1];
  37   if (! SeqfileFormat(file, &format, "BLASTDB"))
  38     Die("SeqfileFormat()");
  39   if ((sqfp = SeqfileOpen(file, format, "BLASTDB")) == NULL)
  40     Die("SeqfileOpen()");
  41
  42   h = AllocHistogram(0, 10000, 1000);
  43   while (ReadSeq(sqfp, format, &seq, &sqinfo))
  44     AddToHistogram(h, (float) sqinfo.len);
  45
  46   GaussianFitHistogram(h, 999999.);
  47   PrintASCIIHistogram(stdout, h);
  48
  49   printf("mean = %f\n", h->param[GAUSS_MEAN]);
  50   printf("sd   = %f\n", h->param[GAUSS_SD]);
  51
  52   SeqfileClose(sqfp);
  53
  54   return EXIT_SUCCESS;
  55 }