forester/archive/RIO/others/hmmer/tutorial/RU1A_HUMAN

   1 ID   RU1A_HUMAN     STANDARD;      PRT;   282 AA.
   2 AC   P09012;
   3 DT   01-NOV-1988 (REL. 09, CREATED)
   4 DT   01-NOV-1988 (REL. 09, LAST SEQUENCE UPDATE)
   5 DT   01-OCT-1996 (REL. 34, LAST ANNOTATION UPDATE)
   6 DE   U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A (U1 SNRNP A PROTEIN).
   7 GN   SNRPA.
   8 OS   HOMO SAPIENS (HUMAN).
   9 OC   EUKARYOTA; METAZOA; CHORDATA; VERTEBRATA; TETRAPODA; MAMMALIA;
  10 OC   EUTHERIA; PRIMATES.
  11 RN   [1]
  12 RP   SEQUENCE FROM N.A.
  13 RC   TISSUE=LIVER;
  14 RX   MEDLINE; 91340152.
  15 RA   NELISSEN R.L.H., SILLEKENS P.T.G., BEIJER R.P.,
  16 RA   GEURTS VAN KESSEL A.H.M., VAN VENROOIJ W.J.;
  17 RL   GENE 102:189-196(1991).
  18 RN   [2]
  19 RP   SEQUENCE FROM N.A.
  20 RX   MEDLINE; 88111575.
  21 RA   SILLEKENS P.T.G., HABETS W.J., BEIJER R.P., VAN VENROOIJ W.J.;
  22 RL   EMBO J. 6:3841-3848(1987).
  23 RN   [3]
  24 RP   X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.8 ANGSTROMS) OF 1-95.
  25 RX   MEDLINE; 91061907.
  26 RA   NAGAI K., OUBRIDGE C., JESSEN T.-H., LI J., EVANS P.R.;
  27 RL   NATURE 348:515-520(1990).
  28 RN   [4]
  29 RP   X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (1.92 ANGSTROMS).
  30 RX   MEDLINE; 95075454.
  31 RA   OUBRIDGE C., ITO N., EVANS P.R., TEO C.-H., NAGAI K.;
  32 RL   NATURE 372:432-438(1994).
  33 RN   [5]
  34 RP   STRUCTURE BY NMR OF 11-94.
  35 RX   MEDLINE; 91172834.
  36 RA   HOFFMAN D.W., QUERY C.C., GOLDEN B.L., WHITE S.W., KEENE J.D.;
  37 RL   PROC. NATL. ACAD. SCI. U.S.A. 88:2495-2499(1991).
  38 RN   [6]
  39 RP   STRUCTURE BY NMR OF 1-102.
  40 RX   MEDLINE; 94349935.
  41 RA   HOWE P.W.A., NAGAI K., NEUHAUS D., VARANI G.;
  42 RL   EMBO J. 13:3873-3881(1994).
  43 RN   [7]
  44 RP   STRUCTURE BY NMR OF 2-102.
  45 RX   MEDLINE; 96186818.
  46 RA   ALLAIN F.H.-T., GUBSER C.C., HOWE P.W.A., NAGAI K., NEUHAUS D.,
  47 RA   VARANI G.;
  48 RL   NATURE 380:646-650(1996).
  49 RN   [8]
  50 RP   STRUCTURE BY NMR OF 1-117.
  51 RX   MEDLINE; 96180024.
  52 RA   AVIS J.M., ALLAIN F.H.-T., HOWE P.W.A., VARANI G., NAGAI K.,
  53 RA   NEUHAUS D.;
  54 RL   J. MOL. BIOL. 257:398-411(1996).
  55 RN   [9]
  56 RP   MUTAGENESIS, AND DETAILED STUDIES OF RNA-BINDING.
  57 RX   MEDLINE; 92007796.
  58 RA   JESSEN T.-H., OUBRIDGE C., TEO C.H., PRITCHARD C., NAGAI K.;
  59 RL   EMBO J. 10:3447-3456(1991).
  60 CC   -!- FUNCTION: BINDS STEM LOOP II OF U1 SNRNA. IT IS THE FIRST SN-RNP
  61 CC       TO INTERACT WITH PRE-MRNA. THIS INTERACTION IS REQUIRED FOR THE
  62 CC       SUBSEQUENT BINDING OF U2 SN-RNP AND THE U4/U6/U5 TRI-SN-RNP.
  63 CC   -!- SUBUNIT: BELONGS TO THE SPLICEOSOME WHERE IT IS ASSOCIATED WITH
  64 CC       SN-RNP U1.
  65 CC   -!- SUBCELLULAR LOCATION: NUCLEAR.
  66 CC   -!- SIMILARITY: BELONGS TO THE U1 A/B" FAMILY.
  67 CC   -!- SIMILARITY: CONTAINS 2 RNA RECOGNITION MOTIFS (RNP).
  68 DR   EMBL; M60784; G340052; -.
  69 DR   EMBL; M60779; G340052; JOINED.
  70 DR   EMBL; M60780; G340052; JOINED.
  71 DR   EMBL; M60781; G340052; JOINED.
  72 DR   EMBL; M60782; G340052; JOINED.
  73 DR   EMBL; M60783; G340052; JOINED.
  74 DR   EMBL; X06347; G37541; -.
  75 DR   PIR; JQ1528; JQ1528.
  76 DR   PDB; 1NRC; 31-JAN-94.
  77 DR   MIM; 182285; -.
  78 DR   PROSITE; PS00030; RNP_1.
  79 KW   NUCLEAR PROTEIN; RNA-BINDING; RIBONUCLEOPROTEIN; REPEAT;
  80 KW   SPLICEOSOME; 3D-STRUCTURE.
  81 FT   DOMAIN       12     17       RNA-BINDING (RNP2) (BY SIMILARITY).
  82 FT   DOMAIN       52     59       RNA-BINDING (RNP1) (BY SIMILARITY).
  83 FT   DOMAIN      210    215       RNA-BINDING (RNP2) (BY SIMILARITY).
  84 FT   DOMAIN      244    251       RNA-BINDING (RNP1) (BY SIMILARITY).
  85 FT   REPEAT        1     89
  86 FT   REPEAT      199    282
  87 FT   MUTAGEN      11     11       T->V: ABOLISHES RNA-BINDING.
  88 FT   MUTAGEN      13     13       Y->F: SUBSTANTIALLY REDUCES RNA-BINDING.
  89 FT   MUTAGEN      15     15       N->V: ABOLISHES RNA-BINDING.
  90 FT   MUTAGEN      16     16       N->V: SUBSTANTIALLY REDUCES RNA-BINDING.
  91 FT   MUTAGEN      52     52       R->Q: ABOLISHES RNA-BINDING.
  92 SQ   SEQUENCE   282 AA;  31279 MW;  22427816 CRC32;
  93      MAVPETRPNH TIYINNLNEK IKKDELKKSL YAIFSQFGQI LDILVSRSLK MRGQAFVIFK
  94      EVSSATNALR SMQGFPFYDK PMRIQYAKTD SDIIAKMKGT FVERDRKREK RKPKSQETPA
  95      TKKAVQGGGA TPVVGAVQGP VPGMPPMTQA PRIMHHMPGQ PPYMPPPGMI PPPGLAPGQI
  96      PPGAMPPQQL MPGQMPPAQP LSENPPNHIL FLTNLPEETN ELMLSMLFNQ FPGFKEVRLV
  97      PGRHDIAFVE FDNEVQAGAA RDALQGFKIT QNNAMKISFA KK
  98 //