forester/archive/RIO/others/hmmer/testsuite/tophits_test.c

   1 /* tophits_test.c
   2  * SRE, Tue Oct 28 08:03:10 1997 [Newton Institute, Cambridge UK]
   3  *
   4  * Test driver for tophits.c. Returns 0 if everything is OK.
   5  *
   6  * Options:
   7  *    -v   Verbose; print stuff.
   8  */
   9
  10 #include <stdio.h>
  11 #include <time.h>
  12
  13 #include "structs.h"
  14 #include "funcs.h"
  15 #include "globals.h"
  16 #include "squid.h"
  17
  18 static char banner[] = "\
  19 tophits_test : internal verification of tophits.c";
  20
  21 static char usage[] = "\
  22 Usage: tophits_test [-options]\n\
  23   Available options are:\n\
  24     -h     : help; display this usage info\n\
  25     -s <x> : set random seed to <x>\n\
  26     -v     : be verbose (default is to simply exit with status 1 or 0)\n\
  27 ";
  28
  29 static char experts[] = "\
  30 \n";
  31
  32 static struct opt_s OPTIONS[] = {
  33   { "-h", TRUE, sqdARG_NONE },
  34   { "-s", TRUE, sqdARG_INT  },
  35   { "-v", TRUE, sqdARG_NONE },
  36 };
  37 #define NOPTIONS (sizeof(OPTIONS) / sizeof(struct opt_s))
  38
  39 int
  40 main(int argc, char **argv)
  41 {
  42   struct tophit_s *hit;         /* hit list                     */
  43   int i,j;                      /* counters                     */
  44   int nsamples;                 /* option: # of random "scores" */
  45   int be_verbose;               /* option: TRUE to show output  */
  46   int seed;                     /* option: random number seed   */
  47   int paramH;                   /* option: H parameter          */
  48   int paramA;                   /* option: A parameter          */
  49   double *list;                 /* list of "scores"             */
  50   double tmp;                   /* used for swapping            */
  51   float score, score2;
  52
  53   char *optname;                /* name of option found by Getopt()         */
  54   char *optarg;                 /* argument found by Getopt()               */
  55   int   optind;                 /* index in argv[]                          */
  56
  57   /***********************************************
  58    * Parse command line
  59    ***********************************************/
  60   be_verbose = FALSE;
  61   seed       = (int) time ((time_t *) NULL);
  62   paramH     = 100;
  63   paramA     = 10;
  64   nsamples   = 1000;
  65
  66   while (Getopt(argc, argv, OPTIONS, NOPTIONS, usage,
  67                 &optind, &optname, &optarg))  {
  68     if      (strcmp(optname, "-s") == 0) { seed       = atoi(optarg); }
  69     else if (strcmp(optname, "-v") == 0) { be_verbose = TRUE;         }
  70     else if (strcmp(optname, "-h") == 0) {
  71       Banner(stdout, banner);
  72       puts(usage);
  73       puts(experts);
  74       exit(0);
  75     }
  76   }
  77   if (argc - optind != 0)
  78     Die("Incorrect number of arguments.\n%s\n", usage);
  79
  80   sre_srandom(seed);
  81   if (be_verbose)
  82     printf("%d\tSEED\n", seed);
  83
  84   /***********************************************
  85    * Generate three tiers of numbers:
  86    *    paramA - really good scores, 1000-2000
  87    *    paramH - good scores, 100-200
  88    *    nsamples - paramH - paramA: bad scores, 10-20
  89    * then shuffle.
  90    ***********************************************/
  91
  92   list = MallocOrDie (sizeof(double) * nsamples);
  93   for (i = 0; i < paramA; i++)
  94     list[i] = 1000. + 1000. * sre_random();
  95   for (; i < paramA + paramH; i++)
  96     list[i] = 100. + 100. * sre_random();
  97   for (; i < nsamples; i++)
  98     list[i] = 10. + 10. * sre_random();
  99
 100   for (i = 0; i < nsamples; i++)
 101     {
 102       j = CHOOSE(nsamples);
 103       tmp = list[j];
 104       list[j] = list[i];
 105       list[i] = tmp;
 106     }
 107
 108   if (be_verbose)
 109     for (i = 0; i < nsamples; i++)
 110       printf("%8.2f\tTest set\n", list[i]);
 111
 112   /***********************************************
 113    * Test of FullSortTophits().
 114    *     Fill up a hit list with random numbers;
 115    *     FullSort it;
 116    *     check that all top H are >= 100 and sorted.
 117    ***********************************************/
 118
 119   hit = AllocTophits(100);
 120   for (i = 0; i < nsamples; i++)
 121     RegisterHit(hit, list[i], 0., (float) list[i], 0., 0.,
 122                 NULL, NULL, NULL, /* name, acc, desc */
 123                 0,0,0,
 124                 0,0,0,
 125                 0,0,
 126                 NULL);
 127   FullSortTophits(hit);
 128
 129   if (be_verbose)
 130     {
 131       for (i = 0; i < hit->num; i++)
 132         {
 133           GetRankedHit(hit, i,  NULL, &score, NULL, NULL,
 134                        NULL, NULL, NULL, /* name, acc, desc */
 135                        NULL, NULL, NULL,
 136                        NULL, NULL, NULL,
 137                        NULL, NULL,
 138                        NULL);
 139           printf("%8.2f  FullSort()\n", score);
 140         }
 141     }
 142
 143   for (i = 0; i < hit->num-1; i++)
 144     {
 145       GetRankedHit(hit, i,  NULL, &score, NULL, NULL,
 146                    NULL, NULL, NULL, /* name, acc, desc */
 147                    NULL, NULL, NULL,
 148                    NULL, NULL, NULL,
 149                    NULL, NULL,
 150                    NULL);
 151       GetRankedHit(hit, i+1,NULL, &score2,NULL, NULL,
 152                    NULL, NULL, NULL, /* name, acc, desc */
 153                    NULL, NULL, NULL,
 154                    NULL, NULL, NULL,
 155                    NULL, NULL,
 156                    NULL);
 157       if (score < score2)
 158         Die("FullSortTophits() fails test: order wrong");
 159       if (i < paramA && score < 1000.)
 160         Die("FullSortTophits() fails test: lost a number");
 161       if (i < paramA + paramH && score < 100.)
 162         Die("FullSortTophits() fails test: lost a number");
 163     }
 164
 165   FreeTophits(hit);
 166   free(list);
 167
 168   if (be_verbose) printf("tophits_test is OK\n");
 169   return 0;
 170 }