forester/archive/RIO/others/hmmer/testsuite/Optiontests.pl

   1 #! /usr/local/bin/perl
   2
   3 @tests = (
   4           "hmmbuild --informat selex -F Optiontests.hmm  Optiontests.slx",   # Make a protein HMM
   5           "hmmbuild --informat selex -F Optiontests.nhmm Optiontests.nslx",  # Make a DNA HMM
   6           "hmmalign -h",
   7           "hmmalign Optiontests.hmm Optiontests.fa",
   8           "hmmalign -m Optiontests.hmm Optiontests.fa",
   9           "hmmalign -o tmp Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  10           "hmmalign -q Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  11           "hmmalign --withali Optiontests.slx Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  12           "hmmalign --mapali Optiontests.slx Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  13           "hmmbuild -h",
  14           "hmmbuild --informat selex tmp.hmm Optiontests.slx",
  15           "hmmbuild --informat selex -F tmp.hmm Optiontests.slx",            # Need -F to force
  16           "hmmbuild --informat selex -n foo -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  17           "hmmbuild --informat selex -o tmp -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  18           "hmmbuild --informat selex -A tmp.hmm Optiontests.slx",
  19           "hmmbuild --informat selex -f -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  20           "hmmbuild --informat selex -g -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  21           "hmmbuild --informat selex -s -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  22           "hmmbuild --informat selex --fast -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  23           "hmmbuild --informat selex --hand -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  24           "hmmbuild --informat selex --null ../tutorial/amino.null -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  25           "hmmbuild --informat selex --pam   Optiontests.pam -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  26           "hmmbuild --informat selex --prior ../tutorial/amino.pri -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  27           "hmmbuild --informat selex --wblosum -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  28           "hmmbuild --informat selex --wgsc -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  29           "hmmbuild --informat selex --wme -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  30           "hmmbuild --informat selex --wvoronoi -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  31           "hmmbuild --informat selex --wnone -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  32           "hmmbuild --informat selex --noeff -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  33           "hmmbuild --informat selex --amino -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  34           "hmmbuild --informat selex --nucleic -F tmp.hmm Optiontests.nslx",
  35           "hmmbuild --informat selex --archpri 0.9 -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  36           "hmmbuild --informat selex --binary -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  37           "hmmbuild --informat selex --cfile tmp -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  38           "hmmbuild --informat selex --gapmax 0.6 --fast -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  39           "hmmbuild --informat selex --idlevel 0.5 -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  40           "hmmbuild --informat selex --pamwgt 10 --pam Optiontests.pam -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  41           "hmmbuild --informat selex --swentry 0.3 -F -s tmp.hmm Optiontests.slx",
  42           "hmmbuild --informat selex --swexit 0.3 -F -s tmp.hmm Optiontests.slx",
  43           "hmmbuild --informat selex --verbose -F tmp.hmm Optiontests.slx",
  44           "hmmcalibrate -h",
  45           "hmmcalibrate Optiontests.hmm",
  46           "hmmcalibrate --fixed 15 Optiontests.hmm",
  47           "hmmcalibrate --mean  25 Optiontests.hmm",
  48           "hmmcalibrate --histfile tmp --fixed 15 Optiontests.hmm",
  49           "hmmcalibrate --num 4500 --fixed 15 Optiontests.hmm",
  50           "hmmcalibrate --sd 50 --mean  25   Optiontests.hmm",
  51           "hmmcalibrate --seed 666 --fixed 15 Optiontests.hmm",
  52           "hmmconvert -h",
  53           "hmmconvert Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  54           "hmmconvert -F Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  55           "hmmconvert -a -F Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  56           "hmmconvert -A Optiontests.hmm tmp2.hmm",     # order sensitive. tmp2.hmm must be HMM
  57           "hmmconvert -b -F Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  58           "hmmconvert -p -F Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  59           "hmmconvert -P -F Optiontests.hmm tmp2.hmm",
  60           "hmmemit -h",
  61           "hmmemit Optiontests.hmm",
  62           "hmmemit -a Optiontests.hmm",
  63           "hmmemit -n 6 Optiontests.hmm",
  64           "hmmemit -o tmp Optiontests.hmm",
  65           "hmmemit -q Optiontests.hmm",
  66           "hmmemit --seed 666 Optiontests.hmm",
  67           "hmmindex -h",
  68           "hmmindex Optiontests.hmm",
  69           "hmmfetch -h",
  70           "hmmfetch Optiontests.hmm Optiontests",
  71           "hmmpfam -h",
  72           "hmmpfam -n Optiontests.nhmm Optiontests.nfa",
  73           "hmmpfam -A 0 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  74           "hmmpfam -E 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  75           "hmmpfam -T 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  76           "hmmpfam -Z 10 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  77           "hmmpfam --domE 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  78           "hmmpfam --domT 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  79           "hmmpfam --forward Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  80           "hmmpfam --null2 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  81           "hmmpfam --xnu Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  82           "hmmsearch -h",
  83           "hmmsearch -A 0 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  84           "hmmsearch -E 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  85           "hmmsearch -T 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  86           "hmmsearch -Z 10 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  87           "hmmsearch --domE 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  88           "hmmsearch --domT 1 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  89           "hmmsearch --forward Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  90           "hmmsearch --null2 Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  91           "hmmsearch --xnu Optiontests.hmm Optiontests.fa",
  92           );
  93
  94
  95 unlink "tmp.hmm";
  96 while ($testline = shift(@tests))
  97 {
  98     $status = system("../binaries/$testline 2>&1 > tmp.out");
  99     if ($status > 0) {
 100         print "failure: $testline\n";
 101         $failed++;
 102     }
 103     $total++;
 104 }
 105
 106 $passed = $total - $failed;
 107 printf "Option tests: %d. Passed: %d. Failed: %d\n", $total, $passed, $failed;
 108
 109 unlink "tmp";
 110 unlink "tmp.out";
 111 unlink "tmp.hmm";
 112 unlink "tmp2.hmm";
 113 unlink "Optiontests.hmm";
 114 unlink "Optiontests.nhmm";
 115 unlink "Optiontests.hmm.ssi";
 116