forester/archive/RIO/others/phylip_mod/src/cons.h

   1
   2 #define OVER              7
   3 #define ADJACENT_PAIRS    1
   4 #define CORR_IN_1_AND_2   2
   5 #define ALL_IN_1_AND_2    3
   6 #define NO_PAIRING        4
   7 #define ALL_IN_FIRST      5
   8 #define TREE1             8
   9 #define TREE2             9
  10
  11 #define FULL_MATRIX       11
  12 #define VERBOSE           22
  13 #define SPARSE            33
  14
  15 /* Number of columns per block in a matrix output */
  16 #define COLUMNS_PER_BLOCK 10
  17
  18
  19 typedef struct pattern_elm {
  20   group_type *apattern;
  21   long *patternsize;
  22   double *length;
  23 } pattern_elm;
  24
  25 #ifndef OLDC
  26 /* function prototypes */
  27 void initconsnode(node **, node **, node *, long, long, long *, long *,
  28                   initops, pointarray, pointarray, Char *, Char *, FILE *);
  29 void   compress(long *);
  30 void   sort(long);
  31 void   eliminate(long *, long *);
  32 void   printset(long);
  33 void   bigsubset(group_type *, long);
  34 void   recontraverse(node **, group_type *, long, long *);
  35 void   reconstruct(long);
  36 void   coordinates(node *, long *);
  37 void   drawline(long i);
  38
  39 void   printree(void);
  40 void   consensus(pattern_elm ***, long);
  41 void   rehash(void);
  42 void   enternodeset(node *r);
  43 void   accumulate(node *);
  44 void   dupname2(Char *, node *, node *);
  45 void   dupname(node *);
  46 void   missingname(node *);
  47 void   gdispose(node *);
  48 void   initreenode(node *);
  49 void   reroot(node *, long *);
  50
  51 void   store_pattern (pattern_elm ***, double *, int);
  52 boolean samename(naym, plotstring);
  53 void   reordertips(void);
  54 void   read_groups (pattern_elm ****, double *, long , long, FILE *);
  55 /* function prototypes */
  56 #endif
  57
  58 extern long setsz;