forester/archive/RIO/others/hmmer/tutorial/nucleic.pri

   1 # nucleic.pri
   2 #
   3 # Example of a prior file for DNA/RNA models.
   4 # The values in this file are the HMMER 2 default settings.
   5
   6 Dirichlet       # Strategy (mixture Dirichlet)
   7 Nucleic         # type of prior (Amino or Nucleic)
   8
   9 # Transitions
  10 1                     # Single component
  11 1.0                   #   with probability = 1.0
  12 0.7939 0.0278 0.0135  # m->m, m->i, m->d alpha's
  13 0.1551 0.1331         # i->m, i->i alpha's
  14 0.9002 0.5630         # d->m, d->d alpha's
  15
  16 # Match emissions
  17 # The use of 1.0 for alpha's here makes a simple Laplace "plus-one" prior.
  18 #
  19 1       # single component
  20 1.0     #   with probability = 1.0
  21 1.0 1.0 1.0 1.0
  22
  23 # Insert emissions
  24 #
  25 1                   # Single component
  26 1.0                 #    with probability 1.0
  27 1.0 1.0 1.0 1.0