forester/archive/RIO/others/hmmer/testsuite/masks_test.c

   1 /* masks_test.c
   2  * SRE, Tue Nov 18 11:10:20 1997 [St. Louis]
   3  *
   4  * Test driver for sequence masking routines in masks.c
   5  *
   6  * CVS $Id: masks_test.c,v 1.1.1.1 2005/03/22 08:34:46 cmzmasek Exp $
   7  */
   8
   9 #include <stdio.h>
  10
  11 #include "structs.h"
  12 #include "funcs.h"
  13 #include "globals.h"
  14 #include "squid.h"
  15
  16 static char banner[] = "\
  17 masks_test : testing of repeat masking code in masks.c";
  18
  19 static char usage[] = "\
  20 Usage: testdriver [-options]\n\
  21   Available options are:\n\
  22   -h              : help; display this usage info\n\
  23   -v              : verbose output\n\
  24 ";
  25
  26 static char experts[] = "\
  27   --xnu     <file>: apply xnu to seqs in <file>\n\
  28 \n";
  29
  30 static struct opt_s OPTIONS[] = {
  31   { "-h",       TRUE,  sqdARG_NONE  },
  32   { "-v",       TRUE,  sqdARG_NONE  },
  33   { "--xnu",    FALSE, sqdARG_STRING },
  34 };
  35 #define NOPTIONS (sizeof(OPTIONS) / sizeof(struct opt_s))
  36
  37 /* The test sequence and result from the XNU software distribution
  38  */
  39 static char *test1 = "\
  40 ACDEFGHIKLMNPQRQRQRQRQRQRQRQRQRSTVWYACDEFGHIKLMNPQRQRQRQRQRQ\
  41 RQRQRQRSTVWYACDEFGHIKLMNPQRQRQRQRQRQRQRQRQRSTVWYACDEFGHIKLMN\
  42 PQRQRQRQRQRQRQRQRQRSTVWYACDEFGHIKLMNPQRQRQRQRQRQRQRQRQRSTVWY\
  43 ACDEFGHIKLMNPQRQRQRQRQRQRQRQRQRSTVWY";
  44
  45 static char *answer1 = "\
  46 ACDEFGHIKLMNPXXXXXXXXXXXXXXXXXXSTVWYACDEFGHIKLMNPXXXXXXXXXXX\
  47 XXXXXXXSTVWYACDEFGHIKLMNPXXXXXXXXXXXXXXXXXXSTVWYACDEFGHIKLMN\
  48 PXXXXXXXXXXXXXXXXXXSTVWYACDEFGHIKLMNPXXXXXXXXXXXXXXXXXXSTVWY\
  49 ACDEFGHIKLMNPXXXXXXXXXXXXXXXXXXSTVWY";
  50
  51 int
  52 main(int argc, char **argv)
  53 {
  54   char *seq;
  55   char *dsq;
  56   int   len;
  57   int   i,j;
  58   char *result;
  59
  60   char *optname;                /* name of option found by Getopt()         */
  61   char *optarg;                 /* argument found by Getopt()               */
  62   int   optind;                 /* index in argv[]                          */
  63   int   be_verbose;
  64   char *xnufile;                /* NULL, or file to run xnu on     */
  65
  66
  67   /***********************************************
  68    * Parse command line
  69    ***********************************************/
  70
  71   be_verbose = FALSE;
  72   xnufile    = NULL;
  73
  74   while (Getopt(argc, argv, OPTIONS, NOPTIONS, usage,
  75                 &optind, &optname, &optarg))  {
  76     if      (strcmp(optname, "-v")       == 0) { be_verbose = TRUE;   }
  77     else if (strcmp(optname, "--xnu")    == 0) { xnufile    = optarg; }
  78     else if (strcmp(optname, "-h")       == 0) {
  79       Banner(stdout, banner);
  80       puts(usage);
  81       puts(experts);
  82       exit(0);
  83     }
  84   }
  85   if (argc - optind != 0)
  86     Die("Incorrect number of arguments.\n%s\n", usage);
  87
  88   SetAlphabet(hmmAMINO);
  89
  90   /* XNU test
  91    */
  92   seq = test1;
  93   len = (int) strlen(seq);
  94   dsq = DigitizeSequence(seq, len);
  95   XNU(dsq, len);
  96   result = MallocOrDie(sizeof(char) * (len+1));
  97
  98   for (i = 0; i < len; i++)
  99     result[i] = Alphabet[(int) dsq[i+1]];
 100   result[len] = '\0';
 101
 102   if (be_verbose)
 103     {
 104       printf("XNU test:\n");
 105       for (i = 1; i <= len; i+=60)
 106         {
 107           for (j = i; j < i+60 && j <= len; j++)
 108             putc(Alphabet[(int) dsq[j]], stdout);
 109           putc('\n', stdout);
 110         }
 111       if (strcmp(answer1, result) == 0)
 112         printf("-- OK; Identical to expected\n");
 113     }
 114
 115   if (strcmp(answer1, result) != 0)
 116     Die("XNU test failed.");
 117   free(result);
 118   free(dsq);
 119
 120   /* On demand XNU test.
 121    */
 122   if (xnufile != NULL)
 123     {
 124       int     format;
 125       SQFILE *sqfp;
 126       SQINFO  sqinfo;
 127       int     xnum;
 128
 129       if ((sqfp = SeqfileOpen(xnufile, SQFILE_UNKNOWN, NULL)) == NULL)
 130         Die("Failed to open sequence database file %s\n%s\n", xnufile, usage);
 131       while (ReadSeq(sqfp, sqfp->format, &seq, &sqinfo))
 132         {
 133           dsq = DigitizeSequence(seq, sqinfo.len);
 134           xnum = XNU(dsq, sqinfo.len);
 135           result = DedigitizeSequence(dsq, sqinfo.len);
 136
 137           printf("%-20s\t%5d\n", sqinfo.name, xnum);
 138           if (be_verbose)
 139             WriteSeq(stdout, SQFILE_FASTA, result, &sqinfo);
 140
 141           free(dsq);
 142           FreeSequence(seq, &sqinfo);
 143           free(result);
 144         }
 145       SeqfileClose(sqfp);
 146     }
 147
 148   return EXIT_SUCCESS;
 149 }