forester/archive/RIO/others/phylip_mod/src/seq.h

   1 /*Modified by Christian Zmasek. Use at your own risk.*/
   2
   3 /* version 3.6. (c) Copyright 1993-2000 by the University of Washington.
   4    Written by Joseph Felsenstein, Akiko Fuseki, Sean Lamont, and Andrew Keeffe.
   5    Permission is granted to copy and use this program provided no fee is
   6    charged for it and provided that this copyright notice is not removed. */
   7
   8 /*
   9     seq.h:  included in dnacomp, dnadist, dnainvar, dnaml, dnamlk, dnamove,
  10             dnapars, dnapenny, protdist, protpars, & restml
  11 */
  12
  13 /* move */
  14 /* All the below moved here in the Great TreeRead Migration of '96 */
  15
  16 #define ebcdic          EBCDIC
  17 #define MAXNCH          26  /*changed from to 20 to 26 by CZ 2006-07-28 */
  18
  19 /* All of this came over from cons.h    -plc*/
  20 #define OVER              7
  21 #define ADJACENT_PAIRS    1
  22 #define CORR_IN_1_AND_2   2
  23 #define ALL_IN_1_AND_2    3
  24 #define NO_PAIRING        4
  25 #define ALL_IN_FIRST      5
  26 #define TREE1             8
  27 #define TREE2             9
  28
  29 #define FULL_MATRIX       11
  30 #define VERBOSE           22
  31 #define SPARSE            33
  32
  33 /* Used in proml, promlk, dnaml, dnamlk for undefined bestyet*/
  34 #define UNDEFINED 1.0
  35
  36
  37 /* Number of columns per block in a matrix output */
  38 #define COLUMNS_PER_BLOCK 10
  39
  40
  41 /*end move*/
  42
  43
  44 typedef struct gbases {
  45   baseptr base;
  46   struct gbases *next;
  47 } gbases;
  48
  49 typedef struct nuview_data {
  50   /* A big 'ol collection of pointers used in nuview */
  51   double *yy, *wwzz, *vvzz, *vzsumr, *vzsumy, *sum, *sumr, *sumy;
  52   sitelike *xx;
  53 } nuview_data;
  54
  55 struct LOC_hyptrav {
  56   boolean bottom;
  57   node *r;
  58   long *hypset;
  59   boolean maybe, nonzero;
  60   long tempset, anc;
  61 } ;
  62
  63
  64 extern long nonodes, endsite, outgrno, nextree, which;
  65
  66 extern boolean interleaved, printdata, outgropt, treeprint, dotdiff, transvp;
  67 extern steptr weight, category, alias, location, ally;
  68 extern sequence y;
  69
  70 #ifndef OLDC
  71 /* function prototypes */
  72 void   alloctemp(node **, long *, long);
  73 void   freetemp(node **);
  74 void   freetree2 (pointarray, long);
  75 void   inputdata(long);
  76 void   alloctree(pointarray *, long, boolean);
  77 void   allocx(long, long, pointarray, boolean);
  78
  79 void   prot_allocx(long, long, pointarray, boolean);
  80 void   allocx2(long, long, long, pointarray, boolean);
  81 void   setuptree(pointarray, long, boolean);
  82 void   setuptree2(tree);
  83 void   alloctip(node *, long *);
  84 void   freetrans(transptr *, long ,long );
  85 void   getbasefreqs(double, double, double, double, double *, double *,
  86                         double *, double *, double *, double *, double *,
  87             double *xi, double *, double *, boolean, boolean);
  88 void   empiricalfreqs(double *,double *,double *,double *,steptr,pointarray);
  89 void   sitesort(long, steptr);
  90 void   sitecombine(long);
  91
  92 void   sitescrunch(long);
  93 void   sitesort2(long, steptr);
  94 void   sitecombine2(long, steptr);
  95 void   sitescrunch2(long, long, long, steptr);
  96 void   makevalues(pointarray, long *, boolean);
  97 void   makevalues2(long, pointarray, long, long, sequence, steptr);
  98 void   fillin(node *, node *, node *);
  99 long   getlargest(long *);
 100 void   multifillin(node *, node *, long);
 101 void   sumnsteps(node *, node *, node *, long, long);
 102
 103 void   sumnsteps2(node *, node *, node *, long, long, long *);
 104 void   multisumnsteps(node *, node *, long, long, long *);
 105 void   multisumnsteps2(node *);
 106 boolean alltips(node *, node *);
 107 void   gdispose(node *, node **, pointarray);
 108 void   preorder(node *, node *, node *, node *, node *, node *, long);
 109 void   updatenumdesc(node *, node *, long);
 110 void   add(node *,node *,node *,node **,boolean,pointarray,node **,long *);
 111 void   findbelow(node **below, node *item, node *fork);
 112
 113 void   re_move(node *item, node **fork, node **root, boolean recompute,
 114                 pointarray, node **, long *);
 115 void   postorder(node *p);
 116 void   getnufork(node **, node **, pointarray, long *);
 117 void   reroot(node *, node *);
 118 void   reroot2(node *, node *);
 119 void   reroot3(node *, node *, node *, node *, node **);
 120 void   savetraverse(node *);
 121 void   newindex(long, node *);
 122 void   flipindexes(long, pointarray);
 123 boolean parentinmulti(node *);
 124
 125 long   sibsvisited(node *, long *);
 126 long   smallest(node *, long *);
 127 void   bintomulti(node **, node **, node **, long *);
 128 void   backtobinary(node **, node *, node **);
 129 boolean outgrin(node *, node *);
 130 void   flipnodes(node *, node *);
 131 void   moveleft(node *, node *, node **);
 132 void   savetree(node *, long *, pointarray, node **, long *);
 133 void   addnsave(node *, node *, node *, node **, node **,boolean,
 134                 pointarray, long *, long *);
 135 void   addbestever(long *, long *, long, boolean, long *, bestelm *);
 136
 137 void   addtiedtree(long, long *, long, boolean,long *, bestelm *);
 138 void   clearcollapse(pointarray);
 139 void   clearbottom(pointarray);
 140 void   collabranch(node *, node *, node *);
 141 boolean allcommonbases(node *, node *, boolean *);
 142 void   findbottom(node *, node **);
 143 boolean moresteps(node *, node *);
 144 boolean passdown(node *, node *, node *, node *, node *, node *,
 145                 node *, node *, node *, boolean);
 146 boolean trycollapdesc(node *, node *, node *, node *, node *,
 147                 node *, node *, node *, node *, boolean , long *);
 148 void   setbottom(node *);
 149
 150 boolean zeroinsubtree(node *, node *, node *, node *, node *,
 151                 node *, node *, node *, boolean, node *, long *);
 152 boolean collapsible(node *, node *, node *, node *, node *,
 153                 node *, node *, node *, boolean, node *, long *, pointarray);
 154 void   replaceback(node **, node *, node *, node **, long *);
 155 void   putback(node *, node *, node *, node **);
 156 void   savelocrearr(node *, node *, node *, node *, node *, node *,
 157                 node *, node *, node *, node **, long, long *, boolean,
 158                 boolean , boolean *, long *, bestelm *, pointarray ,
 159                 node **, long *);
 160 void   clearvisited(pointarray);
 161 void   hyprint(long, long, struct LOC_hyptrav *,pointarray, Char *);
 162 void   gnubase(gbases **, gbases **, long);
 163 void   chuckbase(gbases *, gbases **);
 164 void   hyptrav(node *, long *, long, long, boolean,pointarray,
 165                 gbases **, Char *);
 166
 167 void   hypstates(long , node *, pointarray, gbases **, Char *);
 168 void   initbranchlen(node *p);
 169 void   initmin(node *, long, boolean);
 170 void   initbase(node *, long);
 171 void   inittreetrav(node *, long);
 172 void   compmin(node *, node *);
 173 void   minpostorder(node *, pointarray);
 174 void   branchlength(node *,node *,double *,pointarray);
 175 void   printbranchlengths(node *);
 176 void   branchlentrav(node *,node *,long,long,double *,pointarray);
 177
 178 void   treelength(node *, long, pointarray);
 179 void   coordinates(node *, long *, double, long *);
 180 void   drawline(long, double, node *);
 181 void   printree(node *, double);
 182 void   writesteps(long, boolean, steptr, node *);
 183 void   treeout(node *, long, long *, node *);
 184 void   treeout3(node *, long, long *, node *);
 185 void   drawline2(long, double, tree);
 186 void   drawline3(long, double, node *);
 187 void   copynode(node *, node *, long);
 188
 189 void   prot_copynode(node *, node *, long);
 190 void   copy_(tree *, tree *, long, long);
 191 void   prot_copy_(tree *, tree *, long, long);
 192 void   standev(long, long, long, double, double *, long **, longer);
 193 void   standev2(long, long, long, long, double, double *, double **,
 194               steptr, longer);
 195 void   freetip(node *);
 196 void   freenontip(node *);
 197 void   freenodes(long, pointarray);
 198 void   freenode(node **);
 199 void   freetree(long, pointarray);
 200
 201 void   freex(long, pointarray);
 202 void   freex_notip(long, pointarray);
 203 void   freex2(long, pointarray);
 204 void   prot_freex_notip(long nonodes, pointarray treenode);
 205 void   prot_freex(long nonodes, pointarray treenode);
 206 void   freegarbage(gbases **);
 207 void   freegrbg(node **);
 208
 209 void   collapsetree(node *, node *, node **, pointarray, long *);
 210 void   collapsebestrees(node **, node **, pointarray, bestelm *, long *,
 211                       long *, long, boolean, boolean);
 212 void   fix_x(node* p,long site, double maxx, long rcategs);
 213 void   fix_protx(node* p,long site,double maxx, long rcategs);
 214 /*function prototypes*/
 215 #endif
 216